+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-12530 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Subtomogram average of ChAdOx1 nCoV-19/AZD1222 derived SARS-CoV-2 spike glycoprotein | |||||||||
マップデータ | ChAdOx1 nCoV-19 derived spike glycoprotein | |||||||||
試料 |
| |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) | |||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 11.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Watanabe Y / Mendonca LM / Allen ER / Howe A / Lee M / Allen JD / Chawla H / Pulido D / Donnellan F / Davies H ...Watanabe Y / Mendonca LM / Allen ER / Howe A / Lee M / Allen JD / Chawla H / Pulido D / Donnellan F / Davies H / Ulaszewska M / Belij-Rammerstorfer S / Morris S / Krebs AS / Dejnirattisai W / Mongkolsapaya J / Supasa P / Screaton GR / Green CM / Lambe T / Zhang P / Gilbert SC / Crispin M | |||||||||
引用 | ジャーナル: bioRxiv / 年: 2021 タイトル: Native-like SARS-CoV-2 spike glycoprotein expressed by ChAdOx1 nCoV-19/AZD1222 vaccine. 著者: Yasunori Watanabe / Luiza Mendonça / Elizabeth R Allen / Andrew Howe / Mercede Lee / Joel D Allen / Himanshi Chawla / David Pulido / Francesca Donnellan / Hannah Davies / Marta Ulaszewska / ...著者: Yasunori Watanabe / Luiza Mendonça / Elizabeth R Allen / Andrew Howe / Mercede Lee / Joel D Allen / Himanshi Chawla / David Pulido / Francesca Donnellan / Hannah Davies / Marta Ulaszewska / Sandra Belij-Rammerstorfer / Susan Morris / Anna-Sophia Krebs / Wanwisa Dejnirattisai / Juthathip Mongkolsapaya / Piyada Supasa / Gavin R Screaton / Catherine M Green / Teresa Lambe / Peijun Zhang / Sarah C Gilbert / Max Crispin / 要旨: Vaccine development against the SARS-CoV-2 virus focuses on the principal target of the neutralizing immune response, the spike (S) glycoprotein. Adenovirus-vectored vaccines offer an effective ...Vaccine development against the SARS-CoV-2 virus focuses on the principal target of the neutralizing immune response, the spike (S) glycoprotein. Adenovirus-vectored vaccines offer an effective platform for the delivery of viral antigen, but it is important for the generation of neutralizing antibodies that they produce appropriately processed and assembled viral antigen that mimics that observed on the SARS-CoV-2 virus. Here, we describe the structure, conformation and glycosylation of the S protein derived from the adenovirus-vectored ChAdOx1 nCoV-19/AZD1222 vaccine. We demonstrate native-like post-translational processing and assembly, and reveal the expression of S proteins on the surface of cells adopting the trimeric prefusion conformation. The data presented here confirms the use of ChAdOx1 adenovirus vectors as a leading platform technology for SARS-CoV-2 vaccines. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_12530.map.gz | 1.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-12530-v30.xml emd-12530.xml | 9.1 KB 9.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_12530.png | 52.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-12530 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-12530 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_12530_validation.pdf.gz | 183.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_12530_full_validation.pdf.gz | 182.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_12530_validation.xml.gz | 6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-12530 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-12530 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_12530.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 21.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | ChAdOx1 nCoV-19 derived spike glycoprotein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.13 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2
全体 | 名称: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2
超分子 | 名称: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / NCBI-ID: 2697049 / 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes |
---|---|
Host system | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
---|---|
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 平均電子線量: 3.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 11.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 使用したサブトモグラム数: 11391 |
---|---|
抽出 | トモグラム数: 57 / 使用した粒子像数: 11391 |
最終 角度割当 | タイプ: OTHER |