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- EMDB-12761: Anthrax toxin prepore in complex with the neutralizing Fab cAb29 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-12761
タイトルAnthrax toxin prepore in complex with the neutralizing Fab cAb29
マップデータAnthrax toxin prepore in complex with the neutralizing Fab cAb29
試料
  • 複合体: Fab bound to anthrax protective antigen
    • 複合体: anthrax protective antigen
      • タンパク質・ペプチド: Protective antigen PA-63
    • 複合体: Fab
      • タンパク質・ペプチド: Fab
      • タンパク質・ペプチド: Fab
  • リガンド: CALCIUM ION
キーワードAnthrax / PA / neutralizing / Fab / TOXIN
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host MAPK cascade / : / host cell cytosol / Uptake and function of anthrax toxins / host cell endosome membrane / protein homooligomerization / toxin activity / host cell plasma membrane / extracellular region / metal ion binding ...symbiont-mediated suppression of host MAPK cascade / : / host cell cytosol / Uptake and function of anthrax toxins / host cell endosome membrane / protein homooligomerization / toxin activity / host cell plasma membrane / extracellular region / metal ion binding / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Protective antigen domain 4 / : / Anthrax protective antigen, immunoglobulin-like domain / PA14/GLEYA domain / PA14 domain profile. / Bacterial exotoxin B / Protective antigen, heptamerisation domain / Protective antigen, Ca-binding domain / Clostridial binary toxin B/anthrax toxin PA, domain 3 / Protective antigen, heptamerisation domain superfamily ...Protective antigen domain 4 / : / Anthrax protective antigen, immunoglobulin-like domain / PA14/GLEYA domain / PA14 domain profile. / Bacterial exotoxin B / Protective antigen, heptamerisation domain / Protective antigen, Ca-binding domain / Clostridial binary toxin B/anthrax toxin PA, domain 3 / Protective antigen, heptamerisation domain superfamily / Clostridial binary toxin B/anthrax toxin PA Ca-binding domain / Clostridial binary toxin B/anthrax toxin PA domain 2 / Clostridial binary toxin B/anthrax toxin PA domain 3 / PA14 domain / PA14 / PA14 domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Protective antigen
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus anthracis (炭疽菌) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Hoelzgen F / Zalk R
資金援助 イスラエル, 1件
OrganizationGrant number国
Israel Science Foundation364/20 イスラエル
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2021
タイトル: Neutralization of the anthrax toxin by antibody-mediated stapling of its membrane-penetrating loop.
著者: F Hoelzgen / R Zalk / R Alcalay / S Cohen-Schwartz / G Garau / A Shahar / O Mazor / G A Frank /
要旨: Anthrax infection is associated with severe illness and high mortality. Protective antigen (PA) is the central component of the anthrax toxin, which is one of two major virulence factors of Bacillus ...Anthrax infection is associated with severe illness and high mortality. Protective antigen (PA) is the central component of the anthrax toxin, which is one of two major virulence factors of Bacillus anthracis, the causative agent of anthrax disease. Upon endocytosis, PA opens a pore in the membranes of endosomes, through which the cytotoxic enzymes of the toxin are extruded. The PA pore is formed by a cooperative conformational change in which the membrane-penetrating loops of PA associate, forming a hydrophobic rim that pierces the membrane. Due to its crucial role in anthrax progression, PA is an important target for monoclonal antibody-based therapy. cAb29 is a highly effective neutralizing antibody against PA. Here, the cryo-EM structure of PA in complex with the Fab portion of cAb29 was determined. It was found that cAb29 neutralizes the toxin by clamping the membrane-penetrating loop of PA to the static surface-exposed loop of the D3 domain of the same subunit, thereby preventing pore formation. These results provide the structural basis for the antibody-based neutralization of PA and bring into focus the membrane-penetrating loop of PA as a target for the development of better anti-anthrax vaccines.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2021
タイトル: Neutralization of the anthrax toxin by antibody-mediated stapling of its membrane penetrating loop
著者: Hoelzgen F / Zalk R / Alcalay R / Garau G / Shahar A / Mazor O / Frank GA
履歴
登録2021年4月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年4月28日-
マップ公開2021年4月28日-
更新2024年10月23日-
現状2024年10月23日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7o85
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7o85
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_12761.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_12761.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Anthrax toxin prepore in complex with the neutralizing Fab cAb29
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 400 pix.
= 440. Å		1.1 Å/pix.
x 400 pix.
= 440. Å		1.1 Å/pix.
x 400 pix.
= 440. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.025 / ムービー #1: 0.025
最小 - 最大-0.111714065 - 0.18620475
平均 (標準偏差)0.00009695423 (±0.002405374)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 440.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.11.11.1
M x/y/z400400400
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z440.000440.000440.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ278280246
NX/NY/NZ474891
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS400400400
D min/max/mean-0.1120.1860.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Fab bound to anthrax protective antigen

