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万見
- EMDB-11898: Tomographic reconstruction of native glycolipoprotein filaments i... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11898
タイトルTomographic reconstruction of native glycolipoprotein filaments in honeybee royal jelly
マップデータTomographic reconstruction of native RJ filaments
試料
  • 複合体: Royal jelly glycolipoprotein filaments
生物種Apis mellifera (セイヨウミツバチ)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Mattei S / Ban A / Picenoni A / Leibundgut M / Glockshuber R / Boehringer D
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Structure of native glycolipoprotein filaments in honeybee royal jelly.
著者: Simone Mattei / Arvid Ban / Armin Picenoni / Marc Leibundgut / Rudi Glockshuber / Daniel Boehringer /
要旨: Royal jelly (RJ) is produced by honeybees (Apis mellifera) as nutrition during larval development. The high viscosity of RJ originates from high concentrations of long lipoprotein filaments that ...Royal jelly (RJ) is produced by honeybees (Apis mellifera) as nutrition during larval development. The high viscosity of RJ originates from high concentrations of long lipoprotein filaments that include the glycosylated major royal jelly protein 1 (MRJP1), the small protein apisimin and insect lipids. Using cryo-electron microscopy we reveal the architecture and the composition of RJ filaments, in which the MRJP1 forms the outer shell of the assembly, surrounding stacked apisimin tetramers harbouring tightly packed lipids in the centre. The structural data rationalize the pH-dependent disassembly of RJ filaments in the gut of the larvae.
履歴
登録2020年10月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年12月30日-
マップ公開2020年12月30日-
更新2021年2月10日-
現状2021年2月10日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

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ムービービューア
添付画像

emd_11898.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11898.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 40.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED INTEGER (2 BYTES)
注釈Tomographic reconstruction of native RJ filaments
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
11.1 Å/pix.
x 100 pix.
= 1109.6 Å		11.1 Å/pix.
x 463 pix.
= 5137.448 Å		11.1 Å/pix.
x 463 pix.
= 5137.448 Å

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 11.096 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
最小 - 最大-31.0 - 37.0
平均 (標準偏差)1.0174522 (±3.4645584)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ463463100
Spacing463463100
セルA: 5137.4478 Å / B: 5137.4478 Å / C: 1109.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Integer*27
Å/pix. X/Y/Z11.09611.09611.096
M x/y/z463463100
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z5137.4485137.4481109.600
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS463463100
D min/max/mean-31.00037.0001.017

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Royal jelly glycolipoprotein filaments

全体名称: Royal jelly glycolipoprotein filaments
要素
  • 複合体: Royal jelly glycolipoprotein filaments

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超分子 #1: Royal jelly glycolipoprotein filaments

超分子名称: Royal jelly glycolipoprotein filaments / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Apis mellifera (セイヨウミツバチ)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 4
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
切片作成その他: NO SECTIONING
位置合わせマーカーManufacturer: BBI / 直径: 10 nm

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-4 / 撮影したグリッド数: 1 / 平均露光時間: 1.6 sec. / 平均電子線量: 2.2 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系最大 デフォーカス（補正後）: 6.3 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 4.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成アルゴリズム: BACK PROJECTION / ソフトウェア - 名称: IMOD / 使用した粒子像数: 41
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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