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- EMDB-11982: Cryo-EM of Aedes Aegypti Toll5A dimer bound to Spz1C -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11982
タイトルCryo-EM of Aedes Aegypti Toll5A dimer bound to Spz1C
マップデータEM map
試料
  • 複合体: Cryo-EM of Aedes Aegypti Toll5A dimer bound to Spz1C
    • 複合体: Toll-like receptor
      • タンパク質・ペプチド: Toll-like receptor
    • 複合体: AAEL013433-PA
      • タンパク質・ペプチド: AAEL013433-PA
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードMosquito vector biology / Toll receptor / LRR / Cystine knot domain / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


Toll binding / central nervous system formation / toll-like receptor signaling pathway / growth factor activity / transmembrane signaling receptor activity / inflammatory response / immune response / innate immune response / extracellular space / membrane
類似検索 - 分子機能
Spaetzle / : / Spaetzle / Toll-like receptor / TIR domain / Leucine-rich repeats, bacterial type / Toll - interleukin 1 - resistance / Cystine-knot cytokine / TIR domain profile. / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily ...Spaetzle / : / Spaetzle / Toll-like receptor / TIR domain / Leucine-rich repeats, bacterial type / Toll - interleukin 1 - resistance / Cystine-knot cytokine / TIR domain profile. / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain superfamily / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
TIR domain-containing protein / AAEL013433-PA
類似検索 - 構成要素
生物種Aedes aegypti (ネッタイシマカ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.23 Å
データ登録者Gangloff M / Hardwick SW / Chirgadze DY
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/P02260X/1 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structure and dynamics of Toll immunoreceptor activation in the mosquito Aedes aegypti.
著者: Yoann Saucereau / Thomas H Wilson / Matthew C K Tang / Martin C Moncrieffe / Steven W Hardwick / Dimitri Y Chirgadze / Sandro G Soares / Maria Jose Marcaida / Nicholas J Gay / Monique Gangloff /
要旨: Aedes aegypti has evolved to become an efficient vector for arboviruses but the mechanisms of host-pathogen tolerance are unknown. Immunoreceptor Toll and its ligand Spaetzle have undergone ...Aedes aegypti has evolved to become an efficient vector for arboviruses but the mechanisms of host-pathogen tolerance are unknown. Immunoreceptor Toll and its ligand Spaetzle have undergone duplication which may allow neofunctionalization and adaptation. Here we present cryo-EM structures and biophysical characterisation of low affinity Toll5A complexes that display transient but specific interactions with Spaetzle1C, forming asymmetric complexes, with only one ligand clearly resolved. Loop structures of Spaetzle1C and Toll5A intercalate, temporarily bridging the receptor C-termini to promote signalling. By contrast unbound receptors form head-to-head homodimers that keep the juxtamembrane regions far apart in an inactive conformation. Interestingly the transcriptional signature of Spaetzle1C differs from other Spaetzle cytokines and controls genes involved in innate immunity, metabolism and tissue regeneration. Taken together our results explain how upregulation of Spaetzle1C in the midgut and Toll5A in the salivary gland shape the concomitant immune response.
履歴
登録2020年11月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年7月13日-
マップ公開2022年7月13日-
更新2024年11月20日-
現状2024年11月20日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_11982.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11982.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 209.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈EM map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 380 pix.
= 315.4 Å		0.83 Å/pix.
x 380 pix.
= 315.4 Å		0.83 Å/pix.
x 380 pix.
= 315.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.08
最小 - 最大-0.033301696 - 0.23375507
平均 (標準偏差)0.0007686079 (±0.010843067)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ380380380
Spacing380380380
セルA=B=C: 315.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half map

ファイルemd_11982_half_map_1.map
注釈Half map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map

ファイルemd_11982_half_map_2.map
注釈Half map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-EM of Aedes Aegypti Toll5A dimer bound to Spz1C

全体名称: Cryo-EM of Aedes Aegypti Toll5A dimer bound to Spz1C
要素
  • 複合体: Cryo-EM of Aedes Aegypti Toll5A dimer bound to Spz1C
    • 複合体: Toll-like receptor
      • タンパク質・ペプチド: Toll-like receptor
    • 複合体: AAEL013433-PA
      • タンパク質・ペプチド: AAEL013433-PA
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Cryo-EM of Aedes Aegypti Toll5A dimer bound to Spz1C