全体名称: Fab bound to anthrax protective antigen
要素
  • 複合体: Fab bound to anthrax protective antigen
    • 複合体: anthrax protective antigen
      • タンパク質・ペプチド: Protective antigen PA-63
    • 複合体: Fab
      • タンパク質・ペプチド: Fab
      • タンパク質・ペプチド: Fab
  • リガンド: CALCIUM ION

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超分子 #1: Fab bound to anthrax protective antigen

超分子名称: Fab bound to anthrax protective antigen / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
分子量理論値: 791 KDa

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超分子 #2: anthrax protective antigen

超分子名称: anthrax protective antigen / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Bacillus anthracis (炭疽菌)

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超分子 #3: Fab

超分子名称: Fab / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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分子 #1: Protective antigen PA-63

分子名称: Protective antigen PA-63 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus anthracis (炭疽菌)
分子量理論値: 49.244438 KDa
組換発現生物種: Bacillus anthracis (炭疽菌)
配列文字列: TVPDRDNDGI PDSLEVEGYT VDVKNKRTFL SPWISNIHEK KGLTKYKSSP EKWSTASDPY SDFEKVTGRI DKNVSPEARH PLVAAYPIV HVDMENIILS KNEDQSTQNT DSQTRTISKN TSTSRTHTSE VHGNAEVHAS FFDIGGSVSA GFSNSNSSTV A IDHSLSLA ...文字列:
TVPDRDNDGI PDSLEVEGYT VDVKNKRTFL SPWISNIHEK KGLTKYKSSP EKWSTASDPY SDFEKVTGRI DKNVSPEARH PLVAAYPIV HVDMENIILS KNEDQSTQNT DSQTRTISKN TSTSRTHTSE VHGNAEVHAS FFDIGGSVSA GFSNSNSSTV A IDHSLSLA GERTWAETMG LNTADTARLN ANIRYVNTGT APIYNVLPTT SLVLGKNQTL ATIKAKENQL SQILAPNNYY PS KNLAPIA LNAQDDFSST PITMNYNQFL ELEKTKQLRL DTDQVYGNIA TYNFENGRVR VDTGSNWSEV LPQIQETTAR IIF NGKDLN LVERRIAAVN PSDPLETTKP DMTLKEALKI AFGFNEPNGN LQYQGKDITE FDFNFDQQTS QNIKNQLAEL NATN IYTVL DKIKLNAKMN ILIRDKRFHY DRNNIAVGAD ESVVKE

UniProtKB: Protective antigen

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分子 #2: Fab

分子名称: Fab / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 10.023125 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列:
AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA ISCRASQDIS NYLNWYAAAA AAAAALLIYY TSRLHSEVPS RFSGSGSGTD YSLTIAAAAA AAAAAAFCQ QGKTLPWTFG GGTKL

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分子 #3: Fab

分子名称: Fab / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 10.58668 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列:
AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAKASGYIFT NYNMHWVAAA AAAAAEWIGA IYPRTGDTSY NQKFKGKATL TADKSSSTAY AAAAAAAAA AAAAAACARD GFAYWAAAAA AAAA

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分子 #4: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 14 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
平均電子線量: 80.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 211098
初期 角度割当タイプ: OTHER / 詳細: Stochastic Gradient descent
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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