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万見
- EMDB-12649: cryoEM reconstruction of 1C9-sMAC -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-12649
タイトルcryoEM reconstruction of 1C9-sMAC
マップデータLocally sharpened 1C9-sMAC map
試料
  • 複合体: 1C9-sMAC
    • タンパク質・ペプチド: Complement protein C5b
    • タンパク質・ペプチド: Complement protein C6
    • タンパク質・ペプチド: Complement protein C7
    • タンパク質・ペプチド: Complement protein C8 beta
    • タンパク質・ペプチド: Complement protein C8 alpha
    • タンパク質・ペプチド: Complement protein C8 gamma
    • タンパク質・ペプチド: Complement protein C9
機能・相同性
機能・相同性情報


cell killing / Terminal pathway of complement / membrane attack complex / complement binding / other organism cell membrane / Activation of C3 and C5 / negative regulation of macrophage chemotaxis / complement activation / complement activation, alternative pathway / chemokine activity ...cell killing / Terminal pathway of complement / membrane attack complex / complement binding / other organism cell membrane / Activation of C3 and C5 / negative regulation of macrophage chemotaxis / complement activation / complement activation, alternative pathway / chemokine activity / retinol binding / endopeptidase inhibitor activity / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / complement activation, classical pathway / positive regulation of chemokine production / Peptide ligand-binding receptors / Regulation of Complement cascade / protein homooligomerization / positive regulation of immune response / chemotaxis / extracellular vesicle / G alpha (i) signalling events / killing of cells of another organism / blood microparticle / in utero embryonic development / cell surface receptor signaling pathway / immune response / G protein-coupled receptor signaling pathway / inflammatory response / signaling receptor binding / innate immune response / protein-containing complex binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Kazal-type serine protease inhibitor domain / : / : / Kazal-type serine protease inhibitor domain / Complement component C7, FIM2 N-terminal / Complement component C7, Kazal domain / : / Complement component C6, KAZAL domain / Complement component C8 gamma chain / : ...Kazal-type serine protease inhibitor domain / : / : / Kazal-type serine protease inhibitor domain / Complement component C7, FIM2 N-terminal / Complement component C7, Kazal domain / : / Complement component C6, KAZAL domain / Complement component C8 gamma chain / : / Complement components C8A/B/C6, EGF-like domain / Membrane attack complex component/perforin/complement C9 / Alpha-1-microglobulin / Factor I / membrane attack complex / Membrane attack complex component/perforin domain, conserved site / Membrane attack complex/perforin (MACPF) domain signature. / factor I membrane attack complex / : / Complement component 5, CUB domain / membrane-attack complex / perforin / MAC/Perforin domain / Membrane attack complex/perforin (MACPF) domain profile. / Membrane attack complex component/perforin (MACPF) domain / Complement C3/4/5, macroglobulin domain MG1 / Macroglobulin domain MG1 / Anaphylatoxin, complement system domain / Anaphylatoxin domain signature. / Anaphylatoxin, complement system / Anaphylatoxin/fibulin / Anaphylotoxin-like domain / Anaphylatoxin domain profile. / Anaphylatoxin homologous domain / Netrin C-terminal Domain / Netrin module, non-TIMP type / UNC-6/NTR/C345C module / Kazal domain / Kazal domain profile. / Macroglobulin domain MG4 / Macroglobulin domain MG4 / Netrin domain / NTR domain profile. / Alpha-macroglobulin, receptor-binding / Alpha-macroglobulin, receptor-binding domain superfamily / Macroglobulin domain MG3 / : / A-macroglobulin receptor binding domain / Macroglobulin domain MG3 / A-macroglobulin receptor / Tissue inhibitor of metalloproteinases-like, OB-fold / Alpha-2-macroglobulin / Macroglobulin domain / Alpha-2-macroglobulin, bait region domain / Alpha-macroglobulin-like, TED domain / Alpha-2-macroglobulin family / MG2 domain / A-macroglobulin TED domain / Alpha-2-macroglobulin bait region domain / Alpha-2-Macroglobulin / Alpha-2-macroglobulin family / Thrombospondin type 1 domain / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat superfamily / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat profile. / Thrombospondin type 1 repeats / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Lipocalin family conserved site / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A, conserved site / LDL-receptor class A (LDLRA) domain signature. / LDL-receptor class A (LDLRA) domain profile. / Sushi repeat (SCR repeat) / Domain abundant in complement control proteins; SUSHI repeat; short complement-like repeat (SCR) / Sushi/SCR/CCP domain / Sushi/CCP/SCR domain profile. / Sushi/SCR/CCP superfamily / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A repeat / LDL receptor-like superfamily / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain signature 2. / Lipocalin signature. / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Complement C5 / Complement component C9 / Complement component C8 alpha chain / Complement component C8 beta chain / Complement component C8 gamma chain / Complement component C7 / Complement component C6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Menny A / Couves EC / Bubeck D
資金援助European Union, 英国, 3件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)No. 864751European Union
Cancer Research UKC24523/A26234 英国
Engineering and Physical Sciences Research CouncilEP/L015498/1 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Structural basis of soluble membrane attack complex packaging for clearance.
著者: Anaïs Menny / Marie V Lukassen / Emma C Couves / Vojtech Franc / Albert J R Heck / Doryen Bubeck /
要旨: Unregulated complement activation causes inflammatory and immunological pathologies with consequences for human disease. To prevent bystander damage during an immune response, extracellular ...Unregulated complement activation causes inflammatory and immunological pathologies with consequences for human disease. To prevent bystander damage during an immune response, extracellular chaperones (clusterin and vitronectin) capture and clear soluble precursors to the membrane attack complex (sMAC). However, how these chaperones block further polymerization of MAC and prevent the complex from binding target membranes remains unclear. Here, we address that question by combining cryo electron microscopy (cryoEM) and cross-linking mass spectrometry (XL-MS) to solve the structure of sMAC. Together our data reveal how clusterin recognizes and inhibits polymerizing complement proteins by binding a negatively charged surface of sMAC. Furthermore, we show that the pore-forming C9 protein is trapped in an intermediate conformation whereby only one of its two transmembrane β-hairpins has unfurled. This structure provides molecular details for immune pore formation and helps explain a complement control mechanism that has potential implications for how cell clearance pathways mediate immune homeostasis.
履歴
登録2021年3月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年10月6日-
マップ公開2021年10月6日-
更新2021年11月17日-
現状2021年11月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_12649.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_12649.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Locally sharpened 1C9-sMAC map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.05 Å/pix.
x 400 pix.
= 418.8 Å		1.05 Å/pix.
x 400 pix.
= 418.8 Å		1.05 Å/pix.
x 400 pix.
= 418.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.047 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.015 / ムービー #1: 0.015
最小 - 最大-0.0017908477 - 2.2036192
平均 (標準偏差)0.0010735946 (±0.022466712)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 418.80002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0471.0471.047
M x/y/z400400400
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z418.800418.800418.800
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS400400400
D min/max/mean-0.0022.2040.001

