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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-12886 | |||||||||
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タイトル | Structure of the apo-state of the bacteriophage PhiKZ non-virion RNA polymerase | |||||||||
マップデータ | Structure of the apo-state of the bacteriophage PhiKZ non-virion RNA polymerase | |||||||||
試料 |
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キーワード | RNA polymerase / PhiKZ / non-virion / TRANSCRIPTION | |||||||||
機能・相同性 | PHIKZ123 / PHIKZ074 / PHIKZ068 / PHIKZ055 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Pseudomonas virus phiKZ (ウイルス) / Pseudomonas phage PA7 (ファージ) / Pseudomonas phage phiKZ (ファージ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å | |||||||||
データ登録者 | de Martin Garrido N / Lai Wan Loong YTE | |||||||||
資金援助 | 英国, ロシア, 2件
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引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2021 タイトル: Structure of the bacteriophage PhiKZ non-virion RNA polymerase. 著者: Natàlia deYMartín Garrido / Mariia Orekhova / Yuen Ting Emilie Lai Wan Loong / Anna Litvinova / Kailash Ramlaul / Tatyana Artamonova / Alexei S Melnikov / Pavel Serdobintsev / Christopher H ...著者: Natàlia deYMartín Garrido / Mariia Orekhova / Yuen Ting Emilie Lai Wan Loong / Anna Litvinova / Kailash Ramlaul / Tatyana Artamonova / Alexei S Melnikov / Pavel Serdobintsev / Christopher H S Aylett / Maria Yakunina / 要旨: Bacteriophage ΦKZ (PhiKZ) is the archetype of a family of massive bacterial viruses. It is considered to have therapeutic potential as its host, Pseudomonas aeruginosa, is an opportunistic, ...Bacteriophage ΦKZ (PhiKZ) is the archetype of a family of massive bacterial viruses. It is considered to have therapeutic potential as its host, Pseudomonas aeruginosa, is an opportunistic, intrinsically antibiotic resistant, pathogen that kills tens of thousands worldwide each year. ΦKZ is an incredibly interesting virus, expressing many systems that the host already possesses. On infection, it forms a 'nucleus', erecting a barrier around its genome to exclude host endonucleases and CRISPR-Cas systems. ΦKZ infection is independent of the host transcriptional apparatus. It expresses two different multi-subunit RNA polymerases (RNAPs): the virion RNAP (vRNAP) is injected with the viral DNA during infection to transcribe early genes, including those encoding the non-virion RNAP (nvRNAP), which transcribes all further genes. ΦKZ nvRNAP is formed by four polypeptides thought to represent homologues of the eubacterial β/β' subunits, and a fifth with unclear homology, but essential for transcription. We have resolved the structure of ΦKZ nvRNAP to better than 3.0 Å, shedding light on its assembly, homology, and the biological role of the fifth subunit: it is an embedded, integral member of the complex, the position, structural homology and biochemical role of which imply that it has evolved from an ancestral homologue to σ-factor. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_12886.map.gz | 59.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-12886-v30.xml emd-12886.xml | 29.3 KB 29.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_12886_fsc.xml | 9.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_12886.png | 131.8 KB | ||
Filedesc metadata | emd-12886.cif.gz | 8.5 KB | ||
その他 | emd_12886_half_map_1.map.gz emd_12886_half_map_2.map.gz | 49.6 MB 49.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-12886 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-12886 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_12886_validation.pdf.gz | 839.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_12886_full_validation.pdf.gz | 839.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_12886_validation.xml.gz | 16.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_12886_validation.cif.gz | 21.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-12886 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-12886 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_12886.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Structure of the apo-state of the bacteriophage PhiKZ non-virion RNA polymerase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.85 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-ハーフマップ: Structure of the apo-state of the bacteriophage PhiKZ...
ファイル | emd_12886_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Structure of the apo-state of the bacteriophage PhiKZ non-virion RNA polymerase - halfmap 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Structure of the apo-state of the bacteriophage PhiKZ...
ファイル | emd_12886_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Structure of the apo-state of the bacteriophage PhiKZ non-virion RNA polymerase - halfmap 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : Bacteriophage PhiKZ non-virion RNA polymerase
+超分子 #1: Bacteriophage PhiKZ non-virion RNA polymerase
+超分子 #2: Bacteriophage PhiKZ non-virion RNA polymerase
+超分子 #3: Bacteriophage PhiKZ non-virion RNA polymerase
+超分子 #4: Bacteriophage PhiKZ non-virion RNA polymerase
+分子 #1: UNK helices
+分子 #2: PHIKZ055
+分子 #3: PHIKZ068
+分子 #4: DNA-directed RNA polymerase
+分子 #5: PHIKZ074
+分子 #6: PHIKZ123
+分子 #7: ZINC ION
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.3 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 詳細: 15 mM Tris-Cl pH 8.0, 150 mM NaCl, 0.5 mM EDTA, 2 mM MgCl2, 1 mM DTT |
グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 1 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 278 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: 1-2 s blot. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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温度 | 最低: 100.0 K / 最高: 100.0 K |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 70 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) デジタル化 - サイズ - 横: 5096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 10582 / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 / 詳細: TIFF movie mode |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.25 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.75 µm / 倍率(公称値): 48000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model |
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詳細 | Core conserved regions initially identified from comparison with PDB 6EDT - remainder built de novo |
精密化 | プロトコル: OTHER |
得られたモデル | PDB-7ogr: |