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万見
- EMDB-11961: Cryo-EM map of the membrane-associated light-dependent protochlor... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11961
タイトルCryo-EM map of the membrane-associated light-dependent protochlorophyllide oxidoreductase (LPOR) from Z. mays (helical arrays, 16 units per turn)
マップデータ
試料
  • 細胞器官・細胞要素: membrane-associated light-dependent protochlorophyllide oxidoreductase (LPOR) from Z. mays (helical arrays, 16 units per turn)
生物種Zea mays (トウモロコシ)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 18.2 Å
データ登録者Floris D / Kuehlbrandt W
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
Max Planck Society ドイツ
引用ジャーナル: Nat Plants / 年: 2021
タイトル: Molecular landscape of etioplast inner membranes in higher plants.
著者: Davide Floris / Werner Kühlbrandt /
要旨: Etioplasts are photosynthetically inactive plastids that accumulate when light levels are too low for chloroplast maturation. The etioplast inner membrane consists of a paracrystalline tubular ...Etioplasts are photosynthetically inactive plastids that accumulate when light levels are too low for chloroplast maturation. The etioplast inner membrane consists of a paracrystalline tubular lattice and peripheral, disk-shaped membranes, respectively known as the prolamellar body and prothylakoids. These distinct membrane regions are connected into one continuous compartment. To date, no structures of protein complexes in or at etioplast membranes have been reported. Here, we used electron cryo-tomography to explore the molecular membrane landscape of pea and maize etioplasts. Our tomographic reconstructions show that ATP synthase monomers are enriched in the prothylakoids, and plastid ribosomes in the tubular lattice. The entire tubular lattice is covered by regular helical arrays of a membrane-associated protein, which we identified as the 37-kDa enzyme, light-dependent protochlorophyllide oxidoreductase (LPOR). LPOR is the most abundant protein in the etioplast, where it is responsible for chlorophyll biosynthesis, photoprotection and defining the membrane geometry of the prolamellar body. Based on the 9-Å-resolution volume of the subtomogram average, we propose a structural model of membrane-associated LPOR.
履歴
登録2020年11月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年4月21日-
マップ公開2021年4月21日-
更新2021年5月5日-
現状2021年5月5日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.279
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.279
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_11961.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11961.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 22.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.2 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.279 / ムービー #1: 0.279
最小 - 最大-2.9474661 - 2.7919958
平均 (標準偏差)0.0001444945 (±0.26803306)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ180180180
Spacing180180180
セルA=B=C: 396.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.22.22.2
M x/y/z180180180
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z396.000396.000396.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS180180180
D min/max/mean-2.9472.7920.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : membrane-associated light-dependent protochlorophyllide oxidoredu...

全体名称: membrane-associated light-dependent protochlorophyllide oxidoreductase (LPOR) from Z. mays (helical arrays, 16 units per turn)
要素
  • 細胞器官・細胞要素: membrane-associated light-dependent protochlorophyllide oxidoreductase (LPOR) from Z. mays (helical arrays, 16 units per turn)

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超分子 #1: membrane-associated light-dependent protochlorophyllide oxidoredu...

超分子名称: membrane-associated light-dependent protochlorophyllide oxidoreductase (LPOR) from Z. mays (helical arrays, 16 units per turn)
タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Zea mays (トウモロコシ) / Organelle: etioplast

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態helical array

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試料調製

緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 2.2 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 18.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用したサブトモグラム数: 950
抽出トモグラム数: 17 / 使用した粒子像数: 1678 / 参照モデル: random particles in the dataset / ソフトウェア - 名称: Dynamo
CTF補正ソフトウェア - 名称: IMOD
最終 角度割当タイプ: OTHER
結晶パラメータ単位格子 - A: 396 Å / 単位格子 - B: 396 Å / 単位格子 - C: 396 Å / 単位格子 - γ: 90 ° / 単位格子 - α: 90 ° / 単位格子 - β: 90 ° / 空間群: C
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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