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万見
- EMDB-12700: Structure of the C9orf72-SMCR8 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-12700
タイトルStructure of the C9orf72-SMCR8 complex
マップデータMap of C9orf72-SMCR8 complex
試料
  • 複合体: C9orf72-SMCR8 complex
    • タンパク質・ペプチド: Ubiquitin-like protein SMT3,Guanine nucleotide exchange C9orf72
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide exchange protein SMCR8,Guanine nucleotide exchange protein SMCR8,Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein
キーワードDenn domain / Coiled-coil / GTPase-activating protein / PROTEIN BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


SUMO is conjugated to E1 (UBA2:SAE1) / Atg1/ULK1 kinase complex / SUMOylation of nuclear envelope proteins / SUMO is transferred from E1 to E2 (UBE2I, UBC9) / SUMO is proteolytically processed / SUMOylation of transcription factors / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / late endosome to lysosome transport / SUMOylation of transcription cofactors / regulation of TORC1 signaling ...SUMO is conjugated to E1 (UBA2:SAE1) / Atg1/ULK1 kinase complex / SUMOylation of nuclear envelope proteins / SUMO is transferred from E1 to E2 (UBE2I, UBC9) / SUMO is proteolytically processed / SUMOylation of transcription factors / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / late endosome to lysosome transport / SUMOylation of transcription cofactors / regulation of TORC1 signaling / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / regulation of autophagosome assembly / negative regulation of autophagosome assembly / SUMOylation of DNA replication proteins / regulation of actin filament organization / septin ring / guanyl-nucleotide exchange factor complex / SUMOylation of SUMOylation proteins / negative regulation of immune response / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / SUMOylation of RNA binding proteins / axon extension / Flemming body / negative regulation of exocytosis / SUMOylation of chromatin organization proteins / positive regulation of autophagosome maturation / main axon / negative regulation of macroautophagy / detection of maltose stimulus / maltose transport complex / protein kinase inhibitor activity / ubiquitin-like protein ligase binding / carbohydrate transport / positive regulation of macroautophagy / protein sumoylation / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / positive regulation of TOR signaling / autophagosome / axonal growth cone / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / stress granule assembly / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / GTPase activator activity / guanyl-nucleotide exchange factor activity / cell chemotaxis / positive regulation of GTPase activity / negative regulation of protein phosphorylation / condensed nuclear chromosome / regulation of autophagy / cell projection / negative regulation of protein kinase activity / P-body / PML body / small GTPase binding / autophagy / cytoplasmic stress granule / endocytosis / protein tag activity / regulation of protein localization / presynapse / outer membrane-bounded periplasmic space / postsynapse / perikaryon / nuclear membrane / periplasmic space / lysosome / endosome / negative regulation of gene expression / intracellular membrane-bounded organelle / DNA damage response / dendrite / chromatin / protein kinase binding / extracellular space / nucleoplasm / identical protein binding / membrane / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Guanine nucleotide exchange factor C9orf72 / C9orf72-like protein family / Tripartite DENN C9ORF72-type domain profile. / Folliculin/SMCR8, longin domain / Folliculin/SMCR8, tripartite DENN domain / Vesicle coat protein involved in Golgi to plasma membrane transport / Tripartite DENN FLCN/SMCR8-type domain profile. / Rad60/SUMO-like domain / Ubiquitin-2 like Rad60 SUMO-like / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein ...Guanine nucleotide exchange factor C9orf72 / C9orf72-like protein family / Tripartite DENN C9ORF72-type domain profile. / Folliculin/SMCR8, longin domain / Folliculin/SMCR8, tripartite DENN domain / Vesicle coat protein involved in Golgi to plasma membrane transport / Tripartite DENN FLCN/SMCR8-type domain profile. / Rad60/SUMO-like domain / Ubiquitin-2 like Rad60 SUMO-like / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein / Ubiquitin-like protein SMT3 / Guanine nucleotide exchange protein SMCR8 / Guanine nucleotide exchange factor C9orf72
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Noerpel J / Cavadini S
資金援助 スイス, 1件
OrganizationGrant number国
Swiss National Science Foundation スイス
引用ジャーナル: PLoS Biol / 年: 2021
タイトル: Structure of the human C9orf72-SMCR8 complex reveals a multivalent protein interaction architecture.
著者: Julia Nörpel / Simone Cavadini / Andreas D Schenk / Alexandra Graff-Meyer / Daniel Hess / Jan Seebacher / Jeffrey A Chao / Varun Bhaskar /
要旨: A major cause of familial amyotrophic lateral sclerosis (ALS) and frontotemporal dementia (FTD) spectrum disorder is the hexanucleotide G4C2 repeat expansion in the first intron of the C9orf72 gene. ...A major cause of familial amyotrophic lateral sclerosis (ALS) and frontotemporal dementia (FTD) spectrum disorder is the hexanucleotide G4C2 repeat expansion in the first intron of the C9orf72 gene. Many underlying mechanisms lead to manifestation of disease that include toxic gain-of-function by repeat G4C2 RNAs, dipeptide repeat proteins, and a reduction of the C9orf72 gene product. The C9orf72 protein interacts with SMCR8 and WDR41 to form a trimeric complex and regulates multiple cellular pathways including autophagy. Here, we report the structure of the C9orf72-SMCR8 complex at 3.8 Å resolution using single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM). The structure reveals 2 distinct dimerization interfaces between C9orf72 and SMCR8 that involves an extensive network of interactions. Homology between C9orf72-SMCR8 and Folliculin-Folliculin Interacting Protein 2 (FLCN-FNIP2), a GTPase activating protein (GAP) complex, enabled identification of a key residue within the active site of SMCR8. Further structural analysis suggested that a coiled-coil region within the uDenn domain of SMCR8 could act as an interaction platform for other coiled-coil proteins, and its deletion reduced the interaction of the C9orf72-SMCR8 complex with FIP200 upon starvation. In summary, this study contributes toward our understanding of the biological function of the C9orf72-SMCR8 complex.
履歴
登録2021年3月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年7月21日-
マップ公開2021年7月21日-
更新2024年7月10日-
現状2024年7月10日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.003
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.003
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7o2w
  • 表面レベル: 0.003
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_12700.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_12700.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Map of C9orf72-SMCR8 complex
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.86 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0022 / ムービー #1: 0.003
最小 - 最大-0.009701821 - 0.015951749
平均 (標準偏差)0.0000225176 (±0.0003570773)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 240.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.860.860.86
M x/y/z280280280
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z240.800240.800240.800
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS280280280
D min/max/mean-0.0100.0160.000

