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万見
- EMDB-12553: Paired helical filament from posterior cortical atrophy brain -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-12553
タイトルPaired helical filament from posterior cortical atrophy brain
マップデータ
試料
  • 組織: Sarkosyl-insoluble fractions from posterior cortical atrophy brain
    • タンパク質・ペプチド: Microtubule-associated protein tau
生物種Homo sapiens (ヒト) / Human (ヒト)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.55 Å
データ登録者Shi Y / Murzin AG / Falcon B / Epstein A / Machin J / Tempest P / Newell KL / Vidal R / Garringer HJ / Sahara N ...Shi Y / Murzin AG / Falcon B / Epstein A / Machin J / Tempest P / Newell KL / Vidal R / Garringer HJ / Sahara N / Higuchi M / Ghetti B / Jang M / Scheres SHW / Goedert M
資金援助 英国, European Union, 米国, 日本, 6件
OrganizationGrant number国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_UP_A025_1013 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_U105184291 英国
Innovative Medicines Initiative116060European Union
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)P30-AG010133 米国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)U01-NS110437 米国
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP20dm0207072 日本
引用ジャーナル: Acta Neuropathol / 年: 2021
タイトル: Cryo-EM structures of tau filaments from Alzheimer's disease with PET ligand APN-1607.
著者: Yang Shi / Alexey G Murzin / Benjamin Falcon / Alexander Epstein / Jonathan Machin / Paul Tempest / Kathy L Newell / Ruben Vidal / Holly J Garringer / Naruhiko Sahara / Makoto Higuchi / ...著者: Yang Shi / Alexey G Murzin / Benjamin Falcon / Alexander Epstein / Jonathan Machin / Paul Tempest / Kathy L Newell / Ruben Vidal / Holly J Garringer / Naruhiko Sahara / Makoto Higuchi / Bernardino Ghetti / Ming-Kuei Jang / Sjors H W Scheres / Michel Goedert /
要旨: Tau and Aβ assemblies of Alzheimer's disease (AD) can be visualized in living subjects using positron emission tomography (PET). Tau assemblies comprise paired helical and straight filaments (PHFs ...Tau and Aβ assemblies of Alzheimer's disease (AD) can be visualized in living subjects using positron emission tomography (PET). Tau assemblies comprise paired helical and straight filaments (PHFs and SFs). APN-1607 (PM-PBB3) is a recently described PET ligand for AD and other tau proteinopathies. Since it is not known where in the tau folds PET ligands bind, we used electron cryo-microscopy (cryo-EM) to determine the binding sites of APN-1607 in the Alzheimer fold. We identified two major sites in the β-helix of PHFs and SFs and a third major site in the C-shaped cavity of SFs. In addition, we report that tau filaments from posterior cortical atrophy (PCA) and primary age-related tauopathy (PART) are identical to those from AD. In support, fluorescence labelling showed binding of APN-1607 to intraneuronal inclusions in AD, PART and PCA. Knowledge of the binding modes of APN-1607 to tau filaments may lead to the development of new ligands with increased specificity and binding activity. We show that cryo-EM can be used to identify the binding sites of small molecules in amyloid filaments.
履歴
登録2021年3月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年3月24日-
マップ公開2021年3月24日-
更新2021年4月28日-
現状2021年4月28日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0262
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0262
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_12553.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_12553.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.15 Å/pix.
x 256 pix.
= 294.4 Å		1.15 Å/pix.
x 256 pix.
= 294.4 Å		1.15 Å/pix.
x 256 pix.
= 294.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.15 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0262 / ムービー #1: 0.0262
最小 - 最大-0.055081982 - 0.09967155
平均 (標準偏差)0.0007817207 (±0.005629222)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 294.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.151.151.15
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z294.400294.400294.400
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ278280246
NX/NY/NZ474891
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.0550.1000.001

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_12553_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_12553_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_12553_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Sarkosyl-insoluble fractions from posterior cortical atrophy brain

全体名称: Sarkosyl-insoluble fractions from posterior cortical atrophy brain
要素
  • 組織: Sarkosyl-insoluble fractions from posterior cortical atrophy brain
    • タンパク質・ペプチド: Microtubule-associated protein tau

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超分子 #1: Sarkosyl-insoluble fractions from posterior cortical atrophy brain

超分子名称: Sarkosyl-insoluble fractions from posterior cortical atrophy brain
タイプ: tissue / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Microtubule-associated protein tau

分子名称: Microtubule-associated protein tau / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
配列文字列: MAEPRQEFEV MEDHAGTYGL GDRKDQGGYT MHQDQEGDTD AGLKESPLQT PTEDGSEEPG SETSDAKST PTAEDVTAPL VDEGAPGKQA AAQPHTEIPE GTTAEEAGIG DTPSLEDEAA G HVTQARMV SKSKDGTGSD DKKAKGADGK TKIATPRGAA PPGQKGQANA ...文字列:
MAEPRQEFEV MEDHAGTYGL GDRKDQGGYT MHQDQEGDTD AGLKESPLQT PTEDGSEEPG SETSDAKST PTAEDVTAPL VDEGAPGKQA AAQPHTEIPE GTTAEEAGIG DTPSLEDEAA G HVTQARMV SKSKDGTGSD DKKAKGADGK TKIATPRGAA PPGQKGQANA TRIPAKTPPA PK TPPSSGE PPKSGDRSGY SSPGSPGTPG SRSRTPSLPT PPTREPKKVA VVRTPPKSPS SAK SRLQTA PVPMPDLKNV KSKIGSTENL KHQPGGGKVQ IINKKLDLSN VQSKCGSKDN IKHV PGGGS VQIVYKPVDL SKVTSKCGSL GNIHHKPGGG QVEVKSEKLD FKDRVQSKIG SLDNI THVP GGGNKKIETH KLTFRENAKA KTDHGAEIVY KSPVVSGDTS PRHLSNVSST GSIDMV DSP QLATLADEVS ASLAKQGL

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 52.96 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 2.37 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 179.44 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.55 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 95375
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

0259

最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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