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万見
- EMDB-12589: Plasmodium falciparum Glutamine synthetase (PfGs) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-12589
タイトルPlasmodium falciparum Glutamine synthetase (PfGs)
マップデータ
試料
  • 細胞器官・細胞要素: P falciparum Glutamine synthetase
    • タンパク質・ペプチド: Glutamine synthetase
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Makumire S / Mlelu AE / Gqunu S / Weber WB / Sewell BT
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Global Challenges Research FundST/R002754/1 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The structure of glutamine synthetase from Plasmodium falciparum
著者: Makumire S / Gqunu S / Mlelu AE / Weber WB / Sewell BT
履歴
登録2021年3月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年3月23日-
マップ公開2022年3月23日-
更新2022年3月23日-
現状2022年3月23日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_12589.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_12589.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.04 Å/pix.
x 200 pix.
= 208. Å		1.04 Å/pix.
x 200 pix.
= 208. Å		1.04 Å/pix.
x 200 pix.
= 208. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.04 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.388
最小 - 最大-0.9200489 - 1.5392768
平均 (標準偏差)0.0133323725 (±0.08479103)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 208.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_12589_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_12589_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_12589_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : P falciparum Glutamine synthetase

全体名称: P falciparum Glutamine synthetase
要素
  • 細胞器官・細胞要素: P falciparum Glutamine synthetase
    • タンパク質・ペプチド: Glutamine synthetase

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超分子 #1: P falciparum Glutamine synthetase

超分子名称: P falciparum Glutamine synthetase / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
分子量実験値: 756 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #1: Glutamine synthetase

分子名称: Glutamine synthetase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MLIKLFFSNN AELYEYIKDK KNDVEIVACI ITNLLGTYFK CFFYVKEITL NKLESGFSFD ASSIKLCSD TEVSDFFIKV DHSTCYLEEC DGKNILNIMC DIKRYNGFDY YKCPRTILKK T CEFVKNEG IADKVCIGNE LEFFIFDKVN YSLDEYNTYL KVYDRESFSC ...文字列:
MLIKLFFSNN AELYEYIKDK KNDVEIVACI ITNLLGTYFK CFFYVKEITL NKLESGFSFD ASSIKLCSD TEVSDFFIKV DHSTCYLEEC DGKNILNIMC DIKRYNGFDY YKCPRTILKK T CEFVKNEG IADKVCIGNE LEFFIFDKVN YSLDEYNTYL KVYDRESFSC KNDLSSIYGN HV VNKVEPH KDHFNNPNNE YLINDDSKKV KKKSGYFTTD PYDTSNIIKL RICRALNDMN INV QRYHHE VSTSQHEISL KYFDALTNAD FLLITKQIIK TTVSSFNRTA TFMPKPLVND NGNG LHCNI SLWKNNKNIF YHNDPSTFFL SKESFYFMYG IVKHAKALQA FCNATMNSYK RLVPG FETC QKLFYSFGSR SAVIRLSLIN YSNPSEKRIE FRLPDCANSP HLVMAAIILA GYDGIK SKE QPLVPFESKD NHFYISSIFS KYVQHPENFN ILTHALEGYE SLHTINESPE FKNFFKC EE PQGISFSLVE SLDALEKDHA FLTVNNIFTE EMIQEYIKFK REEIDAYNKY VNAYDYHL Y YEC

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: uranyl acetate
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 %

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 55.34 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 180119
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.1.0)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: D6 (2回x6回 2面回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.1.0) / 使用した粒子像数: 180119
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC

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原子モデル構築 1

精密化空間: RECIPROCAL / プロトコル: AB INITIO MODEL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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