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添付データ

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追加マップ: Unsharpened map of C9orf72-SMCR8 complex

ファイルemd_12700_additional_1.map
注釈Unsharpened map of C9orf72-SMCR8 complex
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Unsharpened map of C9orf72-SMCR8 complex at 4.3 angstrong

ファイルemd_12700_additional_2.map
注釈Unsharpened map of C9orf72-SMCR8 complex at 4.3 angstrong
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : C9orf72-SMCR8 complex

全体名称: C9orf72-SMCR8 complex
要素
  • 複合体: C9orf72-SMCR8 complex
    • タンパク質・ペプチド: Ubiquitin-like protein SMT3,Guanine nucleotide exchange C9orf72
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide exchange protein SMCR8,Guanine nucleotide exchange protein SMCR8,Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein

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超分子 #1: C9orf72-SMCR8 complex

超分子名称: C9orf72-SMCR8 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 201 KDa

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分子 #1: Ubiquitin-like protein SMT3,Guanine nucleotide exchange C9orf72

分子名称: Ubiquitin-like protein SMT3,Guanine nucleotide exchange C9orf72
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 67.167727 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MAHHHHHHGS DSEVNQEAKP EVKPEVKPET HINLKVSDGS SEIFFKIKKT TPLRRLMEAF AKRQGKEMDS LRFLYDGIRI QADQTPEDL DMEDNDIIEA HREQISSGLD AAAMSTLCPP PSPAVAKTEI ALSGKSPLLA ATFAYWDNIL GPRVRHIWAP K TEQVLLSD ...文字列:
MAHHHHHHGS DSEVNQEAKP EVKPEVKPET HINLKVSDGS SEIFFKIKKT TPLRRLMEAF AKRQGKEMDS LRFLYDGIRI QADQTPEDL DMEDNDIIEA HREQISSGLD AAAMSTLCPP PSPAVAKTEI ALSGKSPLLA ATFAYWDNIL GPRVRHIWAP K TEQVLLSD GEITFLANHT LNGEILRNAE SGAIDVKFFV LSEKGVIIVS LIFDGNWNGD RSTYGLSIIL PQTELSFYLP LH RVCVDRL THIIRKGRIW MHKERQENVQ KIILEGTERM EDQGQSIIPM LTGEVIPVME LLSSMKSHSV PEEIDIADTV LND DDIGDS CHEGFLLNAI SSHLQTCGCS VVVGSSAEKV NKIVRTLCLF LTPAERKCSR LCEAESSFKY ESGLFVQGLL KDST GSFVL PFRQVMYAPY PTTHIDVDVN TVKQMPPCHE HIYNQRRYMR SELTAFWRAT SEEDMAQDTI IYTDESFTPD LNIFQ DVLH RDTLVKAFLD QVFQLKPGLS LRSTFLAQFL LVLHRKALTL IKYIEDDTQK GKKPFKSLRN LKIDLDLTAE GDLNII MAL AEKIKPGLHS FIFGRPFYTS VQERDVLMTF

