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万見
- EMDB-1222: Cryo-EM asymmetric reconstruction of bacteriophage P22 reveals or... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1222
タイトルCryo-EM asymmetric reconstruction of bacteriophage P22 reveals organization of its DNA packaging and infecting machinery.
マップデータThis is the map of bacteriophage P22.
試料
  • 試料: Bacteriophage P22
  • ウイルス: Enterobacteria phage P22 (ファージ)
生物種Enterobacteria phage P22 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 20.0 Å
データ登録者Chang J / Weigele P / King J / Chiu W / Jiang W
引用ジャーナル: Structure / 年: 2006
タイトル: Cryo-EM asymmetric reconstruction of bacteriophage P22 reveals organization of its DNA packaging and infecting machinery.
著者: Juan Chang / Peter Weigele / Jonathan King / Wah Chiu / Wen Jiang /
要旨: The mechanisms by which most double-stranded DNA viruses package and release their genomic DNA are not fully understood. Single particle cryo-electron microscopy and asymmetric 3D reconstruction ...The mechanisms by which most double-stranded DNA viruses package and release their genomic DNA are not fully understood. Single particle cryo-electron microscopy and asymmetric 3D reconstruction reveal the organization of the complete bacteriophage P22 virion, including the protein channel through which DNA is first packaged and later ejected. This channel is formed by a dodecamer of portal proteins and sealed by a tail hub consisting of two stacked barrels capped by a protein needle. Six trimeric tailspikes attached around this tail hub are kinked, suggesting a functional hinge that may be used to trigger DNA release. Inside the capsid, the portal's central channel is plugged by densities interpreted as pilot/injection proteins. A short rod-like density near these proteins may be the terminal segment of the dsDNA genome. The coaxially packed DNA genome is encapsidated by the icosahedral shell. This complete structure unifies various biochemical, genetic, and crystallographic data of its components from the past several decades.
履歴
登録2006年5月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2006年5月9日-
マップ公開2006年11月1日-
更新2011年5月26日-
現状2011年5月26日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 2.6
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 2.6
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1222.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1222.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 89 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈This is the map of bacteriophage P22.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.07 Å
密度
表面レベル1: 0.799 / ムービー #1: 2.6
最小 - 最大-3.98884 - 5.88857
平均 (標準偏差)0.000000000102223 (±0.745929)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-144-144-144
サイズ288288288
Spacing288288288
セルA=B=C: 1172.16 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.074.074.07
M x/y/z288288288
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1172.1601172.1601172.160
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-64-64-64
NX/NY/NZ128128128
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-144-144-144
NC/NR/NS288288288
D min/max/mean-3.9895.8890.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Bacteriophage P22

全体名称: Bacteriophage P22 (ファージ)
要素
  • 試料: Bacteriophage P22
  • ウイルス: Enterobacteria phage P22 (ファージ)

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超分子 #1000: Bacteriophage P22

超分子名称: Bacteriophage P22 / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1

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超分子 #1: Enterobacteria phage P22

超分子名称: Enterobacteria phage P22 / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: P22 / NCBI-ID: 10754 / 生物種: Enterobacteria phage P22 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: P22
宿主生物種: Salmonella (サルモネラ菌) / 別称: BACTERIA(EUBACTERIA)
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: gp5 / 直径: 700 Å / T番号(三角分割数): 7

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 10 mM Tris pH 7.5, 1mM MgCl2
グリッド詳細: 200 mesh copper grids
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 297 K / 装置: OTHER / 詳細: Vitrification instrument: Vitrobot

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2010F
温度平均: 100 K
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GENERIC GATAN / 平均電子線量: 10 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 倍率（公称値）: 40000
試料ステージ試料ホルダー: Side entry / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

CTF補正詳細: Each particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C5 (5回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 20.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN / 使用した粒子像数: 16000

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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