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- EMDB-12079: the 96-nm axonemal repeat from horse sperm flagella (+ODF class) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-12079
タイトルthe 96-nm axonemal repeat from horse sperm flagella (+ODF class)
マップデータsubtomogram average of the 96-nm axonemal repeat from horse sperm flagella ( ODF class)
試料
  • 細胞: subtomogram average of the 96-nm axonemal repeat from horse sperm flagella (+ODF class)
生物種Equus caballus (ウマ)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 49.0 Å
データ登録者Leung MR / Zeev-Ben-Mordehai T
資金援助 オランダ, 1件
OrganizationGrant number国
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)740.018.007 オランダ
引用
ジャーナル: EMBO J / 年: 2021
タイトル: The multi-scale architecture of mammalian sperm flagella and implications for ciliary motility.
著者: Miguel Ricardo Leung / Marc C Roelofs / Ravi Teja Ravi / Paula Maitan / Heiko Henning / Min Zhang / Elizabeth G Bromfield / Stuart C Howes / Bart M Gadella / Hermes Bloomfield-Gadêlha / ...著者: Miguel Ricardo Leung / Marc C Roelofs / Ravi Teja Ravi / Paula Maitan / Heiko Henning / Min Zhang / Elizabeth G Bromfield / Stuart C Howes / Bart M Gadella / Hermes Bloomfield-Gadêlha / Tzviya Zeev-Ben-Mordehai /
要旨: Motile cilia are molecular machines used by a myriad of eukaryotic cells to swim through fluid environments. However, available molecular structures represent only a handful of cell types, limiting ...Motile cilia are molecular machines used by a myriad of eukaryotic cells to swim through fluid environments. However, available molecular structures represent only a handful of cell types, limiting our understanding of how cilia are modified to support motility in diverse media. Here, we use cryo-focused ion beam milling-enabled cryo-electron tomography to image sperm flagella from three mammalian species. We resolve in-cell structures of centrioles, axonemal doublets, central pair apparatus, and endpiece singlets, revealing novel protofilament-bridging microtubule inner proteins throughout the flagellum. We present native structures of the flagellar base, which is crucial for shaping the flagellar beat. We show that outer dense fibers are directly coupled to microtubule doublets in the principal piece but not in the midpiece. Thus, mammalian sperm flagella are ornamented across scales, from protofilament-bracing structures reinforcing microtubules at the nano-scale to accessory structures that impose micron-scale asymmetries on the entire assembly. Our structures provide vital foundations for linking molecular structure to ciliary motility and evolution.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2020
タイトル: The multi-scale architecture of mammalian sperm flagella and implications for ciliary motility
著者: Leung MR / Roelofs MC / Ravi RT / Maitan P / Zhang M / Henning H / Bromfield EG / Howes SC / Gadella BM / Bloomfield-Gadelha H / Zeev-Ben-Mordehai T
履歴
登録2020年12月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年2月17日-
マップ公開2021年2月17日-
更新2021年4月14日-
現状2021年4月14日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_12079.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_12079.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈subtomogram average of the 96-nm axonemal repeat from horse sperm flagella ( ODF class)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
11.32 Å/pix.
x 100 pix.
= 1132. Å		11.32 Å/pix.
x 100 pix.
= 1132. Å		11.32 Å/pix.
x 100 pix.
= 1132. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 11.32 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.04 / ムービー #1: 0.04
最小 - 最大-0.7589375 - 0.7198494
平均 (標準偏差)0.005724321 (±0.093029626)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ100100100
Spacing100100100
セルA=B=C: 1132.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z11.3211.3211.32
M x/y/z100100100
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1132.0001132.0001132.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS100100100
D min/max/mean-0.7590.7200.006

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : subtomogram average of the 96-nm axonemal repeat from horse sperm...

全体名称: subtomogram average of the 96-nm axonemal repeat from horse sperm flagella (+ODF class)
要素
  • 細胞: subtomogram average of the 96-nm axonemal repeat from horse sperm flagella (+ODF class)

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超分子 #1: subtomogram average of the 96-nm axonemal repeat from horse sperm...

超分子名称: subtomogram average of the 96-nm axonemal repeat from horse sperm flagella (+ODF class)
タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Equus caballus (ウマ) / 組織: sperm

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 1.67 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 49.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: PEET (ver. 1.13.0) / 使用したサブトモグラム数: 466
抽出トモグラム数: 16 / 使用した粒子像数: 634 / ソフトウェア - 名称: PEET (ver. 1.13.0)
CTF補正ソフトウェア - 名称: PEET (ver. 1.13.0)
最終 3次元分類クラス数: 2 / ソフトウェア - 名称: PEET (ver. 1.13.0)
詳細: Classification was focused on the connection between the outer dense fibers (ODF) and the microtubule doublet.
最終 角度割当タイプ: OTHER

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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