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万見
- EMDB-1218: The structural basis for regulated assembly and function of the t... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1218
タイトルThe structural basis for regulated assembly and function of the transcriptional activator NtrC.
マップデータ3D map of full-length, BeF-activated NtrC in the ADP-AlF state
試料
  • 試料: Full length, active NtrC
  • タンパク質・ペプチド: Transcription activator
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 28.0 Å
データ登録者De Carlo S / Chen B / Hoover TR / Kondrashkina E / Nogales E / Nixon BT
引用ジャーナル: Genes Dev / 年: 2006
タイトル: The structural basis for regulated assembly and function of the transcriptional activator NtrC.
著者: Sacha De Carlo / Baoyu Chen / Timothy R Hoover / Elena Kondrashkina / Eva Nogales / B Tracy Nixon /
要旨: In two-component signal transduction, an input triggers phosphorylation of receiver domains that regulate the status of output modules. One such module is the AAA+ ATPase domain in bacterial enhancer- ...In two-component signal transduction, an input triggers phosphorylation of receiver domains that regulate the status of output modules. One such module is the AAA+ ATPase domain in bacterial enhancer-binding proteins that remodel the sigma(54) form of RNA polymerase. We report X-ray solution scattering and electron microscopy structures of the activated, full-length nitrogen-regulatory protein C (NtrC) showing a novel mechanism for regulation of AAA+ ATPase assembly via the juxtaposition of the receiver domains and ATPase ring. Accompanying the hydrolysis cycle that is required for transcriptional activation, we observed major order-disorder changes in the GAFTGA loops involved in sigma(54) binding, as well as in the DNA-binding domains.
履歴
登録2006年3月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2006年4月24日-
マップ公開2006年4月24日-
更新2011年5月26日-
現状2011年5月26日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.000363
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.000363
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1218.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1218.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 7.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈3D map of full-length, BeF-activated NtrC in the ADP-AlF state
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.56 Å/pix.
x 125 pix.
= 320. Å		2.56 Å/pix.
x 125 pix.
= 320. Å		2.56 Å/pix.
x 125 pix.
= 320. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.56 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル1: 0.000107 / ムービー #1: 0.000363
最小 - 最大-0.00149751 - 0.0013223
平均 (標準偏差)0.0000280043 (±0.0000793012)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ125125125
Spacing125125125
セルA=B=C: 320 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.562.562.56
M x/y/z125125125
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z320.000320.000320.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-184-184-183
NX/NY/NZ368368368
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS125125125
D min/max/mean-0.0010.0010.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Full length, active NtrC

全体名称: Full length, active NtrC
要素
  • 試料: Full length, active NtrC
  • タンパク質・ペプチド: Transcription activator

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超分子 #1000: Full length, active NtrC

超分子名称: Full length, active NtrC / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: Activated with Mg/BeF / 集合状態: Hexamer / Number unique components: 1
分子量実験値: 300 KDa / 理論値: 300 KDa / 手法: Sedimentation Velocity, Analytical centrifugation

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分子 #1: Transcription activator

分子名称: Transcription activator / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Enhancer-binding protein
詳細: Baers following mutations: S160F, R456A, N457A, R461A
コピー数: 1 / 集合状態: Hexamer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
別称: Bacteria / 細胞: Salmonella typhimurium
分子量実験値: 300 KDa / 理論値: 300 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.05 mg/mL
緩衝液pH: 8.2
詳細: 200mM KCl, 20mM Tris, 1mM nucleotide, 0.2 mM BeCl2 and 5mM NaF, 5mM MgCl2, 5% Trehalose
染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: 3% uranyl acetate
凍結凍結剤: NONE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 12
アライメント法Legacy - 非点収差: corrected / Legacy - Electron beam tilt params: 0
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: OTHER / デジタル化 - サンプリング間隔: 6.7 µm / 実像数: 18 / 平均電子線量: 20 e/Å2 / ビット/ピクセル: 14
Tilt angle min0
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系倍率（補正後）: 49767 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 6.2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.9 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: simple tilt / 試料ホルダーモデル: OTHER / Tilt angle max: 50

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 28.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPIDER / 使用した粒子像数: 3500

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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