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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-12141 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the proton coupled folate transporter at pH 6.0 bound to pemetrexed | |||||||||||||||||||||||||||||||||
![]() | globally sharpened map from cryosparc local non-uniform refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||
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機能・相同性 | ![]() folic acid:proton symporter activity / Metabolism of folate and pterines / Heme signaling / Iron uptake and transport / methotrexate transmembrane transporter activity / folate import across plasma membrane / folic acid binding / transmembrane transporter activity / transmembrane transport / basolateral plasma membrane ...folic acid:proton symporter activity / Metabolism of folate and pterines / Heme signaling / Iron uptake and transport / methotrexate transmembrane transporter activity / folate import across plasma membrane / folic acid binding / transmembrane transporter activity / transmembrane transport / basolateral plasma membrane / endosome membrane / endosome / apical plasma membrane / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||
![]() | Parker JL / Deme JC / Lea SM / Newstead S | |||||||||||||||||||||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural basis of antifolate recognition and transport by PCFT. 著者: Joanne L Parker / Justin C Deme / Gabriel Kuteyi / Zhiyi Wu / Jiandong Huo / I David Goldman / Raymond J Owens / Philip C Biggin / Susan M Lea / Simon Newstead / ![]() ![]() 要旨: Folates (also known as vitamin B9) have a critical role in cellular metabolism as the starting point in the synthesis of nucleic acids, amino acids and the universal methylating agent S- ...Folates (also known as vitamin B9) have a critical role in cellular metabolism as the starting point in the synthesis of nucleic acids, amino acids and the universal methylating agent S-adenylsmethionine. Folate deficiency is associated with a number of developmental, immune and neurological disorders. Mammals cannot synthesize folates de novo; several systems have therefore evolved to take up folates from the diet and distribute them within the body. The proton-coupled folate transporter (PCFT) (also known as SLC46A1) mediates folate uptake across the intestinal brush border membrane and the choroid plexus, and is an important route for the delivery of antifolate drugs in cancer chemotherapy. How PCFT recognizes folates or antifolate agents is currently unclear. Here we present cryo-electron microscopy structures of PCFT in a substrate-free state and in complex with a new-generation antifolate drug (pemetrexed). Our results provide a structural basis for understanding antifolate recognition and provide insights into the pH-regulated mechanism of folate transport mediated by PCFT. | |||||||||||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 118 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 21 KB 21 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 11.4 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 106.7 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 125 MB | ![]() | |
その他 | ![]() ![]() ![]() | 62.2 MB 116 MB 116 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 528.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 527.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 19.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 24.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
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注釈 | globally sharpened map from cryosparc local non-uniform refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.832 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: unsharpened map from cryosparc local non-uniform refinement
ファイル | emd_12141_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | unsharpened map from cryosparc local non-uniform refinement | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map A from cryosparc local non-uniform refinement
ファイル | emd_12141_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half map A from cryosparc local non-uniform refinement | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map B from cryosparc local non-uniform refinement
ファイル | emd_12141_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map B from cryosparc local non-uniform refinement | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Complex of the proton coupled folate transporter at pH 6.0 bound ...
全体 | 名称: Complex of the proton coupled folate transporter at pH 6.0 bound to pemetrexed |
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要素 |
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-超分子 #1: Complex of the proton coupled folate transporter at pH 6.0 bound ...
超分子 | 名称: Complex of the proton coupled folate transporter at pH 6.0 bound to pemetrexed タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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分子量 | 理論値: 59.331 KDa |
-超分子 #2: proton-coupled folate transporter
超分子 | 名称: proton-coupled folate transporter / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 46.399 KDa |
-超分子 #3: nanobody
超分子 | 名称: nanobody / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 12.932 KDa |
-分子 #1: Proton-coupled folate transporter
分子 | 名称: Proton-coupled folate transporter / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 51.36657 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MAAPSDPPTA ATPPAPPPPA RRCLPAPSVE PLLFLATLAL GLQVPLATQY LWDRLGAERG YVGPNASSPH GCGNGSGAVD PLREEVEAL VAHWNLCINL GGFFVGLFSV TLFGPWSDSV GRRPVLVLPA VGMAVQAAVY LLVMYLRLHV AYLLLGRIIS G LLGDYNLI ...文字列: MAAPSDPPTA ATPPAPPPPA RRCLPAPSVE PLLFLATLAL GLQVPLATQY LWDRLGAERG YVGPNASSPH GCGNGSGAVD PLREEVEAL VAHWNLCINL GGFFVGLFSV TLFGPWSDSV GRRPVLVLPA VGMAVQAAVY LLVMYLRLHV AYLLLGRIIS G LLGDYNLI LAGCFASVAD SSNQRTRTFR VAILEACLGV AGMVASVGGG QWRKAEGYIN PFWLVLAASL AAALYAALCL QE TVKQRRA AKLLTLQHYK AVYKLYTAPE DLSSRRKLAL YSLAFFLLVT VHFGTKDLYV LYELGSPLCW ASDLIGYGSA ASY LAYLSS LGGLRLLQLC LEDTWVAEIG LISNIAGLVV ISLATTTPLM FTGYGIMFLS MAATPVIRAK LSKLVSETEQ GALF ASVAC VEGLCSLVAT GVFNSLYPST LHFMRGFPFL FGAILLLIPA AIMGWIEIQD SNLQYSHFSD ASSSPADGGE NLYFQ |
-分子 #2: nanobody
分子 | 名称: nanobody / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 13.460006 KDa |
配列 | 文字列: GPSQVQLVES GGGLVQPGGS LRLSCAASGF TFSRYWMYWV RQAPGKGPEW LSHMNPSGSD IKYTDSVKGR FTISRDNAKN TLYLQMNSL KPDDTAVYYC VADRRALGSP EYWGQGTQVT VSSA |
-分子 #3: 2-{4-[2-(2-AMINO-4-OXO-4,7-DIHYDRO-3H-PYRROLO[2,3-D]PYRIMIDIN-5-Y...
分子 | 名称: 2-{4-[2-(2-AMINO-4-OXO-4,7-DIHYDRO-3H-PYRROLO[2,3-D]PYRIMIDIN-5-YL)-ETHYL]-BENZOYLAMINO}-PENTANEDIOIC ACID タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: LYA |
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分子量 | 理論値: 427.411 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-LYA: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 6 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 58.5 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |