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- EMDB-12874: CryoEM structure of the outer membrane secretin pore pIV from the... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-12874
タイトルCryoEM structure of the outer membrane secretin pore pIV from the f1 filamentous bacteriophage.
マップデータPostprocessed masked map from Relion
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Virion export protein pIV
    • タンパク質・ペプチド: Virion export protein
  • リガンド: 3-[(3-CHOLAMIDOPROPYL)DIMETHYLAMMONIO]-1-PROPANESULFONATE
キーワードSecretin Outer membrane Virion export / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


viral extrusion / protein secretion / host cell membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
: / GspD-like, N0 domain / GspD/PilQ family / Bacterial type II secretion system protein D signature. / Type II secretion system protein GspD, conserved site / : / NolW-like / NolW-like superfamily / Bacterial type II/III secretion system short domain / Type II/III secretion system / Bacterial type II and III secretion system protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Virion export protein
類似検索 - 構成要素
生物種Inoviridae sp. (ウイルス) / Enterobacteria phage f1 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Conners R / Gold VAM
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust210363/Z/18/Z 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: CryoEM structure of the outer membrane secretin channel pIV from the f1 filamentous bacteriophage.
著者: Rebecca Conners / Mathew McLaren / Urszula Łapińska / Kelly Sanders / M Rhia L Stone / Mark A T Blaskovich / Stefano Pagliara / Bertram Daum / Jasna Rakonjac / Vicki A M Gold /
要旨: The Ff family of filamentous bacteriophages infect gram-negative bacteria, but do not cause lysis of their host cell. Instead, new virions are extruded via the phage-encoded pIV protein, which has ...The Ff family of filamentous bacteriophages infect gram-negative bacteria, but do not cause lysis of their host cell. Instead, new virions are extruded via the phage-encoded pIV protein, which has homology with bacterial secretins. Here, we determine the structure of pIV from the f1 filamentous bacteriophage at 2.7 Å resolution by cryo-electron microscopy, the first near-atomic structure of a phage secretin. Fifteen f1 pIV subunits assemble to form a gated channel in the bacterial outer membrane, with associated soluble domains projecting into the periplasm. We model channel opening and propose a mechanism for phage egress. By single-cell microfluidics experiments, we demonstrate the potential for secretins such as pIV to be used as adjuvants to increase the uptake and efficacy of antibiotics in bacteria. Finally, we compare the f1 pIV structure to its homologues to reveal similarities and differences between phage and bacterial secretins.
履歴
登録2021年5月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年11月3日-
マップ公開2021年11月3日-
更新2024年7月10日-
現状2024年7月10日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0226
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0226
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7ofh
  • 表面レベル: 0.0226
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7ofh
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_12874.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_12874.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 42.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Postprocessed masked map from Relion
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 224 pix.
= 240.128 Å		1.07 Å/pix.
x 224 pix.
= 240.128 Å		1.07 Å/pix.
x 224 pix.
= 240.128 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.072 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0226 / ムービー #1: 0.0226
最小 - 最大-0.10828287 - 0.17869703
平均 (標準偏差)0.00061690575 (±0.007471375)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ224224224
Spacing224224224
セルA=B=C: 240.128 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0721.0721.072
M x/y/z224224224
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z240.128240.128240.128
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ799196
NX/NY/NZ149138117
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS224224224
D min/max/mean-0.1080.1790.001

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添付データ

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追加マップ: Postprocessed map after DeepEMhancer

ファイルemd_12874_additional_1.map
注釈Postprocessed map after DeepEMhancer
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Half map1

ファイルemd_12874_additional_2.map
注釈Half map1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: Half map2

ファイルemd_12874_additional_3.map
注釈Half map2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Virion export protein pIV

全体名称: Virion export protein pIV
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Virion export protein pIV
    • タンパク質・ペプチド: Virion export protein
  • リガンド: 3-[(3-CHOLAMIDOPROPYL)DIMETHYLAMMONIO]-1-PROPANESULFONATE

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超分子 #1: Virion export protein pIV

超分子名称: Virion export protein pIV / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 / 詳細: From Inoviridae sp. f1
由来(天然)生物種: Inoviridae sp. (ウイルス)
分子量理論値: 669.7 KDa

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分子 #1: Virion export protein

分子名称: Virion export protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: S9P, D49N, I66N are naturally occurring polymorphisms.
コピー数: 15 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterobacteria phage f1 (ファージ)
分子量理論値: 44.657707 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: QVIEMNNSPL RDFVTWYSKQ TGESVIVSPD VKGTVTVYSS DVKPENLRNF FISVLRANNF DMVGSNPSII QKYNPNNQDY IDELPSSDN QEYDDNSAPS GGFFVPQNDN VTQTFKINNV RAKDLIRVVE LFVKSNTSKS SNVLSVDGSN LLVVSAPKDI L DNLPQFLS ...文字列:
QVIEMNNSPL RDFVTWYSKQ TGESVIVSPD VKGTVTVYSS DVKPENLRNF FISVLRANNF DMVGSNPSII QKYNPNNQDY IDELPSSDN QEYDDNSAPS GGFFVPQNDN VTQTFKINNV RAKDLIRVVE LFVKSNTSKS SNVLSVDGSN LLVVSAPKDI L DNLPQFLS TVDLPTDQIL IEGLIFEVQQ GDALDFSFAA GSQRGTVAGG VNTDRLTSVL SSAGGSFGIF NGDVLGLSVR AL KTNSHSK ILSVPRILTL SGQKGSISVG QNVPFITGRV TGESANVNNP FQTVERQNVG ISMSVFPVAM ASAHHHHHHH GGN IVLDIT IKADSLSSST QASDVITNQR SIATTVNLRD GQTLLLGGLT DYKNTSQDSG VPFLSKIPLI GLLFSSRSDS NEES TLYVL VKATIVRAL

UniProtKB: Virion export protein

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分子 #2: 3-[(3-CHOLAMIDOPROPYL)DIMETHYLAMMONIO]-1-PROPANESULFONATE

分子名称: 3-[(3-CHOLAMIDOPROPYL)DIMETHYLAMMONIO]-1-PROPANESULFONATE
タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 30 / 式: CPS
分子量理論値: 614.877 Da
Chemical component information

ChemComp-CPS:
3-[(3-CHOLAMIDOPROPYL)DIMETHYLAMMONIO]-1-PROPANESULFONATE / 可溶化剤*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.7 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
1.0 % (w/v)C32H58N2O7SCHAPS (3-((3-cholamidopropyl) dimethylammonio)-1-propanesulfonate)
25.0 mMC8H17N2NaO4Ssodium hepes
500.0 mMNaClsodium chloride
0.5 mMC10H16N2O8EDTA
グリッドモデル: PELCO Ultrathin Carbon with Lacey Carbon / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE / 支持フィルム - トポロジー: LACEY
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot force 0, blot time 4sec.

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均露光時間: 3.52 sec. / 平均電子線量: 42.059 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 81000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C15 (15回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1beta) / 使用した粒子像数: 111679
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1beta)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

5w68


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-7ofh:
CryoEM structure of the outer membrane secretin pore pIV from the f1 filamentous bacteriophage.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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