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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-12152 | |||||||||||||||
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タイトル | Immature HIV-1 Gag partial hexamer with 3 Gag subunits missing, obtained by multi-reference classification | |||||||||||||||
マップデータ | Immature HIV-1 Gag partial hexamer with 3 Gag subunits missing, obtained by multi-reference classification | |||||||||||||||
試料 |
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生物種 | Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) | |||||||||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 11.7 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Tan AWK / Pak AJ / Morado DR / Voth GA / Briggs JAG | |||||||||||||||
資金援助 | 英国, 米国, 4件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2021 タイトル: Immature HIV-1 assembles from Gag dimers leaving partial hexamers at lattice edges as potential substrates for proteolytic maturation. 著者: Aaron Tan / Alexander J Pak / Dustin R Morado / Gregory A Voth / John A G Briggs / 要旨: The CA (capsid) domain of immature HIV-1 Gag and the adjacent spacer peptide 1 (SP1) play a key role in viral assembly by forming a lattice of CA hexamers, which adapts to viral envelope curvature by ...The CA (capsid) domain of immature HIV-1 Gag and the adjacent spacer peptide 1 (SP1) play a key role in viral assembly by forming a lattice of CA hexamers, which adapts to viral envelope curvature by incorporating small lattice defects and a large gap at the site of budding. This lattice is stabilized by intrahexameric and interhexameric CA-CA interactions, which are important in regulating viral assembly and maturation. We applied subtomogram averaging and classification to determine the oligomerization state of CA at lattice edges and found that CA forms partial hexamers. These structures reveal the network of interactions formed by CA-SP1 at the lattice edge. We also performed atomistic molecular dynamics simulations of CA-CA interactions stabilizing the immature lattice and partial CA-SP1 helical bundles. Free energy calculations reveal increased propensity for helix-to-coil transitions in partial hexamers compared to complete six-helix bundles. Taken together, these results suggest that the CA dimer is the basic unit of lattice assembly, partial hexamers exist at lattice edges, these are in a helix-coil dynamic equilibrium, and partial helical bundles are more likely to unfold, representing potential sites for HIV-1 maturation initiation. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_12152.map.gz | 7.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-12152-v30.xml emd-12152.xml | 11.1 KB 11.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_12152.png | 167.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-12152 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-12152 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_12152_validation.pdf.gz | 270.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_12152_full_validation.pdf.gz | 269.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_12152_validation.xml.gz | 5.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-12152 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-12152 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_12152.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Immature HIV-1 Gag partial hexamer with 3 Gag subunits missing, obtained by multi-reference classification | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.7 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Human immunodeficiency virus 1
全体 | 名称: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Human immunodeficiency virus 1
超分子 | 名称: Human immunodeficiency virus 1 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / NCBI-ID: 11676 / 生物種: Human immunodeficiency virus 1 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No |
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宿主 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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グリッド | 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 詳細: 20 mA glow discharge current |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK II |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 3.65 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 11.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: TOM Toolbox / 使用したサブトモグラム数: 12272 |
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抽出 | トモグラム数: 74 / 使用した粒子像数: 57134 / ソフトウェア - 名称: TOM Toolbox |
CTF補正 | ソフトウェア: (名称: CTFFIND, CTFPHASEFLIP) |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: TOM Toolbox |