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- EMDB-1273: Centrosome polarization delivers secretory granules to the immuno... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1273
タイトルCentrosome polarization delivers secretory granules to the immunological synapse.
マップデータTomogram of the immunological synapse between a cytotoxic T lymphocyte (CTL) and a target cell. The microtubule organization centre (MTOC) is polarized to the cell-cell contact site. The electron-dense lytic granules are transported along the microtubules to the synaptic cleft. Here they probably fuse with the membrane and excrete the cytotoxic proteins that trigger the death of the target cell. (See the masks representing models of the synaptic cleft, microtubules, centriole, lytic granules and Golgi apparatus.)
試料
  • 試料: Immunological synapse between a cytotoxic T lymphocyte and a target cell
  • 細胞器官・細胞要素: human CD8 CTL clone, PK-1
  • 細胞器官・細胞要素: P815 mouse target cell
生物種Homo sapiens (ヒト) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子線トモグラフィー法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 50.0 Å
データ登録者Stinchcombe JC / Majorovits E / Bossi G / Fuller SD / Griffiths GM
引用ジャーナル: Nature / 年: 2006
タイトル: Centrosome polarization delivers secretory granules to the immunological synapse.
著者: Jane C Stinchcombe / Endre Majorovits / Giovanna Bossi / Stephen Fuller / Gillian M Griffiths /
要旨: Cytotoxic T lymphocytes (CTLs) destroy virally infected and tumorigenic cells by releasing the contents of specialized secretory lysosomes--termed 'lytic granules'--at the immunological synapse ...Cytotoxic T lymphocytes (CTLs) destroy virally infected and tumorigenic cells by releasing the contents of specialized secretory lysosomes--termed 'lytic granules'--at the immunological synapse formed between the CTL and the target. On contact with the target cell, the microtubule organizing centre of the CTL polarizes towards the target and granules move along microtubules in a minus-end direction towards the polarized microtubule organizing centre. However, the final steps of secretion have remained unclear. Here we show that CTLs do not require actin or plus-end microtubule motors for secretion, but instead the centrosome moves to and contacts the plasma membrane at the central supramolecular activation cluster of the immunological synapse. Actin and IQGAP1 are cleared away from the synapse, and granules are delivered directly to the plasma membrane. These data show that CTLs use a previously unreported mechanism for delivering secretory granules to the immunological synapse, with granule secretion controlled by centrosome delivery to the plasma membrane.
履歴
登録2006年10月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2006年10月10日-
マップ公開2006年10月10日-
更新2012年12月26日-
現状2012年12月26日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • ソリッド表示（ボリュームレンダリング）
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1273.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1273.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 296.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED BYTE
注釈Tomogram of the immunological synapse between a cytotoxic T lymphocyte (CTL) and a target cell. The microtubule organization centre (MTOC) is polarized to the cell-cell contact site. The electron-dense lytic granules are transported along the microtubules to the synaptic cleft. Here they probably fuse with the membrane and excrete the cytotoxic proteins that trigger the death of the target cell. (See the masks representing models of the synaptic cleft, microtubules, centriole, lytic granules and Golgi apparatus.)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 22.5 Å
密度
最小 - 最大-125.0 - 127.0
平均 (標準偏差)12.024714469999999 (±13.401159290000001)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ2048204876
Spacing2048204876
セルA: 46080.0 Å / B: 46080.0 Å / C: 1710.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeenvelope stored as signed bytes (from -128 lowest to 127 highest)
Å/pix. X/Y/Z22.522.522.5
M x/y/z2048204876
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z46080.00046080.0001710.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-184-184-183
NX/NY/NZ368368368
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS2048204876
D min/max/mean-125.000127.00012.025

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添付データ

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セグメンテーションマップ: Microtubule (MT) network within the CTL. The MTs...

注釈Microtubule (MT) network within the CTL. The MTs radiate out from the polarized centrosomal area, running both away from the plasma membrane into the cell and along the cell membrane to the periphery of the synapse. Both lytic granules (see mask granules_mask4) and the Golgi apparatus (see mask golgi_mask5) are linked to and transported along the MTs to the synaptic cleft
ファイルemd_1273_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

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密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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セグメンテーションマップ: One of the two CTL centrioles, sitting close...

注釈One of the two CTL centrioles, sitting close to the synaptic cleft. The two centrioles form part of the centrosome that is polarized to the synaptic cleft. Microtubules run from here into the cell and along the cell membrane to the periphery of the synapse (see mask MTs_mask)
ファイルemd_1273_msk_2.map
投影像・断面図
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セグメンテーションマップ: The lytic granules are the "cytotoxic organelles" of...

