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万見
- EMDB-11964: Puumala virus-like particle glycoprotein spike in complex with fa... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11964
タイトルPuumala virus-like particle glycoprotein spike in complex with fab fragment P-4G2.
マップデータA reconstruction of an isolated Puumala virus-like particle glycoprotein spike decorated with four 4G2 fab fragments.
試料
  • ウイルス: Puumala virus - Sotkamo (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Heavy chain of fab fragment P-4G2
    • タンパク質・ペプチド: Light chain of fab fragment P-4G2
    • タンパク質・ペプチド: Envelope polyprotein
  • タンパク質・ペプチド: Envelope polyprotein
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / host cell Golgi membrane / host cell mitochondrion / host cell surface / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / virus-mediated perturbation of host defense response / virion membrane / cell surface / signal transduction ...symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / host cell Golgi membrane / host cell mitochondrion / host cell surface / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / virus-mediated perturbation of host defense response / virion membrane / cell surface / signal transduction / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Hantavirus glycoprotein Gn / ITAM motif, hantavirus type / Envelope glycoprotein precursor, Hantavirus / : / Hantavirus glycoprotein Gn, head / Hantavirus ITAM motif / Hantavirus glycoprotein Gn, base / ITAM motif hantavirus type profile. / Hantavirus glycoprotein Gc / : ...Hantavirus glycoprotein Gn / ITAM motif, hantavirus type / Envelope glycoprotein precursor, Hantavirus / : / Hantavirus glycoprotein Gn, head / Hantavirus ITAM motif / Hantavirus glycoprotein Gn, base / ITAM motif hantavirus type profile. / Hantavirus glycoprotein Gc / : / Hantavirus glycoprotein Gc, N-terminal / Hantavirus glycoprotein Gc, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelopment polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Myodes glareolus (ネズミ) / Puumala orthohantavirus (ウイルス) / Puumala virus - Sotkamo (ウイルス)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 13.4 Å
データ登録者Rissanen I / Stass R / Huiskonen JT / Bowden TA
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)649053 英国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2020
タイトル: Molecular rationale for antibody-mediated targeting of the hantavirus fusion glycoprotein.
著者: Ilona Rissanen / Robert Stass / Stefanie A Krumm / Jeffrey Seow / Ruben Jg Hulswit / Guido C Paesen / Jussi Hepojoki / Olli Vapalahti / Åke Lundkvist / Olivier Reynard / Viktor Volchkov / ...著者: Ilona Rissanen / Robert Stass / Stefanie A Krumm / Jeffrey Seow / Ruben Jg Hulswit / Guido C Paesen / Jussi Hepojoki / Olli Vapalahti / Åke Lundkvist / Olivier Reynard / Viktor Volchkov / Katie J Doores / Juha T Huiskonen / Thomas A Bowden /
要旨: The intricate lattice of Gn and Gc glycoprotein spike complexes on the hantavirus envelope facilitates host-cell entry and is the primary target of the neutralizing antibody-mediated immune response. ...The intricate lattice of Gn and Gc glycoprotein spike complexes on the hantavirus envelope facilitates host-cell entry and is the primary target of the neutralizing antibody-mediated immune response. Through study of a neutralizing monoclonal antibody termed mAb P-4G2, which neutralizes the zoonotic pathogen Puumala virus (PUUV), we provide a molecular-level basis for antibody-mediated targeting of the hantaviral glycoprotein lattice. Crystallographic analysis demonstrates that P-4G2 binds to a multi-domain site on PUUV Gc and may preclude fusogenic rearrangements of the glycoprotein that are required for host-cell entry. Furthermore, cryo-electron microscopy of PUUV-like particles in the presence of P-4G2 reveals a lattice-independent configuration of the Gc, demonstrating that P-4G2 perturbs the (Gn-Gc) lattice. This work provides a structure-based blueprint for rationalizing antibody-mediated targeting of hantaviruses.
履歴
登録2020年11月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年12月16日-
マップ公開2020年12月16日-
更新2021年1月13日-
現状2021年1月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.19
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 1.19
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7b09
  • 表面レベル: 1.19
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7b09
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_11964.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11964.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 6.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈A reconstruction of an isolated Puumala virus-like particle glycoprotein spike decorated with four 4G2 fab fragments.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3.52 Å/pix.
x 122 pix.
= 429.44 Å		3.52 Å/pix.
x 122 pix.
= 429.44 Å		3.52 Å/pix.
x 122 pix.
= 429.44 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.52 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.19 / ムービー #1: 1.19
最小 - 最大-3.8153698 - 5.0627947
平均 (標準偏差)-0.04202383 (±0.49729264)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ122122122
Spacing122122122
セルA=B=C: 429.44 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.523.523.52
M x/y/z122122122
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z429.440429.440429.440
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ1081340
NX/NY/NZ13584349
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS122122122
D min/max/mean-3.8155.063-0.042

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_11964_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map (odd) used to estimate resolution by FSC.

ファイルemd_11964_half_map_1.map
注釈Half map (odd) used to estimate resolution by FSC.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map (even) used to estimate resolution by FSC.

