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- EMDB-11894: HIV-1 Gag immature lattice. GagdeltaMASP1T8I -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11894
タイトルHIV-1 Gag immature lattice. GagdeltaMASP1T8I
マップデータSubtomogram average of GagdeltaMAT8I in absence of IP6
試料
  • ウイルス: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Gag protein
機能・相同性
機能・相同性情報


viral process / viral capsid / nucleic acid binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Gag protein p6 / Gag protein p6 / gag protein p24 N-terminal domain / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Retrovirus capsid, C-terminal / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily ...Gag protein p6 / Gag protein p6 / gag protein p24 N-terminal domain / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Retrovirus capsid, C-terminal / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å
データ登録者Mendonca L / Zhang P
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust2064422/Z17/Z 英国
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2021
タイトル: CryoET structures of immature HIV Gag reveal six-helix bundle.
著者: Luiza Mendonça / Dapeng Sun / Jiying Ning / Jiwei Liu / Abhay Kotecha / Mateusz Olek / Thomas Frosio / Xiaofeng Fu / Benjamin A Himes / Alex B Kleinpeter / Eric O Freed / Jing Zhou / ...著者: Luiza Mendonça / Dapeng Sun / Jiying Ning / Jiwei Liu / Abhay Kotecha / Mateusz Olek / Thomas Frosio / Xiaofeng Fu / Benjamin A Himes / Alex B Kleinpeter / Eric O Freed / Jing Zhou / Christopher Aiken / Peijun Zhang /
要旨: Gag is the HIV structural precursor protein which is cleaved by viral protease to produce mature infectious viruses. Gag is a polyprotein composed of MA (matrix), CA (capsid), SP1, NC (nucleocapsid), ...Gag is the HIV structural precursor protein which is cleaved by viral protease to produce mature infectious viruses. Gag is a polyprotein composed of MA (matrix), CA (capsid), SP1, NC (nucleocapsid), SP2 and p6 domains. SP1, together with the last eight residues of CA, have been hypothesized to form a six-helix bundle responsible for the higher-order multimerization of Gag necessary for HIV particle assembly. However, the structure of the complete six-helix bundle has been elusive. Here, we determined the structures of both Gag in vitro assemblies and Gag viral-like particles (VLPs) to 4.2 Å and 4.5 Å resolutions using cryo-electron tomography and subtomogram averaging by emClarity. A single amino acid mutation (T8I) in SP1 stabilizes the six-helix bundle, allowing to discern the entire CA-SP1 helix connecting to the NC domain. These structures provide a blueprint for future development of small molecule inhibitors that can lock SP1 in a stable helical conformation, interfere with virus maturation, and thus block HIV-1 infection.
履歴
登録2020年10月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年6月23日-
マップ公開2021年6月23日-
更新2022年3月23日-
現状2022年3月23日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 2.85
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 2.85
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7ash
  • 表面レベル: 2.85
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7ash
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_11894.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11894.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 45.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Subtomogram average of GagdeltaMAT8I in absence of IP6
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.35 Å
密度
表面レベル登録者による: 2.85 / ムービー #1: 2.85
最小 - 最大-10.814456 - 17.330309
平均 (標準偏差)0.06844066 (±0.6897189)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ228228228
Spacing228228228
セルA=B=C: 307.80002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.351.351.35
M x/y/z228228228
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z307.800307.800307.800
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS228228228
D min/max/mean-10.81417.3300.068

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Human immunodeficiency virus 1

全体名称: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
要素
  • ウイルス: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Gag protein

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超分子 #1: Human immunodeficiency virus 1

超分子名称: Human immunodeficiency virus 1 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 11676 / 生物種: Human immunodeficiency virus 1 / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes
Host system生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Gag protein

分子名称: Gag protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 18 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 25.710555 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: AISPRTLNAW VKVVEEKAFS PEVIPMFSAL SEGATPQDLN TMLNTVGGHQ AAMQMLKETI NEEAAEWDRV HPVHAGPIAP GQMREPRGS DIAGTTSTLQ EQIGWMTNNP PIPVGEIYKR WIILGLNKIV RMYSPTSILD IRQGPKEPFR DYVDRFYKTL R AEQASQEV ...文字列:
AISPRTLNAW VKVVEEKAFS PEVIPMFSAL SEGATPQDLN TMLNTVGGHQ AAMQMLKETI NEEAAEWDRV HPVHAGPIAP GQMREPRGS DIAGTTSTLQ EQIGWMTNNP PIPVGEIYKR WIILGLNKIV RMYSPTSILD IRQGPKEPFR DYVDRFYKTL R AEQASQEV KNWMTETLLV QNANPDCKTI LKALGPAATL EEMMTACQGV GGPGHKARVL AEAMSQVINS ATIMM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.2
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
平均電子線量: 120.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C6 (6回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用したサブトモグラム数: 131942
抽出トモグラム数: 90 / 使用した粒子像数: 131942
最終 角度割当タイプ: OTHER

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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