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添付データ

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ハーフマップ: Half map 2 of 1C9-sMAC reconstruction

ファイルemd_12649_half_map_1.map
注釈Half map 2 of 1C9-sMAC reconstruction
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 1 of 1C9-sMAC reconstruction

ファイルemd_12649_half_map_2.map
注釈Half map 1 of 1C9-sMAC reconstruction
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : 1C9-sMAC

全体名称: 1C9-sMAC
要素
  • 複合体: 1C9-sMAC
    • タンパク質・ペプチド: Complement protein C5b
    • タンパク質・ペプチド: Complement protein C6
    • タンパク質・ペプチド: Complement protein C7
    • タンパク質・ペプチド: Complement protein C8 beta
    • タンパク質・ペプチド: Complement protein C8 alpha
    • タンパク質・ペプチド: Complement protein C8 gamma
    • タンパク質・ペプチド: Complement protein C9

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超分子 #1: 1C9-sMAC

超分子名称: 1C9-sMAC / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: This sMAC oligomer contains one copy of C5b8 and 1 copy of C9, as well as multiple copies of the chaperones vitronectin and clusterin
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量実験値: 1 MDa

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分子 #1: Complement protein C5b

分子名称: Complement protein C5b / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QEQTYVISAP KIFRVGASEN IVIQVYGYTE AFDATISIKS YPDKKFSYSS GHVHLSSENK FQNSAILTI QPKQLPGGQN PVSYVYLEVV SKHFSKSKRM PITYDNGFLF IHTDKPVYTP D QSVKVRVY SLNDDLKPAK RETVLTFIDP EGSEVDMVEE IDHIGIISFP ...文字列:
QEQTYVISAP KIFRVGASEN IVIQVYGYTE AFDATISIKS YPDKKFSYSS GHVHLSSENK FQNSAILTI QPKQLPGGQN PVSYVYLEVV SKHFSKSKRM PITYDNGFLF IHTDKPVYTP D QSVKVRVY SLNDDLKPAK RETVLTFIDP EGSEVDMVEE IDHIGIISFP DFKIPSNPRY GM WTIKAKY KEDFSTTGTA YFEVKEYVLP HFSVSIEPEY NFIGYKNFKN FEITIKARYF YNK VVTEAD VYITFGIRED LKDDQKEMMQ TAMQNTMLIN GIAQVTFDSE TAVKELSYYS LEDL NNKYL YIAVTVIEST GGFSEEAEIP GIKYVLSPYK LNLVATPLFL KPGIPYPIKV QVKDS LDQL VGGVPVTLNA QTIDVNQETS DLDPSKSVTR VDDGVASFVL NLPSGVTVLE FNVKTD APD LPEENQAREG YRAIAYSSLS QSYLYIDWTD NHKALLVGEH LNIIVTPKSP YIDKITH YN YLILSKGKII HFGTREKFSD ASYQSINIPV TQNMVPSSRL LVYYIVTGEQ TAELVSDS V WLNIEEKCGN QLQVHLSPDA DAYSPGQTVS LNMATGMDSW VALAAVDSAV YGVQRGAKK PLERVFQFLE KSDLGCGAGG GLNNANVFHL AGLTFLTNAN ADDSQENDEP CKEILRPRRT LQKKIEEIAA KYKHSVVKKC CYDGACVNND ETCEQRAARI SLGPRCIKAF TECCVVASQ LRANISHKDM QLGRLHMKTL LPVSKPEIRS YFPESWLWEV HLVPRRKQLQ FALPDSLTTW EIQGVGISN TGICVADTVK AKVFKDVFLE MNIPYSVVRG EQIQLKGTVY NYRTSGMQFC V KMSAVEGI CTSESPVIDH QGTKSSKCVR QKVEGSSSHL VTFTVLPLEI GLHNINFSLE TW FGKEILV KTLRVVPEGV KRESYSGVTL DPRGIYGTIS RRKEFPYRIP LDLVPKTEIK RIL SVKGLL VGEILSAVLS QEGINILTHL PKGSAEAELM SVVPVFYVFH YLETGNHWNI FHSD PLIEK QKLKKKLKEG MLSIMSYRNA DYSYSVWKGG SASTWLTAFA LRVLGQVNKY VEQNQ NSIC NSLLWLVENY QLDNGSFKEN SQYQPIKLQG TLPVEARENS LYLTAFTVIG IRKAFD ICP LVKIDTALIK ADNFLLENTL PAQSTFTLAI SAYALSLGDK THPQFRSIVS ALKREAL VK GNPPIYRFWK DNLQHKDSSV PNTGTARMVE TTAYALLTSL NLKDINYVNP VIKWLSEE Q RYGGGFYSTQ DTINAIEGLT EYSLLVKQLR LSMDIDVSYK HKGALHNYKM TDKNFLGRP VEVLLNDDLI VSTGFGSGLA TVHVTTVVHK TSTSEEVCSF YLKIDTQDIE ASHYRGYGNS DYKRIVACA SYKPSREESS SGSSHAVMDI SLPTGISANE EDLKALVEGV DQLFTDYQIK D GHVILQLN SIPSSDFLCV RFRIFELFEV GFLSPATFTV YEYHRPDKQC TMFYSTSNIK IQ KVCEGAA CKCVEADCGQ MQEELDLTIS AETRKQTACK PEIAYAYKVS ITSITVENVF VKY KATLLD IYKTGEAVAE KDSEITFIKK VTCTNAELVK GRQYLIMGKE ALQIKYNFSF RYIY PLDSL TWIEYWPRDT TCSSCQAFLA NLDEFAEDIF LNGC

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分子 #2: Complement protein C6

分子名称: Complement protein C6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: CFCDHYAWTQ WTSCSKTCNS GTQSRHRQIV VDKYYQENFC EQICSKQETR ECNWQRCPIN CLLGDFGPW SDCDPCIEKQ SKVRSVLRPS QFGGQPCTAP LVAFQPCIPS KLCKIEEADC K NKFRCDSG RCIARKLECN GENDCGDNSD ERDCGRTKAV CTRKYNPIPS ...文字列:
CFCDHYAWTQ WTSCSKTCNS GTQSRHRQIV VDKYYQENFC EQICSKQETR ECNWQRCPIN CLLGDFGPW SDCDPCIEKQ SKVRSVLRPS QFGGQPCTAP LVAFQPCIPS KLCKIEEADC K NKFRCDSG RCIARKLECN GENDCGDNSD ERDCGRTKAV CTRKYNPIPS VQLMGNGFHF LA GEPRGEV LDNSFTGGIC KTVKSSRTSN PYRVPANLEN VGFEVQTAED DLKTDFYKDL TSL GHNENQ QGSFSSQGGS SFSVPIFYSS KRSENINHNS AFKQAIQASH KKDSSFIRIH KVMK VLNFT TKAKDLHLSD VFLKALNHLP LEYNSALYSR IFDDFGTHYF TSGSLGGVYD LLYQF SSEE LKNSGLTEEE AKHCVRIETK KRVLFAKKTK VEHRCTTNKL SEKHEGSFIQ GAEKSI SLI RGGRSEYGAA LAWEKGSSGL EEKTFSEWLE SVKENPAVID FELAPIVDLV RNIPCAV TK RNNLRKALQE YAAKFDPCQC APCPNNGRPT LSGTECLCVC QSGTYGENCE KQSPDYKS N AVDGQWGCWS SWSTCDATYK RSRTRECNNP APQRGGKRCE GEKRQEEDCT FSIMENNGQ PCINDDEEMK EVDLPEIEAD SGCPQPVPPE NGFIRNEKQL YLVGEDVEIS CLTGFETVGY QYFRCLPDG TWRQGDVECQ RTECIKPVVQ EVLTITPFQR LYRIGESIEL TCPKGFVVAG P SRYTCQGN SWTPPISNSL TCEKDTLTKL KGHCQLGQKQ SGSECICMSP EEDCSHHSED LC VFDTDSN DYFTSPACKF LAEKCLNNQQ LHFLHIGSCQ DGRQLEWGLE RTRLSSNSTK KES CGYDTC YDWEKCSAST SKCVCLLPPQ CFKGGNQLYC VKMGSSTSEK TLNICEVGTI RCAN RKMEI LHPGKCLA

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分子 #3: Complement protein C7

分子名称: Complement protein C7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: SSPVNCQWDF YAPWSECNGC TKTQTRRRSV AVYGQYGGQP CVGNAFETQS CEPTRGCPTE EGCGERFRC FSGQCISKSL VCNGDSDCDE DSADEDRCED SERRPSCDID KPPPNIELTG N GYNELTGQ FRNRVINTKS FGGQCRKVFS GDGKDFYRLS GNVLSYTFQV ...文字列:
SSPVNCQWDF YAPWSECNGC TKTQTRRRSV AVYGQYGGQP CVGNAFETQS CEPTRGCPTE EGCGERFRC FSGQCISKSL VCNGDSDCDE DSADEDRCED SERRPSCDID KPPPNIELTG N GYNELTGQ FRNRVINTKS FGGQCRKVFS GDGKDFYRLS GNVLSYTFQV KINNDFNYEF YN STWSYVK HTSTEHTSSS RKRSFFRSSS SSSRSYTSHT NEIHKGKSYQ LLVVENTVEV AQF INNNPE FLQLAEPFWK ELSHLPSLYD YSAYRRLIDQ YGTHYLQSGS LGGEYRVLFY VDSE KLKQN DFNSVEEKKC KSSGWHFVVK FSSHGCKELE NALKAASGTQ NNVLRGEPFI RGGGA GFIS GLSYLELDNP AGNKRRYSAW AESVTNLPQV IKQKLTPLYE LVKEVPCASV KKLYLK WAL EEYLDEFDPC HCRPCQNGGL ATVEGTHCLC HCKPYTFGAA CEQGVLVGNQ AGGVDGG WS CWSSWSPCVQ GKKTRSRECN NPPPSGGGRS CVGETTESTQ CEDEELEHLR LLEPHCFP L SLVPTEFCPS PPALKDGFVQ DEGTMFPVGK NVVYTCNEGY SLIGNPVARC GEDLRWLVG EMHCQKIACV LPVLMDGIQS HPQKPFYTVG EKVTVSCSGG MSLEGPSAFL CGSSLKWSPE MKNARCVQK ENPLTQAVPK CQRWEKLQNS RCVCKMPYEC GPSLDVCAQD ERSKRILPLT V CKMHVLHC QGRNYTLTGR DSCTLPASAE KACGACPLWG KCDAESSKCV CREASECEEE GF SICVEVN GKEQTMSECE AGALRCRGQS ISVTSIRPCA AETQ

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分子 #4: Complement protein C8 beta

分子名称: Complement protein C8 beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: SVDVTLMPID CELSSWSSWT TCDPCQKKRY RYAYLLQPSQ FHGEPCNFSD KEVEDCVTNR PCRSQVRCE GFVCAQTGRC VNRRLLCNGD NDCGDQSDEA NCRRIYKKCQ HEMDQYWGIG S LASGINLF TNSFEGPVLD HRYYAGGCSP HYILNTRFRK PYNVESYTPQ ...文字列:
SVDVTLMPID CELSSWSSWT TCDPCQKKRY RYAYLLQPSQ FHGEPCNFSD KEVEDCVTNR PCRSQVRCE GFVCAQTGRC VNRRLLCNGD NDCGDQSDEA NCRRIYKKCQ HEMDQYWGIG S LASGINLF TNSFEGPVLD HRYYAGGCSP HYILNTRFRK PYNVESYTPQ TQGKYEFILK EY ESYSDFE RNVTEKMASK SGFSFGFKIP GIFELGISSQ SDRGKHYIRR TKRFSHTKSV FLH ARSDLE VAHYKLKPRS LMLHYEFLQR VKRLPLEYSY GEYRDLFRDF GTHYITEAVL GGIY EYTLV MNKEAMERGD YTLNNVHACA KNDFKIGGAI EEVYVSLGVS VGKCRGILNE IKDRN KRDT MVEDLVVLVR GGASEHITTL AYQELPTADL MQEWGDAVQY NPAIIKVKVE PLYELV TAT DFAYSSTVRQ NMKQALEEFQ KEVSSCHCAP CQGNGVPVLK GSRCDCICPV GSQGLAC EV SYRKNTPIDG KWNCWSNWSS CSGRRKTRQR QCNNPPPQNG GSPCSGPASE TLDCS

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分子 #5: Complement protein C8 alpha

分子名称: Complement protein C8 alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: AATPAAVTCQ LSNWSEWTDC FPCQDKKYRH RSLLQPNKFG GTICSGDIWD QASCSSSTTC VRQAQCGQD FQCKETGRCL KRHLVCNGDQ DCLDGSDEDD CEDVRAIDED CSQYEPIPGS Q KAALGYNI LTQEDAQSVY DASYYGGQCE TVYNGEWREL RYDSTCERLY ...文字列:
AATPAAVTCQ LSNWSEWTDC FPCQDKKYRH RSLLQPNKFG GTICSGDIWD QASCSSSTTC VRQAQCGQD FQCKETGRCL KRHLVCNGDQ DCLDGSDEDD CEDVRAIDED CSQYEPIPGS Q KAALGYNI LTQEDAQSVY DASYYGGQCE TVYNGEWREL RYDSTCERLY YGDDEKYFRK PY NFLKYHF EALADTGISS EFYDNANDLL SKVKKDKSDS FGVTIGIGPA GSPLLVGVGV SHS QDTSFL NELNKYNEKK FIFTRIFTKV QTAHFKMRKD DIMLDEGMLQ SLMELPDQYN YGMY AKFIN DYGTHYITSG SMGGIYEYIL VIDKAKMESL GITSRDITTC FGGSLGIQYE DKINV GGGL SGDHCKKFGG GKTERARKAM AVEDIISRVR GGSSGWSGGL AQNRSTITYR SWGRSL KYN PVVIDFEMQP IHEVLRHTSL GPLEAKRQNL RRALDQYLME FNACRCGPCF NNGVPIL EG TSCRCQCRLG SLGAACEQTQ TEGAKADGSW SCWSSWSVCR AGIQERRREC DNPAPQNG G ASCPGRKVQT QAC

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分子 #6: Complement protein C8 gamma

分子名称: Complement protein C8 gamma / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
QKPQRPRRPA SPISTIQPKA NFDAQQFAGT WLLVAVGSAC RFLQEQGHRA EATTLHVAPQ GTAMAVSTF RKLDGICWQV RQLYGDTGVL GRFLLQARDA RGAVHVVVAE TDYQSFAVLY L ERAGQLSV KLYARSLPVS DSVLSGFEQR VQEAHLTEDQ IFYFPKYGFC EAADQFHVLD EV RR

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分子 #7: Complement protein C9

分子名称: Complement protein C9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QYTTSYDPEL TESSGSASHI DCRMSPWSEW SQCDPCLRQM FRSRSIEVFG QFNGKRCTDA VGDRRQCVP TEPCEDAEDD CGNDFQCSTG RCIKMRLRCN GDNDCGDFSD EDDCESEPRP P CRDRVVEE SELARTAGYG INILGMDPLS TPFDNEFYNG LCNRDRDGNT ...文字列:
QYTTSYDPEL TESSGSASHI DCRMSPWSEW SQCDPCLRQM FRSRSIEVFG QFNGKRCTDA VGDRRQCVP TEPCEDAEDD CGNDFQCSTG RCIKMRLRCN GDNDCGDFSD EDDCESEPRP P CRDRVVEE SELARTAGYG INILGMDPLS TPFDNEFYNG LCNRDRDGNT LTYYRRPWNV AS LIYETKG EKNFRTEHYE EQIEAFKSII QEKTSNFNAA ISLKFTPTET NKAEQCCEET ASS ISLHGK GSFRFSYSKN ETYQLFLSYS SKKEKMFLHV KGEIHLGRFV MRNRDVVLTT TFVD DIKAL PTTYEKGEYF AFLETYGTHY SSSGSLGGLY ELIYVLDKAS MKRKGVELKD IKRCL GYHL DVSLAFSEIS VGAEFNKDDC VKRGEGRAVN ITSENLIDDV VSLIRGGTRK YAFELK EKL LRGTVIDVTD FVNWASSIND APVLISQKLS PIYNLVPVKM KNAHLKKQNL ERAIEDY IN EFSVRKCHTC QNGGTVILMD GKCLCACPFK FEGIACEISK QKISEGLPAL EFPNEK

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.065 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4-1)
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
In silico モデル: The initial model was generated in Relion 3.1
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 99277
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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