ファイルemd_11964_half_map_2.map
注釈Half map (even) used to estimate resolution by FSC.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Puumala virus - Sotkamo

全体名称: Puumala virus - Sotkamo (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Puumala virus - Sotkamo (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Heavy chain of fab fragment P-4G2
    • タンパク質・ペプチド: Light chain of fab fragment P-4G2
    • タンパク質・ペプチド: Envelope polyprotein
  • タンパク質・ペプチド: Envelope polyprotein
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Puumala virus - Sotkamo

超分子名称: Puumala virus - Sotkamo / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 / NCBI-ID: 11606 / 生物種: Puumala virus - Sotkamo / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: Yes
宿主生物種: Myodes glareolus (ネズミ)
Host system生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Heavy chain of fab fragment P-4G2

分子名称: Heavy chain of fab fragment P-4G2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Myodes glareolus (ネズミ)
分子量理論値: 25.018047 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: TGQVQMKESG GGLVQPGKSL KLSCAASGFT FSDFWMSWVR QPSGKGLEWV ARINTNGDTT HYTDDMKGRF TISRDNAKTT LYLEMSPLK SEDTAMYYCT RDRLGPFDYW GQGTTVTVSS ATTKGPSVYP LAPGSAAQTN SMVTLGCLVK GYFPEPVTVT W NSGSLSSG ...文字列:
TGQVQMKESG GGLVQPGKSL KLSCAASGFT FSDFWMSWVR QPSGKGLEWV ARINTNGDTT HYTDDMKGRF TISRDNAKTT LYLEMSPLK SEDTAMYYCT RDRLGPFDYW GQGTTVTVSS ATTKGPSVYP LAPGSAAQTN SMVTLGCLVK GYFPEPVTVT W NSGSLSSG VHTFPAVLQS DLYTLSSSVT VPSSTWPSQT VTCNVAHPAS STKVDKKIVP RDCGGTKHHH HHH

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分子 #2: Light chain of fab fragment P-4G2

分子名称: Light chain of fab fragment P-4G2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Myodes glareolus (ネズミ)
分子量理論値: 23.881582 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: TGDIVMTQSP AFPPVSLGDT VTITCQASQS VYKNLAWYQQ KPGKSPRLLI FGMSSLADGV PSRFSASGSD KQYSLKIRGL QPEDAAIYY CQQHYIAPYT FGAGTRLEIK RTDAAPTVSI FPPSSEQLTS GGASVVCFLN NFYPKDINVK WKIDGSERQN G VLNSWTDQ ...文字列:
TGDIVMTQSP AFPPVSLGDT VTITCQASQS VYKNLAWYQQ KPGKSPRLLI FGMSSLADGV PSRFSASGSD KQYSLKIRGL QPEDAAIYY CQQHYIAPYT FGAGTRLEIK RTDAAPTVSI FPPSSEQLTS GGASVVCFLN NFYPKDINVK WKIDGSERQN G VLNSWTDQ DSKDSTYSMS STLTLTKDEY ERHNSYTCEA THKTSTSPIV KSFNRNEC

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分子 #3: Envelope polyprotein

分子名称: Envelope polyprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Puumala orthohantavirus (ウイルス)
分子量理論値: 49.827898 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: GPGETQNLNS GWTDTAHGSG IIPMRTDLEL DFSLPSSASY TYRRQLQNPA NEQEKIPFHL QISKQVIHAE IQHLGHWMDG TFNLKTAFH CYGSCEKYAY PWQTAGCFIE KDYEYESGWG CNPPDCPGVG TGCTACGVYL DKLKSVGKAF KIVSLRYTRK A CIQLGTEQ ...文字列:
GPGETQNLNS GWTDTAHGSG IIPMRTDLEL DFSLPSSASY TYRRQLQNPA NEQEKIPFHL QISKQVIHAE IQHLGHWMDG TFNLKTAFH CYGSCEKYAY PWQTAGCFIE KDYEYESGWG CNPPDCPGVG TGCTACGVYL DKLKSVGKAF KIVSLRYTRK A CIQLGTEQ TCKSVDSNDC LVTTSVKVCL IGTVSKFQPS DTLLFLGPLE QGGLIFKQWC TTTCQFGDPG DIMSTPVGMK CP ELNGSFR KKCAFATTPV CQFDGNTLSG YKRMIATKDS FQSFNVTEPH ISASSLEWID PDSSLRDHIN VIVGRDLSFQ DLS ETPCQV DLATTSIDGA WGSGVGFNLV CSVSLTECST FLTSIKACDS AMCYGSTTAN LLRGQNTVHI VGKGGHSGSK FMCC HDTKC SSTGLVAAAP HLDRVTGYNQ ADSDKIFDDG APECGISCWF TKSGEGTETS QVAPA

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分子 #4: Envelope polyprotein

分子名称: Envelope polyprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Puumala orthohantavirus (ウイルス)
分子量理論値: 40.061566 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: ETGELKIECP HTIGLGQGLV IGSVELPPVP LTQVESLKLE SSCNFDLHTS TSSQQPFTKW TWEMKSDLAE NTQASSTSFQ TKSSEINLR GLCLVPPLVI ETAARTRKTI ACFDLSCNQT ACQPTVFLIG PIQTCITTKS CLLGLGDQRI QVNYEKTYCV S GQLVEGVC ...文字列:
ETGELKIECP HTIGLGQGLV IGSVELPPVP LTQVESLKLE SSCNFDLHTS TSSQQPFTKW TWEMKSDLAE NTQASSTSFQ TKSSEINLR GLCLVPPLVI ETAARTRKTI ACFDLSCNQT ACQPTVFLIG PIQTCITTKS CLLGLGDQRI QVNYEKTYCV S GQLVEGVC FNPVHTMALS QPSHTYDIVT VMVRCFLIAK KVSTGDSMKL EKSFETLVQK TSCTGNGFQG YYICLVGSSS EP LYIPTLD DYRSAEVLSR MAFAPHGEDH DVEKNAISAM RIIGKVTGKA PSTESSDTIQ GVAFSGNPLY TSTGVLTAKD DPV YIWAPG IIMEGNHSVC DKKTLPLTWT GFIPLPGEIE KTGTKHHHHH H

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分子 #7: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: C-flat-2/1 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 4.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C4 (4回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 13.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Dynamo / 使用したサブトモグラム数: 1721
抽出トモグラム数: 56 / 使用した粒子像数: 71216
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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