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- EMDB-1266: Structural changes of bacteriophage phi29 upon DNA packaging and ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1266
タイトルStructural changes of bacteriophage phi29 upon DNA packaging and release.
マップデータStructure of a emptied particle from bateriophage phi29
試料
  • 試料: emptied bateriophage phi29 particle
  • ウイルス: Bacillus phage phi29 (ファージ)
生物種Bacillus phage phi29 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 27.0 Å
データ登録者Xiang Y / Morais MC / Battisti AJ / Grimes S / Jardine PJ / Anderson DL / Rossmann MG
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2006
タイトル: Structural changes of bacteriophage phi29 upon DNA packaging and release.
著者: Ye Xiang / Marc C Morais / Anthony J Battisti / Shelley Grimes / Paul J Jardine / Dwight L Anderson / Michael G Rossmann /
要旨: Cryo-electron microscopy three-dimensional reconstructions have been made of mature and of emptied bacteriophage phi29 particles without making symmetry assumptions. Comparisons of these structures ...Cryo-electron microscopy three-dimensional reconstructions have been made of mature and of emptied bacteriophage phi29 particles without making symmetry assumptions. Comparisons of these structures with each other and with the phi29 prohead indicate how conformational changes might initiate successive steps of assembly and infection. The 12 adsorption capable 'appendages' were found to have a structure homologous to the bacteriophage P22 tailspikes. Two of the appendages are extended radially outwards, away from the long axis of the virus, whereas the others are around and parallel to the phage axis. The appendage orientations are correlated with the symmetry-mismatched positions of the five-fold related head fibers, suggesting a mechanism for partial cell wall digestion upon rotation of the head about the tail when initiating infection. The narrow end of the head-tail connector is expanded in the mature virus. Gene product 3, bound to the 5' ends of the genome, appears to be positioned within the expanded connector, which may potentiate the release of DNA-packaging machine components, creating a binding site for attachment of the tail.
履歴
登録2006年9月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2006年9月12日-
マップ公開2007年9月12日-
更新2013年12月11日-
現状2013年12月11日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 2.487562527
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 2.487562527
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1266.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1266.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 62.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Structure of a emptied particle from bateriophage phi29
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4.24 Å/pix.
x 256 pix.
= 1085.44 Å		4.24 Å/pix.
x 256 pix.
= 1085.44 Å		4.24 Å/pix.
x 256 pix.
= 1085.44 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.24 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル1: 2.32 / ムービー #1: 2.4875625
最小 - 最大-13.244400000000001 - 12.4611
平均 (標準偏差)-0.000885322 (±1.15741)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-128-128-128
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 1085.44 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.244.244.24
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1085.4401085.4401085.440
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-184-184-183
NX/NY/NZ368368368
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-128-128-128
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-13.24412.461-0.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : emptied bateriophage phi29 particle

全体名称: emptied bateriophage phi29 particle
要素
  • 試料: emptied bateriophage phi29 particle
  • ウイルス: Bacillus phage phi29 (ファージ)

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超分子 #1000: emptied bateriophage phi29 particle

超分子名称: emptied bateriophage phi29 particle / タイプ: sample / ID: 1000
集合状態: capsid protein forms T3 Q5 prolate icosahedron
Number unique components: 1
分子量理論値: 20.8 MDa

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超分子 #1: Bacillus phage phi29

超分子名称: Bacillus phage phi29 / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: emptied bacteriophage phi29 / NCBI-ID: 10756 / 生物種: Bacillus phage phi29 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: Yes / Syn species name: emptied bacteriophage phi29
宿主生物種: Bacillus subtilis (枯草菌) / 別称: BACTERIA(EUBACTERIA)
分子量実験値: 20.8 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: capsid-length-T / 直径: 530 Å / T番号(三角分割数): 3
ウイルス殻Shell ID: 2 / 名称: capsid-width-Q / 直径: 430 Å / T番号(三角分割数): 5

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.8 / 詳細: 50mM Tris-HCl pH 7.8, 10mM MgCl2 and 100mM NaCl
グリッド詳細: holey carbon
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI/PHILIPS CM300FEG/T
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 7 µm / 実像数: 48 / 平均電子線量: 20 e/Å2 / 詳細: after scanning, images binned by a factor of 2 / ビット/ピクセル: 8
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 6.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 倍率（公称値）: 33000
試料ステージ試料ホルダー: Side entry liquid nitrogen-cooled cryo specimen holder
試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

CTF補正詳細: phase flip and amplitude correction for each micrograph
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 27.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF
ソフトウェア - 名称: EMAN, python script for asymmetric reconstruction
詳細: asymmetric reconstruction / 使用した粒子像数: 7272
最終 2次元分類クラス数: 20

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原子モデル構築 1

ソフトウェア名称: EMFIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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