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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1292 | |||||||||
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タイトル | Structural basis of allosteric changes in the GroEL mutant Arg197-->Ala. | |||||||||
マップデータ | R197A Mutant of GroEL with 50uM ATp | |||||||||
試料 |
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生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 25.0 Å | |||||||||
データ登録者 | White HE / Chen S / Roseman AM / Yifrach O / Horovitz A / SAibil HR | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Struct Biol / 年: 1997 タイトル: Structural basis of allosteric changes in the GroEL mutant Arg197-->Ala. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_1292.map.gz | 983.4 KB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-1292-v30.xml emd-1292.xml | 7.4 KB 7.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 1292.gif | 122.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1292 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1292 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_1292_validation.pdf.gz | 209.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_1292_full_validation.pdf.gz | 209 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_1292_validation.xml.gz | 4.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1292 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1292 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_1292.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1001 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | R197A Mutant of GroEL with 50uM ATp | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 5.6 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : R197A mutant of GroEL, 50uM ATP
全体 | 名称: R197A mutant of GroEL, 50uM ATP |
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要素 |
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-超分子 #1000: R197A mutant of GroEL, 50uM ATP
超分子 | 名称: R197A mutant of GroEL, 50uM ATP / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: 14-mer / Number unique components: 1 |
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-分子 #1: R197A mutant of GroEL
分子 | 名称: R197A mutant of GroEL / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: MUTANT / コピー数: 1 / 集合状態: 14-mer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: 20 mM Tris, 10mM KCl, 8mmM MgCl2,50uM ATP |
グリッド | 詳細: holey carbon |
凍結 | 凍結剤: ETHANE Timed resolved state: Vitrified within 5 secs of ATP addition |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL 1200EX |
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撮影 | カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: AGFA SCIENTA FILM / デジタル化 - スキャナー: OTHER / デジタル化 - サンプリング間隔: 10 µm |
電子線 | 加速電圧: 120 kV / 電子線源: TUNGSTEN HAIRPIN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER |
試料ステージ | 試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: OTHER |
-画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C7 (7回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 25.0 Å / ソフトウェア - 名称: SPIDER |
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-原子モデル構築 1
詳細 | Manual fitting in O of an apical domain of GroEL |
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精密化 | プロトコル: RIGID BODY FIT |