注釈The lytic granules are the "cytotoxic organelles" of the CTL. They are transported along the MTs in a minus-end fashion towards the polarized centrosome. After docking to the cell membrane they probably fuse with the membrane at the secretory domain and excrete the cytotoxic proteins into the synaptic cleft
ファイルemd_1273_msk_3.map
投影像・断面図
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セグメンテーションマップ: A CTL Golgi apparatus, sitting close to the...

注釈A CTL Golgi apparatus, sitting close to the synaptic cleft. The Golgi apparatus is polarized to the cell-cell contact together with the centrosome
ファイルemd_1273_msk_4.map
投影像・断面図
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セグメンテーションマップ: Synaptic cleft, i.e. space between the CTL and...

注釈Synaptic cleft, i.e. space between the CTL and the target cell as defined by the opposing membranes. Areas of close membrane-membrane contact (adhesion/signaling domains) and pocket-like areas with larger membrane-membrane distances (secretion domain) are clearly distinguishable
ファイルemd_1273_msk_5.map
投影像・断面図
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その他

詳細[README_masks.txt]
Information about the masks which have been taken from the tomogram map emd_1273.map
emd_1273_msk_1.map:mask1_synapse:
Synaptic cleft, i.e. space between the CTL and the target cell as
defined by the opposing membranes. Areas of close membrane-membrane
contact (adhesion/signaling domains) and pocket-like areas with larger
membrane-membrane distances (secretion domain) are clearly
distinguishable.
emd_1273_msk_2.map:mask2_MTs:
Microtubule (MT) network within the CTL. The MTs radiate out from the
polarized centrosomal area, running both away from the plasma membrane
into the cell and along the cell membrane to the periphery of the
synapse. Both lytic granules (see mask granules_mask4) and the Golgi
apparatus (see mask golgi_mask5) are linked to and transported along the
MTs to the synaptic cleft.
emd_1273_msk_3.map:mask3_centriole:
One of the two CTL centrioles, sitting close to the synaptic cleft. The
two centrioles form part of the centrosome that is polarized to the
synaptic cleft. Microtubules run from here into the cell and along the
cell membrane to the periphery of the synapse (see mask MTs_mask).
emd_1273_msk_4.map:mask4_granules:
The lytic granules are the "cytotoxic organelles" of the CTL. They are
transported along the MTs in a minus-end fashion towards the polarized
centrosome. After docking to the cell membrane they probably fuse with
the membrane at the secretory domain and excrete the cytotoxic proteins
into the synaptic cleft.
emd_1273_msk_5.map:mask5_golgi:
A CTL Golgi apparatus, sitting close to the synaptic cleft. The Golgi
apparatus is polarized to the cell-cell contact together with the
centrosome.

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試料の構成要素

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全体 : Immunological synapse between a cytotoxic T lymphocyte and a targ...

全体名称: Immunological synapse between a cytotoxic T lymphocyte and a target cell
要素
  • 試料: Immunological synapse between a cytotoxic T lymphocyte and a target cell
  • 細胞器官・細胞要素: human CD8 CTL clone, PK-1
  • 細胞器官・細胞要素: P815 mouse target cell

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超分子 #1000: Immunological synapse between a cytotoxic T lymphocyte and a targ...

超分子名称: Immunological synapse between a cytotoxic T lymphocyte and a target cell
タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 2

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超分子 #1: human CD8 CTL clone, PK-1

超分子名称: human CD8 CTL clone, PK-1 / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / Name.synonym: human CD8 T cell / 詳細: human CD8 CTL clone derived from healthy donor / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: human

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超分子 #2: P815 mouse target cell

超分子名称: P815 mouse target cell / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 2 / Name.synonym: mouse target cell / 詳細: 0 / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: P815 mouse cell line / 別称: house mouse

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析電子線トモグラフィー法

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試料調製

緩衝液詳細: RPMI medium
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: CTLs were labelled overnight with 1-2mg/ml HRP to load the lytic granules. After 30 min. conjugation to P815 target cells with anti-CD3 antibodies the sample was fixed and processed for DAB- ...詳細: CTLs were labelled overnight with 1-2mg/ml HRP to load the lytic granules. After 30 min. conjugation to P815 target cells with anti-CD3 antibodies the sample was fixed and processed for DAB-cytochemistry and post-fixed with reduced osmium. The serial section was stained with lead citrate for 8 min.
凍結凍結剤: NONE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F30
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20.0 eV
詳細double tilt series
日付2005年11月8日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GENERIC GATAN (2k x 2k)
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 6200 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 4.8 µm / 倍率（公称値）: 5600
試料ステージ試料ホルダー: flip-flop holder / 試料ホルダーモデル: OTHER / Tilt series - Axis1 - Min angle: -68.0 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 68.0 ° / Tilt series - Axis1 - Angle increment: 1 °
実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細double tilt series
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 50.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: IMOD
詳細: dual-axis tomograms were matched and merged to give a final map with reduced missing "cone"
使用した粒子像数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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