超分子名称: Cryo-EM of Aedes Aegypti Toll5A dimer bound to Spz1C
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
分子量理論値: 230 KDa

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超分子 #2: Toll-like receptor

超分子名称: Toll-like receptor / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Aedes aegypti (ネッタイシマカ)

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超分子 #3: AAEL013433-PA

超分子名称: AAEL013433-PA / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Aedes aegypti (ネッタイシマカ)

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分子 #1: Toll-like receptor

分子名称: Toll-like receptor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Aedes aegypti (ネッタイシマカ)
分子量理論値: 87.675773 KDa
組換発現生物種: Drosophila melanocephala (ハエ)
配列文字列: TSTKRFTCPE ESEASNCSCE EFPSKTHFYC PDFNPTLYVD VEDRMRVDFK CYDEPHDFKS LPNLAIGSVK LLTVVDCVLD DDRPILESF KFLEVADVRS FVYNNHENGI RYNAKYFEGM EQLENLTLAR GVVSIDRDTF SGFLNLKRLT IEHNKLNLQP G TFEALSNL ...文字列:
TSTKRFTCPE ESEASNCSCE EFPSKTHFYC PDFNPTLYVD VEDRMRVDFK CYDEPHDFKS LPNLAIGSVK LLTVVDCVLD DDRPILESF KFLEVADVRS FVYNNHENGI RYNAKYFEGM EQLENLTLAR GVVSIDRDTF SGFLNLKRLT IEHNKLNLQP G TFEALSNL TYLGLVYNGL NEIQPGLFDG LESLEALSLS YNDIKSLSAG SFNGLSSLRM LNLRVNKIES FDANTFASLK EL SRLEITL NPFVSLPRGL FSENKKLKTL ILTNNRKLVT LPEELLANLK ELTVVNLSHN GVGNLPESLL SGSSGIIELN LGY NRLNSL PEELLSDQPQ LQVLNLDHNQ LESIPDYFLE RNVELQTLYL SHNRLRSLSE KAFTKLKNLK ELHLENNQLQ TIPQ FLFSG TPKLEEIYMQ NNQLALHANS FINEELSIAD NDNTPFQVLQ KLRILHLRNN SISTIFQDWY INNLEMQSLD LSFNK LPGL SYTQLQFQSN ITLNLSNNEI SQVLLIDDLD LQPYQRINVD LNHNPLNCNC NALKFIQLIQ SKAEHGLQFN VDQLRC SEP PNLLDATMDQ LQTKDLLCDF ESADDCPKDC QCAMRLLDHT VIVNCSGRGL TEFPDLPIPS QLHEDFNALE VHVENNR LT KLPNLTKHNE ITQLYARNNS IQNLLPHNIP SKLRIIDLSQ NLLKMIDDST LAQINRSSHL ETIRLSQNQW LCDCPASS F LIFVQQNSRL ISDMSAIRCH PSGKSLDSIT VNELCFEDYT TENLYFQ

UniProtKB: TIR domain-containing protein

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分子 #2: AAEL013433-PA

分子名称: AAEL013433-PA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Aedes aegypti (ネッタイシマカ)
分子量理論値: 12.941044 KDa
組換発現生物種: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
配列文字列:
SDTANAPFLC ESEQLLIHPK EELSRNNSMV WIVNTKDYKQ GVRIEKCLKR QLGKPCNFCD ADTECKQLFH YRTLVAVDKV TKKPYKEQV LLPSCCKCAK ILSTGWSHPQ FEK

UniProtKB: AAEL013433-PA

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分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 3 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMNaClsodium chloride
50.0 mMC4H11NO3Tris-HCl
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 12 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK I / 詳細: Blotting force 0.

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 51.1 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.7 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 507268
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / 詳細: molecular replacement
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.23 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 40153
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

4lxr

chain_id: A, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

4lxr

chain_id: J, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

4lxr

chain_id: K, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER
得られたモデル

PDB-7b1b:
Cryo-EM of Aedes Aegypti Toll5A dimer bound to Spz1C

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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