EMDB-1292: Structural basis of allosteric changes in the GroEL mutant Arg197...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-1292

タイトル

Structural basis of allosteric changes in the GroEL mutant Arg197-->Ala.

マップデータ

R197A Mutant of GroEL with 50uM ATp

試料

試料: R197A mutant of GroEL, 50uM ATP
タンパク質・ペプチド: R197A mutant of GroEL

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 25.0 Å

データ登録者

White HE / Chen S / Roseman AM / Yifrach O / Horovitz A / SAibil HR

引用

ジャーナル: Nat Struct Biol / 年: 1997
タイトル: Structural basis of allosteric changes in the GroEL mutant Arg197-->Ala.

履歴

登録	2006年11月9日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2006年11月9日	-
マップ公開	2006年11月9日	-
更新	2012年10月24日	-
現状	2012年10月24日	処理サイト: PDBe / 状態: 公開

ムービー	表面図（断面を密度値に従い着色）表面レベル: 0.019729 UCSF Chimeraによる作画ダウンロード表面図（円筒半径に従い着色）表面レベル: 0.019729 UCSF Chimeraによる作画ダウンロードムービービューア
構造ビューア	EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像	1292.gif

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_1292.map.gz	983.4 KB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-1292-v30.xml emd-1292.xml	7.4 KB 7.4 KB	表示表示	EMDBヘッダ
画像	1292.gif	122.8 KB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1292 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1292	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_1292_validation.pdf.gz	209.9 KB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_1292_full_validation.pdf.gz	209 KB	表示
XML形式データ	emd_1292_validation.xml.gz	4.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1292 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1292	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1291C 1293C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1999 6727 4aas-d 4aau-d 1291 1095 2001 2c7e-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_1292.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1001 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

注釈

R197A Mutant of GroEL with 50uM ATp

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	5.6 Å/pix. x 64 pix. = 358.4 Å	5.6 Å/pix. x 64 pix. = 358.4 Å	5.6 Å/pix. x 64 pix. = 358.4 Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 5.6 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	1: 0.00185 / ムービー #1: 0.019729
最小 - 最大	-0.0407729 - 0.0550512
平均 (標準偏差)	-0.000022692 (±0.00627854)

対称性

空間群: 1

詳細

EMDB XML:

マップ形状

Axis order	X	Y	Z
Origin	0	0	0
サイズ	64	64	64
Spacing	64	64	64

セル

A=B=C: 358.4 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップヘッダ情報:

mode	Image stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z	5.6	5.6	5.6
M x/y/z	64	64	64
origin x/y/z	0.000	0.000	0.000
length x/y/z	358.400	358.400	358.400
α/β/γ	90.000	90.000	90.000
start NX/NY/NZ	-184	-184	-183
NX/NY/NZ	368	368	368
MAP C/R/S	1	2	3
start NC/NR/NS	0	0	0
NC/NR/NS	64	64	64
D min/max/mean	-0.041	0.055	-0.000

-
全体 : R197A mutant of GroEL, 50uM ATP

全体	名称: R197A mutant of GroEL, 50uM ATP
要素	試料: R197A mutant of GroEL, 50uM ATP タンパク質・ペプチド: R197A mutant of GroEL

-
超分子 #1000: R197A mutant of GroEL, 50uM ATP

超分子	名称: R197A mutant of GroEL, 50uM ATP / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: 14-mer / Number unique components: 1

-
分子 #1: R197A mutant of GroEL

分子	名称: R197A mutant of GroEL / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: MUTANT / コピー数: 1 / 集合状態: 14-mer / 組換発現: Yes
由来(天然)	生物種: Escherichia coli (大腸菌)

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

濃度	1 mg/mL
緩衝液	pH: 7.5 / 詳細: 20 mM Tris, 10mM KCl, 8mmM MgCl2,50uM ATP
グリッド	詳細: holey carbon
凍結	凍結剤: ETHANE Timed resolved state: Vitrified within 5 secs of ATP addition

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	JEOL 1200EX
撮影	カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: AGFA SCIENTA FILM / デジタル化 - スキャナー: OTHER / デジタル化 - サンプリング間隔: 10 µm
電子線	加速電圧: 120 kV / 電子線源: TUNGSTEN HAIRPIN
電子光学系	照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER
試料ステージ	試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: OTHER

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画像解析

最終再構成	想定した対称性 - 点群: C₇ (7回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 25.0 Å / ソフトウェア - 名称: SPIDER

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原子モデル構築 1

詳細	Manual fitting in O of an apical domain of GroEL
精密化	プロトコル: RIGID BODY FIT

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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