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- EMDB-12160: Cilia from MOT7 deletion mutant of Chlamydomonas -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-12160
タイトルCilia from MOT7 deletion mutant of Chlamydomonas
マップデータ
試料
  • 細胞器官・細胞要素: doublet microtubules from cilia
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 25.0 Å
データ登録者Noga A / Kutomi O / Yamamoto R / Nakagiri Y / Imai H / Obbineni JM / Zimmermann N / Ishikawa T / Wakabayashi K / Kon T / Inaba K
資金援助 スイス, 日本, 2件
OrganizationGrant number国
Swiss National Science FoundationNF310030_192644 スイス
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)17H01440 日本
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2021
タイトル: A dynein-associated photoreceptor protein prevents ciliary acclimation to blue light.
著者: Osamu Kutomi / Ryosuke Yamamoto / Keiko Hirose / Katsutoshi Mizuno / Yuuhei Nakagiri / Hiroshi Imai / Akira Noga / Jagan Mohan Obbineni / Noemi Zimmermann / Masako Nakajima / Daisuke Shibata ...著者: Osamu Kutomi / Ryosuke Yamamoto / Keiko Hirose / Katsutoshi Mizuno / Yuuhei Nakagiri / Hiroshi Imai / Akira Noga / Jagan Mohan Obbineni / Noemi Zimmermann / Masako Nakajima / Daisuke Shibata / Misa Shibata / Kogiku Shiba / Masaki Kita / Hideo Kigoshi / Yui Tanaka / Yuya Yamasaki / Yuma Asahina / Chihong Song / Mami Nomura / Mamoru Nomura / Ayako Nakajima / Mia Nakachi / Lixy Yamada / Shiori Nakazawa / Hitoshi Sawada / Kazuyoshi Murata / Kaoru Mitsuoka / Takashi Ishikawa / Ken-Ichi Wakabayashi / Takahide Kon / Kazuo Inaba /
要旨: Light-responsive regulation of ciliary motility is known to be conducted through modulation of dyneins, but the mechanism is not fully understood. Here, we report a novel subunit of the two-headed ...Light-responsive regulation of ciliary motility is known to be conducted through modulation of dyneins, but the mechanism is not fully understood. Here, we report a novel subunit of the two-headed f/I1 inner arm dynein, named DYBLUP, in animal spermatozoa and a unicellular green alga. This subunit contains a BLUF (sensors of blue light using FAD) domain that appears to directly modulate dynein activity in response to light. DYBLUP (dynein-associated BLUF protein) mediates the connection between the f/I1 motor domain and the tether complex that links the motor to the doublet microtubule. lacking the DYBLUP ortholog shows both positive and negative phototaxis but becomes acclimated and attracted to high-intensity blue light. These results suggest a mechanism to avoid toxic strong light via direct photoregulation of dyneins.
履歴
登録2020年12月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年3月17日-
マップ公開2021年3月17日-
更新2021年3月17日-
現状2021年3月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 4200
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 4200
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_12160.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_12160.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 16.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
8.4 Å/pix.
x 164 pix.
= 1377.6 Å		8.4 Å/pix.
x 164 pix.
= 1377.6 Å		8.4 Å/pix.
x 164 pix.
= 1377.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 8.4 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 4200.0 / ムービー #1: 4200
最小 - 最大0.0 - 9999.999
平均 (標準偏差)3490.4636 (±710.27704)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ164164164
Spacing164164164
セルA=B=C: 1377.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z8.48.48.4
M x/y/z164164164
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1377.6001377.6001377.600
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS164164164
D min/max/mean0.0009999.9993490.464

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : doublet microtubules from cilia

全体名称: doublet microtubules from cilia
要素
  • 細胞器官・細胞要素: doublet microtubules from cilia

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超分子 #1: doublet microtubules from cilia

超分子名称: doublet microtubules from cilia / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: Average of subtomograms extracted from microtubule doublet parts of cilia
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
株: MOT7 / Organelle: flagella/cilia / 細胞中の位置: flagella/cilia

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 7 / 詳細: TAP medium
グリッドモデル: Quantifoil R3.5/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3
詳細cilia isolated from the cell and demembraned

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 25 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 3 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 倍率（公称値）: 30000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 25.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: IMOD / 使用したサブトモグラム数: 1000
抽出トモグラム数: 20 / 使用した粒子像数: 4000
CTF補正ソフトウェア - 名称: IMOD
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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