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- EMDB-12774: Cryo-electron tomogram of mature RSV CANC CLPs -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-12774
タイトルCryo-electron tomogram of mature RSV CANC CLPs
マップデータExample tomogram of mature RSV CANC CLPs
試料
  • ウイルス: Rous sarcoma virus - Prague C (ラウス肉腫ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: RSV capsid protein
生物種Rous sarcoma virus - Prague C (ラウス肉腫ウイルス)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Obr M / Ricana CL / Nikulin N / Feathers J-PR / Klanschnig M / Thader A / Johnson MC / Vogt VM / Schur FKM / Dick RA
資金援助 オーストリア, 米国, European Union, 5件
OrganizationGrant number国
Austrian Science FundP31445 オーストリア
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI147890 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI150454 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R35GM136258 米国
European CommissionHorizon 2020, iNext (PID 4246), Grant number 653706European Union
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Structure of the mature Rous sarcoma virus lattice reveals a role for IP6 in the formation of the capsid hexamer.
著者: Martin Obr / Clifton L Ricana / Nadia Nikulin / Jon-Philip R Feathers / Marco Klanschnig / Andreas Thader / Marc C Johnson / Volker M Vogt / Florian K M Schur / Robert A Dick /
要旨: Inositol hexakisphosphate (IP6) is an assembly cofactor for HIV-1. We report here that IP6 is also used for assembly of Rous sarcoma virus (RSV), a retrovirus from a different genus. IP6 is ~100-fold ...Inositol hexakisphosphate (IP6) is an assembly cofactor for HIV-1. We report here that IP6 is also used for assembly of Rous sarcoma virus (RSV), a retrovirus from a different genus. IP6 is ~100-fold more potent at promoting RSV mature capsid protein (CA) assembly than observed for HIV-1 and removal of IP6 in cells reduces infectivity by 100-fold. Here, visualized by cryo-electron tomography and subtomogram averaging, mature capsid-like particles show an IP6-like density in the CA hexamer, coordinated by rings of six lysines and six arginines. Phosphate and IP6 have opposing effects on CA in vitro assembly, inducing formation of T = 1 icosahedrons and tubes, respectively, implying that phosphate promotes pentamer and IP6 hexamer formation. Subtomogram averaging and classification optimized for analysis of pleomorphic retrovirus particles reveal that the heterogeneity of mature RSV CA polyhedrons results from an unexpected, intrinsic CA hexamer flexibility. In contrast, the CA pentamer forms rigid units organizing the local architecture. These different features of hexamers and pentamers determine the structural mechanism to form CA polyhedrons of variable shape in mature RSV particles.
履歴
登録2021年4月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年4月28日-
マップ公開2021年4月28日-
更新2021年6月9日-
現状2021年6月9日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
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  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
添付画像

emd_12774.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_12774.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 42.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED INTEGER (2 BYTES)
注釈Example tomogram of mature RSV CANC CLPs
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
10.62 Å/pix.
x 105 pix.
= 1115.352 Å		10.62 Å/pix.
x 463 pix.
= 4918.171 Å		10.62 Å/pix.
x 463 pix.
= 4918.171 Å

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 10.6224 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
最小 - 最大-601.0 - 447.0
平均 (標準偏差)9.224975 (±33.765217)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin00-79
サイズ463463105
Spacing463463105
セルA: 4918.1714 Å / B: 4918.1714 Å / C: 1115.352 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Integer*27
Å/pix. X/Y/Z10.62239956803510.62239956803510.6224
M x/y/z463463105
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z4918.1714918.1711115.352
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ727265
NX/NY/NZ157157169
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS00-79
NC/NR/NS463463105
D min/max/mean-601.000447.0009.225

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Rous sarcoma virus - Prague C

全体名称: Rous sarcoma virus - Prague C (ラウス肉腫ウイルス)
要素
  • ウイルス: Rous sarcoma virus - Prague C (ラウス肉腫ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: RSV capsid protein

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超分子 #1: Rous sarcoma virus - Prague C

超分子名称: Rous sarcoma virus - Prague C / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 11888 / 生物種: Rous sarcoma virus - Prague C / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes
Host system生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: BL21-DE3
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: CANC polyhedra

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分子 #1: RSV capsid protein

分子名称: RSV capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rous sarcoma virus - Prague C (ラウス肉腫ウイルス)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: PVVIKTEGPA WTPLEPKLIT RLADTVRTKG LRSPITMAEV EALMSSPLLP HDVTNLMRVI LGPAPYALWM DAWGVQLQTV IAAATRDPR HPANGQGRGE RTNLNRLKGL ADGMVGNPQG QAALLRPGEL VAITASALQA FREVARLAEP AGPWADIMQG P SESFVDFA ...文字列:
PVVIKTEGPA WTPLEPKLIT RLADTVRTKG LRSPITMAEV EALMSSPLLP HDVTNLMRVI LGPAPYALWM DAWGVQLQTV IAAATRDPR HPANGQGRGE RTNLNRLKGL ADGMVGNPQG QAALLRPGEL VAITASALQA FREVARLAEP AGPWADIMQG P SESFVDFA NRLIKAVEGS DLPPSARAPV IIDCFRQKSQ PDIQQLIRTA PSTLTTPGEI IKYVLDRQKT A

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 6.2
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMMES2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid
100.0 mMNaClsodium chloride
2.0 nMTCEPtris(2-carboxyethyl)phosphine
100.0 microMIP6inositol hexakisphosphate
グリッドモデル: C-flat-2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 302 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: 2.5 seconds blotting time.
切片作成その他: NO SECTIONING
位置合わせマーカーManufacturer: Aurion / 直径: 10 nm

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
詳細Areas of interest for high-resolution data collection were identified in low magnification montages. Prior to tomogram acquisition, gain references were acquired and the filter was fully tuned. Microscope tuning was performed using the FEI AutoCTF software. The ilumination mode used during acquisition was nanoprobe.
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3708 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3838 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-10 / 撮影したグリッド数: 1 / 平均露光時間: 1.4 sec. / 平均電子線量: 3.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成アルゴリズム: BACK PROJECTION / ソフトウェア - 名称: IMOD (ver. 4.9) / 使用した粒子像数: 44
CTF補正詳細: The deposited tomogram is not ctf-corrected

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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