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万見
- EMDB-11905: In situ subtomogram averaging structure of the type III secretion... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11905
タイトルIn situ subtomogram averaging structure of the type III secretion system of yersinia enterocolitica - sorting platform
マップデータSubtomogram average structure of the sorting platform of the type III secretion system of yersinia enterocolitica with C6 symmetry applied, filted to 4 nm resolution.
試料
  • 細胞: Sorting platform of the Type III secretion system of Yersinia enterocolitica
生物種Yersinia enterocolitica (腸炎エルシニア)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 40.0 Å
データ登録者Berger C / Ravelli RBG / Lopez-Iglesias C / Kudryashev M / Diepold A / Peters PJ
資金援助 オランダ, 1件
OrganizationGrant number国
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)184.034.014 オランダ
引用ジャーナル: J Struct Biol / 年: 2021
タイトル: Structure of the Yersinia injectisome in intracellular host cell phagosomes revealed by cryo FIB electron tomography.
著者: Casper Berger / Raimond B G Ravelli / Carmen López-Iglesias / Mikhail Kudryashev / Andreas Diepold / Peter J Peters /
要旨: Many pathogenic bacteria use the type III secretion system (T3SS), or injectisome, to secrete toxins into host cells. These protruding systems are primary targets for drug and vaccine development. ...Many pathogenic bacteria use the type III secretion system (T3SS), or injectisome, to secrete toxins into host cells. These protruding systems are primary targets for drug and vaccine development. Upon contact between injectisomes and host membranes, toxin secretion is triggered. How this works structurally and functionally is yet unknown. Using cryo-focused ion beam milling and cryo-electron tomography, we visualized injectisomes of Yersinia enterocolitica inside the phagosomes of infected human myeloid cells in a close-to-native state. We observed that a minimum needle length is required for injectisomes to contact the host membrane and bending of host membranes by some injectisomes that contact the host. Through subtomogram averaging, the structure of the entire injectisome was determined, which revealed structural differences in the cytosolic sorting platform compared to other bacteria. These findings contribute to understanding how injectisomes secrete toxins into host cells and provides the indispensable native context. The application of these cryo-electron microscopy techniques paves the way for the study of the 3D structure of infection-relevant protein complexes in host-pathogen interactions.
履歴
登録2020年10月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年2月24日-
マップ公開2021年2月24日-
更新2021年3月3日-
現状2021年3月3日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • ソリッド表示（ボリュームレンダリング）
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • ソリッド表示（ボリュームレンダリング）
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_11905.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11905.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Subtomogram average structure of the sorting platform of the type III secretion system of yersinia enterocolitica with C6 symmetry applied, filted to 4 nm resolution.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
5.45 Å/pix.
x 256 pix.
= 1395.712 Å		5.45 Å/pix.
x 256 pix.
= 1395.712 Å		5.45 Å/pix.
x 256 pix.
= 1395.712 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 5.452 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.32
最小 - 最大-5.846176 - 8.15671
平均 (標準偏差)-0.026826719 (±0.44046053)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 1395.712 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z5.4525.4525.452
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1395.7121395.7121395.712
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-5.8468.157-0.027

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_11905_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Subtomogram average structure of the sorting platform of...

ファイルemd_11905_additional_1.map
注釈Subtomogram average structure of the sorting platform of the type III secretion system of yersinia enterocolitica with C6 symmetry applied.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half-map used to determine the resolution with C6 symmetry applied

ファイルemd_11905_half_map_1.map
注釈half-map used to determine the resolution with C6 symmetry applied
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half-map used to determine the resolution with C6 symmetry applied

ファイルemd_11905_half_map_2.map
注釈half-map used to determine the resolution with C6 symmetry applied
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Sorting platform of the Type III secretion system of Yersinia ent...

全体名称: Sorting platform of the Type III secretion system of Yersinia enterocolitica
要素
  • 細胞: Sorting platform of the Type III secretion system of Yersinia enterocolitica

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超分子 #1: Sorting platform of the Type III secretion system of Yersinia ent...

超分子名称: Sorting platform of the Type III secretion system of Yersinia enterocolitica
タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Yersinia enterocolitica (腸炎エルシニア) / 株: E40

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
詳細: CElls were grown in RPMI 1640 medium on the grid. 2 ul of RPMI 1640 was applied to the grid just prior to vitrification
グリッドモデル: UltrAuFoil R2/2 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 85 % / チャンバー内温度: 310 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER
詳細: FEI vitrobot modified with a jet-vitrification module and a blotforce feedback mechanism..

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均露光時間: 24.0 sec. / 平均電子線量: 2.86 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最小 デフォーカス（公称値）: -0.005 µm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Tilt-series aligned and reconstructed with IMOD with gold fiducials.
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C6 (6回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 40.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Dynamo (ver. 1.1.401)
詳細: even and odd particles aligned independently after manual alignment
使用したサブトモグラム数: 101
抽出トモグラム数: 63 / 使用した粒子像数: 202 / 参照モデル: averaged from data after manual alignment / 手法: manually picked / ソフトウェア - 名称: Dynamo (ver. 1.1.401)
詳細: 4x binned tomograms were filtered with EMDeconvolution for manual picking. Coordinates were transformed to extract particles from 2x binned tomograms after CTF correction and without filtering.
CTF補正ソフトウェア - 名称: IMOD (ver. 4) / 詳細: CTF correction performed with IMOD
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: Dynamo (ver. 1.1.401)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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