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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of human exostosin-like 3 (EXTL3) | |||||||||||||||||||||||||||
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機能・相同性 | ![]() glucuronosyl-galactosyl-proteoglycan 4-alpha-N-acetylglucosaminyltransferase / glucuronyl-galactosyl-proteoglycan 4-alpha-N-acetylglucosaminyltransferase activity / positive regulation of detection of glucose / protein-hormone receptor activity / heparan sulfate proteoglycan biosynthetic process / negative regulation of keratinocyte differentiation / negative regulation of inflammatory response to wounding / XBP1(S) activates chaperone genes / glycosyltransferase activity / protein glycosylation ...glucuronosyl-galactosyl-proteoglycan 4-alpha-N-acetylglucosaminyltransferase / glucuronyl-galactosyl-proteoglycan 4-alpha-N-acetylglucosaminyltransferase activity / positive regulation of detection of glucose / protein-hormone receptor activity / heparan sulfate proteoglycan biosynthetic process / negative regulation of keratinocyte differentiation / negative regulation of inflammatory response to wounding / XBP1(S) activates chaperone genes / glycosyltransferase activity / protein glycosylation / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / negative regulation of inflammatory response / positive regulation of cell growth / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / endoplasmic reticulum membrane / Golgi apparatus / magnesium ion binding / endoplasmic reticulum / nucleus / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.43 Å | |||||||||||||||||||||||||||
![]() | Wilson LFL / Dendooven T / Hardwick SW / Chirgadze DY / Luisi BF / Logan DT / Mani K / Dupree P | |||||||||||||||||||||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The structure of EXTL3 helps to explain the different roles of bi-domain exostosins in heparan sulfate synthesis. 著者: L F L Wilson / T Dendooven / S W Hardwick / A Echevarría-Poza / T Tryfona / K B R M Krogh / D Y Chirgadze / B F Luisi / D T Logan / K Mani / P Dupree / ![]() ![]() ![]() ![]() 要旨: Heparan sulfate is a highly modified O-linked glycan that performs diverse physiological roles in animal tissues. Though quickly modified, it is initially synthesised as a polysaccharide of ...Heparan sulfate is a highly modified O-linked glycan that performs diverse physiological roles in animal tissues. Though quickly modified, it is initially synthesised as a polysaccharide of alternating β-D-glucuronosyl and N-acetyl-α-D-glucosaminyl residues by exostosins. These enzymes generally possess two glycosyltransferase domains (GT47 and GT64)-each thought to add one type of monosaccharide unit to the backbone. Although previous structures of murine exostosin-like 2 (EXTL2) provide insight into the GT64 domain, the rest of the bi-domain architecture is yet to be characterised; hence, how the two domains co-operate is unknown. Here, we report the structure of human exostosin-like 3 (EXTL3) in apo and UDP-bound forms. We explain the ineffectiveness of EXTL3's GT47 domain to transfer β-D-glucuronosyl units, and we observe that, in general, the bi-domain architecture would preclude a processive mechanism of backbone extension. We therefore propose that heparan sulfate backbone polymerisation occurs by a simple dissociative mechanism. | |||||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 264.7 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 14.5 KB 14.5 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 14.9 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 216.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 547.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 547.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 19 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7au2MC ![]() 7auaC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.6667 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Homodimer of EXTL3 globular domain
全体 | 名称: Homodimer of EXTL3 globular domain |
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要素 |
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-超分子 #1: Homodimer of EXTL3 globular domain
超分子 | 名称: Homodimer of EXTL3 globular domain / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 170 KDa |
-分子 #1: Exostosin-like 3
分子 | 名称: Exostosin-like 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO EC番号: glucuronosyl-galactosyl-proteoglycan 4-alpha-N-acetylglucosaminyltransferase |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 101.705117 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: APQLHHHHHH DLYENLYFQG KLTTLDEADE AGKRIFGPRV GNELCEVKHV LDLCRIRESV SEELLQLEAK RQELNSEIAK LNLKIEACK KSIENAKQDL LQLKNVISQT EHSYKELMAQ NQPKLSLPIR LLPEKDDAGL PPPKATRGCR LHNCFDYSRC P LTSGFPVY ...文字列: APQLHHHHHH DLYENLYFQG KLTTLDEADE AGKRIFGPRV GNELCEVKHV LDLCRIRESV SEELLQLEAK RQELNSEIAK LNLKIEACK KSIENAKQDL LQLKNVISQT EHSYKELMAQ NQPKLSLPIR LLPEKDDAGL PPPKATRGCR LHNCFDYSRC P LTSGFPVY VYDSDQFVFG SYLDPLVKQA FQATARANVY VTENADIACL YVILVGEMQE PVVLRPAELE KQLYSLPHWR TD GHNHVII NLSRKSDTQN LLYNVSTGRA MVAQSTFYTV QYRPGFDLVV SPLVHAMSEP NFMEIPPQVP VKRKYLFTFQ GEK IESLRS SLQEARSFEE EMEGDPPADY DDRIIATLKA VQDSKLDQVL VEFTCKNQPK PSLPTEWALC GEREDRLELL KLST FALII TPGDPRLVIS SGCATRLFEA LEVGAVPVVL GEQVQLPYQD MLQWNEAALV VPKPRVTEVH FLLRSLSDSD LLAMR RQGR FLWETYFSTA DSIFNTVLAM IRTRIQIPAA PIREEAAAEI PHRSGKAAGT DPNMADNGDL DLGPVETEPP YASPRY LRN FTLTVTDFYR SWNCAPGPFH LFPHTPFDPV LPSEAKFLGS GTGFRPIGGG AGGSGKEFQA ALGGNVPREQ FTVVMLT YE REEVLMNSLE RLNGLPYLNK VVVVWNSPKL PSEDLLWPDI GVPIMVVRTE KNSLNNRFLP WNEIETEAIL SIDDDAHL R HDEIMFGFRV WREARDRIVG FPGRYHAWDI PHQSWLYNSN YSCELSMVLT GAAFFHKYYA YLYSYVMPQA IRDMVDEYI NCEDIAMNFL VSHITRKPPI KVTSRWTFRC PGCPQALSHD DSHFHERHKC INFFVKVYGY MPLLYTQFRV DSVLFKTRLP HDKTKCFKF I |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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グリッド | モデル: Quantifoil / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / 平均電子線量: 71.4 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: AB INITIO MODEL |
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得られたモデル | ![]() PDB-7au2: |