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万見
- EMDB-12146: Brevibacterium linens encapsulin-associated Dye-decolorizing pero... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-12146
タイトルBrevibacterium linens encapsulin-associated Dye-decolorizing peroxidase
マップデータBrevibacterium linens encapsulin-associated Dye-decolorizing peroxidase
試料
  • 複合体: Dye-decolorizing peroxidase
    • タンパク質・ペプチド: Dye-decolorizing peroxidase
生物種Brevibacterium linens (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.2 Å
データ登録者Allende-Ballestero C / Luque D / Klem R / Cornelissen JJLM / Caston JR
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Three-dimensional cryoEM structure of Brevibacterium linens encapsulin
著者: Allende-Ballestero C / Luque D / Klem R / Cornelissen JJLM / Caston JR
履歴
登録2020年12月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年7月20日-
マップ公開2022年7月20日-
更新2022年7月20日-
現状2022年7月20日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_12146.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_12146.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 12.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Brevibacterium linens encapsulin-associated Dye-decolorizing peroxidase
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.05 Å/pix.
x 150 pix.
= 157.05 Å		1.05 Å/pix.
x 150 pix.
= 157.05 Å		1.05 Å/pix.
x 150 pix.
= 157.05 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.047 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0036
最小 - 最大-0.031715147 - 0.05556074
平均 (標準偏差)0.00041750004 (±0.0027586753)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-75-75-75
サイズ150150150
Spacing150150150
セルA=B=C: 157.05 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Dye-decolorizing peroxidase

全体名称: Dye-decolorizing peroxidase
要素
  • 複合体: Dye-decolorizing peroxidase
    • タンパク質・ペプチド: Dye-decolorizing peroxidase

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超分子 #1: Dye-decolorizing peroxidase

超分子名称: Dye-decolorizing peroxidase / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Brevibacterium linens (バクテリア)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 240 KDa

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分子 #1: Dye-decolorizing peroxidase

分子名称: Dye-decolorizing peroxidase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Brevibacterium linens (バクテリア)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MALPNGKTPQ HVLGPPAPAA VFLVLTVRSG AEAEAKDFLG DIAGVVRSVG FRAREDHLSC VTGIGAELWD RMFDAPRPAG LHPFIEQRGD VHTAPSTPGD LLFHIRARRM DLCFELARQL VGELGDAVSV VDEVHGFRYF DERDIMGFVD GTENPEDQEA VDSVFTPTGG ...文字列:
MALPNGKTPQ HVLGPPAPAA VFLVLTVRSG AEAEAKDFLG DIAGVVRSVG FRAREDHLSC VTGIGAELWD RMFDAPRPAG LHPFIEQRGD VHTAPSTPGD LLFHIRARRM DLCFELARQL VGELGDAVSV VDEVHGFRYF DERDIMGFVD GTENPEDQEA VDSVFTPTGG DDPASSTYVI VQKYTHDMAA WEALSVEDQE AAFGRHKLSD MEFPDEDKAP NSHLILNTIE DEDGTEHKIV RDNMVFGSVE SGEFGTYFIG YAADVSVTEQ MLENMFIGNP RGTYDRILDF STAQTGGLFF VPSQDFLDDP DGELAAAEPS DAQNDDPASA SARVEETDPP NPASADDPAP ADDSLGIGSL RRRDQ

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度名称
20.0 mMTris
150.0 mMAmmonium Chloride
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER/RHODIUM / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 38.85 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系最大 デフォーカス（補正後）: 3.2 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 1.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 309778
CTF補正ソフトウェア: (名称: CTFFIND (ver. 4), RELION (ver. 3))
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: Created with EMAN2
最終 再構成使用したクラス数: 1
想定した対称性 - 点群: D3 (2回x3回 2面回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3) / 使用した粒子像数: 30473
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3)
最終 3次元分類クラス数: 3 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3qnr


Chain - Chain ID: A
精密化プロトコル: FLEXIBLE FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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