UniProtKB: Ubiquitin-like protein SMT3, Guanine nucleotide exchange factor C9orf72

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分子 #2: Guanine nucleotide exchange protein SMCR8,Guanine nucleotide exch...

分子名称: Guanine nucleotide exchange protein SMCR8,Guanine nucleotide exchange protein SMCR8,Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 134.389406 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MDSAWSHPQF EKGGGSGGGS GGSAWSHPQF EKSAVDLEVL FQGPGMISAP DVVAFTKEEE YEEEPYNEPA LPEEYSVPLF PFASQGANP WSKLSGAKFS RDFILISEFS EQVGPQPLLT IPNDTKVFGT FDLNYFSLRI MSVDYQASFV GHPPGSAYPK L NFVEDSKV ...文字列:
MDSAWSHPQF EKGGGSGGGS GGSAWSHPQF EKSAVDLEVL FQGPGMISAP DVVAFTKEEE YEEEPYNEPA LPEEYSVPLF PFASQGANP WSKLSGAKFS RDFILISEFS EQVGPQPLLT IPNDTKVFGT FDLNYFSLRI MSVDYQASFV GHPPGSAYPK L NFVEDSKV VLGDSKEGAF AYVHHLTLYD LEARGFVRPF CMAYISADQH KIMQQFQELS AEFSRASECL KTGNRKAFAG EL EKKLKDL DYTRTVLHTE TEIQKKANDK GFYSSQAIEK ANELASVEKS IIEHQDLLKQ IRSYPHRKLK GHDLCPGEME HIQ DQASQA STTSNPDESA DTDLYTCRPA YTPKLIKAKS TKCFDKKLKT LEELCDTEYF TQTLAQLSHI EHMFRGDLCY LLTS QIDRA LLKQQHITNF LFEDFVEVDD RMVEKQESIP SKPSQDRPPS SSLEECPIPK VLISVGSYKS SVESVLIKME QELGD EEYK DTGSTGSTSG TLEVLFQGPG RQKDQGFRVD FSVENANPSS RDNSCEGFPA YELDPSHLLA SRDISKTSLD NYSDTT SYV SSVASTSSDR IPSAYPAGLS SDRHKKRAGQ NALKFIRQYP FAHPAIYSLL SGRTLVVLGE DEAIVRKLVT ALAIFVP SY GCYAKPVKHW ASSPLHIMDF QKWKLIGLQR VASPAGAGTL HALSRYSRYT SILDLDNKTL RCPLYRGTLV PRLADHRT Q IKRGSTYYLH VQSMLTQLCS KAFLYTFCHH LHLPTHDKET EELVASRQMS FLKLTLGLVN EDVRVVQYLA ELLKLHYMQ ESPGTSHPML RFDYVPSFLY KIGGSGSENL YFQGGTSSGM KIEEGKLVIW INGDKGYNGL AEVGKKFEKD TGIKVTVEHP DKLEEKFPQ VAATGDGPDI IFWAHDRFGG YAQSGLLAEI TPDKAFQDKL YPFTWDAVRY NGKLIAYPIA VEALSLIYNK D LLPNPPKT WEEIPALDKE LKAKGKSALM FNLQEPYFTW PLIAADGGYA FKYENGKYDI KDVGVDNAGA KAGLTFLVDL IK NKHMNAD TDYSIAEAAF NKGETAMTIN GPWAWSNIDT SKVNYGVTVL PTFKGQPSKP FVGVLSAGIN AASPNKELAK EFL ENYLLT DEGLEAVNKD KPLGAVALKS YEEELAKDPR IAATMENAQK GEIMPNIPQM SAFWYAVRTA VINAASGRQT VDEA LKDAQ T

UniProtKB: Guanine nucleotide exchange protein SMCR8, Guanine nucleotide exchange protein SMCR8, Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.37 mg/mL
緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成使用した粒子像数: 284568
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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