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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-12676 | ||||||||||||
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タイトル | Vibrio vulnificus stressosome | ||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||
試料 |
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キーワード | stressosome / stress sensing / general stress response / Gram-negative / SIGNALING PROTEIN | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||||||||
生物種 | Vibrio vulnificus (バクテリア) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.3 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Kaltwasser S / Heinz V | ||||||||||||
資金援助 | European Union, 英国, 3件
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引用 | ジャーナル: Commun Biol / 年: 2022 タイトル: The Vibrio vulnificus stressosome is an oxygen-sensor involved in regulating iron metabolism 著者: Heinz V / Jackel W / Kaltwasser S / Cutugno L / Bedrunka P / Graf A / Reder A / Michalik S / Dhople VM / Madej MG / Conway M / Lechner M / Riedel K / Bange G / Boyd A / Volker U / Lewis RJ / ...著者: Heinz V / Jackel W / Kaltwasser S / Cutugno L / Bedrunka P / Graf A / Reder A / Michalik S / Dhople VM / Madej MG / Conway M / Lechner M / Riedel K / Bange G / Boyd A / Volker U / Lewis RJ / Marles-Wright J / Ziegler C / Pane-Farre J | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_12676.map.gz | 55.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-12676-v30.xml emd-12676.xml | 13.5 KB 13.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_12676.png | 119.1 KB | ||
Filedesc metadata | emd-12676.cif.gz | 5.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-12676 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-12676 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_12676_validation.pdf.gz | 535.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_12676_full_validation.pdf.gz | 534.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_12676_validation.xml.gz | 6.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_12676_validation.cif.gz | 6.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-12676 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-12676 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7o0iMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_12676.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 59.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.77 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : stressosome complex of VvRsbR and VvRsbS
全体 | 名称: stressosome complex of VvRsbR and VvRsbS |
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要素 |
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-超分子 #1: stressosome complex of VvRsbR and VvRsbS
超分子 | 名称: stressosome complex of VvRsbR and VvRsbS / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Vibrio vulnificus (バクテリア) |
-分子 #1: RsbS, negative regulator of sigma-B
分子 | 名称: RsbS, negative regulator of sigma-B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Vibrio vulnificus (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 12.390511 KDa |
組換発現 | 生物種: Vibrio vulnificus (バクテリア) |
配列 | 文字列: MQSAISISKL QDVLIASVQV DLTESTLRDF SLDLLDAVKS TRAKGVMIEL SGVKTLDGES MHSLLDVVKT VEVMGRRCLL VGLRPGVVI GLMDIGIDLA STLCVADLEQ GFLYLE UniProtKB: RsbS, negative regulator of sigma-B |
-分子 #2: Anti-anti-sigma factor
分子 | 名称: Anti-anti-sigma factor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 48 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Vibrio vulnificus (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 34.606043 KDa |
組換発現 | 生物種: Vibrio vulnificus (バクテリア) |
配列 | 文字列: MSLGSVLNKV EDADELLKLH DLTEADLALI RKFGQIMVPK LDEYVKHFYD WLRNTPEYEQ YFGDAQKLQR VQDSQVRYWK TFFDARIDS AYLKERRDVG EIHARVGLPL PTYFAGMNIS MVIFTKRMYD GSLYSDEYSS LVTAFTKLLH LDTTIVVDTY S RLINKRIS ...文字列: MSLGSVLNKV EDADELLKLH DLTEADLALI RKFGQIMVPK LDEYVKHFYD WLRNTPEYEQ YFGDAQKLQR VQDSQVRYWK TFFDARIDS AYLKERRDVG EIHARVGLPL PTYFAGMNIS MVIFTKRMYD GSLYSDEYSS LVTAFTKLLH LDTTIVVDTY S RLINKRIS EQSEALLAMS TPVTMIWQDI LMLPIVGIID SKRAQDIMSA VLNKISENRA KIFIMDISGV AVVDTAVANH FI KITKATK LMGCDCLVSG VSPSIARTMV QLGINVGEVR TNATLRDALE NAFKIVGLTV SGLKHFPHE UniProtKB: Anti-anti-sigma factor |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE | |||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK II |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI POLARA 300 |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / 平均露光時間: 1.5 sec. / 平均電子線量: 72.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 5.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.7 µm / 倍率(公称値): 59000 |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |