+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-12600 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of the Toxoplasma gondii kinase Ron13, kinase-dead mutant | |||||||||
マップデータ | Ron13 cryo-EM map | |||||||||
試料 |
| |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / Toxoplasma gondii (strain ATCC 50853 / GT1) (トキソプラズマ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.125 Å | |||||||||
データ登録者 | Korkhov VM / Mehta V | |||||||||
資金援助 | スイス, 2件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: Structural insights into an atypical secretory pathway kinase crucial for Toxoplasma gondii invasion. 著者: Gaëlle Lentini / Rouaa Ben Chaabene / Oscar Vadas / Chandra Ramakrishnan / Budhaditya Mukherjee / Ved Mehta / Matteo Lunghi / Jonas Grossmann / Bohumil Maco / Rémy Visentin / Adrian B Hehl ...著者: Gaëlle Lentini / Rouaa Ben Chaabene / Oscar Vadas / Chandra Ramakrishnan / Budhaditya Mukherjee / Ved Mehta / Matteo Lunghi / Jonas Grossmann / Bohumil Maco / Rémy Visentin / Adrian B Hehl / Volodymyr M Korkhov / Dominique Soldati-Favre / 要旨: Active host cell invasion by the obligate intracellular apicomplexan parasites relies on the formation of a moving junction, which connects parasite and host cell plasma membranes during entry. ...Active host cell invasion by the obligate intracellular apicomplexan parasites relies on the formation of a moving junction, which connects parasite and host cell plasma membranes during entry. Invading Toxoplasma gondii tachyzoites secrete their rhoptry content and insert a complex of RON proteins on the cytoplasmic side of the host cell membrane providing an anchor to which the parasite tethers. Here we show that a rhoptry-resident kinase RON13 is a key virulence factor that plays a crucial role in host cell entry. Cryo-EM, kinase assays, phosphoproteomics and cellular analyses reveal that RON13 is a secretory pathway kinase of atypical structure that phosphorylates rhoptry proteins including the components of the RON complex. Ultimately, RON13 kinase activity controls host cell invasion by anchoring the moving junction at the parasite-host cell interface. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_12600.map.gz | 7.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-12600-v30.xml emd-12600.xml | 11.2 KB 11.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_12600_fsc.xml | 10.7 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_12600.png | 79.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-12600 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-12600 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_12600_validation.pdf.gz | 236.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_12600_full_validation.pdf.gz | 235.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_12600_validation.xml.gz | 11.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_12600_validation.cif.gz | 15.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-12600 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-12600 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_12600.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Ron13 cryo-EM map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.8544 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Secretory pathway kinase Ron13
全体 | 名称: Secretory pathway kinase Ron13 |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Secretory pathway kinase Ron13
超分子 | 名称: Secretory pathway kinase Ron13 / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 組換細胞: Sf9 / 組換プラスミド: pFastBac |
-分子 #1: Protein kinase domain-containing protein
分子 | 名称: Protein kinase domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Toxoplasma gondii (strain ATCC 50853 / GT1) (トキソプラズマ) 株: ATCC 50853 / GT1 |
分子量 | 理論値: 126.41968 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: GAGTTGGKKD DQALSFLGDT KSASELNPPR LVCPDKPPTL PPREEQVRKA YALPLCELPW DDLGPMLGSG TFGRVYPLRR PACTEVTKG FVGRKFAVKI FWLKRKGMMN LFDTISQGGT PSAEQTDPGT IAAIKSEIRS LPTSSSAFRD MVRIADPTVD V EKIKGMAD ...文字列: GAGTTGGKKD DQALSFLGDT KSASELNPPR LVCPDKPPTL PPREEQVRKA YALPLCELPW DDLGPMLGSG TFGRVYPLRR PACTEVTKG FVGRKFAVKI FWLKRKGMMN LFDTISQGGT PSAEQTDPGT IAAIKSEIRS LPTSSSAFRD MVRIADPTVD V EKIKGMAD SLTVETIMKE AKTLRTVINT NGFYTEVGET GTIFTQMEKF VQAHRPEIWS TLSKASQEAQ ASKYAEIGLA DN HWSLPLA RVLVKDKNDV KHWALLIELF DGDLQPKTDK TGYSLDGWNA KSGGNVVLRE IFSSREALIG LTSKLVKPFV VMQ NLYSLG HFAIKPPNLL YKYFPGEKGR ASRLSVAAGD FGMAGLLHGD MILRGTLAFM APEMERVSGG LVAKPSYDVY ALAL TLASF WTAATELRDH YPWVEKCIKP TLKKMKDAPE FTFLRFASKT GPKLYEADTI YALSTCFAVG GKVEKLYHTG MPLLI RLKL SQMADPEPLA RVSMRHARFV FKAYAMLDKL LRAPQSEANA ETREEQLKQL QSLHIVQFLL FYLRMEPLTA ARDNTQ SYR RLARALLDFA RLDPVYQAAT ETVQPLPYEF FTEQKDWQNV KVEVSGSEVD ETIRKLRTSL TRDRSLSEDS WADLVDI MF GVSLDGLREV VTRVVYSRKT FLLEEKIGNA VKEAVAATYK FDPNTQLIAE DAPDRLFEVV RTDLGLSYPD DSELGRFL V HRVSKSHTAW ATVDRLARQA LRLALRREER TRQVYEQLLS GEKPSSESEK AFFDSVFSAV SVVSEANYFG LFWDFPSAG LFGVPPEEMQ AYVRKTHLAF VGKMWPVETQ KKILEAAVRV TVRGLNASLP ASLVDVYATV FAALPTKAPV SPPFLYGLER EEYSSLLFD AKLPEFKEMV AFWATRHELN IAVQTAVGKI PDATNLSDED IEKQLEGMLP AHLRSPSPAR FGWPPEAVAD N IRLFIREA KDELALHGPD MVHNRIRVNG RSKPPRRAAF LFHEIFRKAI AFKKDISVLQ FNQFFTDILK QSFDPQCRRF IA EVKKRVK SAPAEYVRVA DTEAVAPLFE GEGKDILKLV AVDPAARASD PEPNNCFLWT QAFLDDKTIV VSTGSSGSSG HHH HHHHHH H |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 15 mg/mL |
---|---|
緩衝液 | pH: 7.5 詳細: 5 mM Tris pH 7.5 / 200 mM NaCl / 0.5 mM EDTA / 3 mM DTT |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 平均電子線量: 47.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |