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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-12938 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Medicago truncatula HISN5 protein | |||||||||
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![]() | histidine biosynthesis / herbicide design / high-resolution Cryo-EM / LYASE | |||||||||
機能・相同性 | ![]() imidazoleglycerol-phosphate dehydratase / imidazoleglycerol-phosphate dehydratase activity / L-histidine biosynthetic process 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.4 Å | |||||||||
![]() | Ruszkowski M / Witek W | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM and crystal structures of a herbicide development target, HISN5 著者: Witek W / Ruszkowski M | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 155.4 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 11.2 KB 11.2 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 12.4 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 376.4 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 5.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 445.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 445.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 12.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 17 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.86 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Medicago truncatula HISN5 protein
全体 | 名称: Medicago truncatula HISN5 protein |
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要素 |
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-超分子 #1: Medicago truncatula HISN5 protein
超分子 | 名称: Medicago truncatula HISN5 protein / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 / 詳細: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase
分子 | 名称: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 24 / 光学異性体: LEVO / EC番号: imidazoleglycerol-phosphate dehydratase |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 22.692453 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MSTFPIDSGA RIGEMKRVTK ETNVSVKINL DGTGVADNSS GIPFLDHMLD QLASHGLFDV HVKATGDTHI DDHHTNEDVA LAIGTALLQ ALGDRKGINR FGNFSAPLDE ALVHVSLDLS GRPHLGYDLN IPTQRVGKYD TQLVEHFFQS LVNTSGMTLH I RQFSGTNS ...文字列: MSTFPIDSGA RIGEMKRVTK ETNVSVKINL DGTGVADNSS GIPFLDHMLD QLASHGLFDV HVKATGDTHI DDHHTNEDVA LAIGTALLQ ALGDRKGINR FGNFSAPLDE ALVHVSLDLS GRPHLGYDLN IPTQRVGKYD TQLVEHFFQS LVNTSGMTLH I RQFSGTNS HHIIEATFKA FARALRQATE YDTRRRGTIP SSKGVLSRS UniProtKB: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase |
-分子 #2: MANGANESE (II) ION
分子 | 名称: MANGANESE (II) ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 48 / 式: MN |
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分子量 | 理論値: 54.938 Da |
-分子 #3: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 931 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1008 / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |