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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-11892 | |||||||||
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タイトル | Structure of native royal jelly filaments | |||||||||
![]() | native royal jelly filament | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() caste determination, influence by environmental factors / defense response to fungus / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | |||||||||
![]() | Mattei S / Ban A / Picenoni A / Leibundgut M / Glockshuber R / Boehringer D | |||||||||
資金援助 | European Union, 2件
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![]() | ![]() タイトル: Structure of native glycolipoprotein filaments in honeybee royal jelly. 著者: Simone Mattei / Arvid Ban / Armin Picenoni / Marc Leibundgut / Rudi Glockshuber / Daniel Boehringer / ![]() ![]() 要旨: Royal jelly (RJ) is produced by honeybees (Apis mellifera) as nutrition during larval development. The high viscosity of RJ originates from high concentrations of long lipoprotein filaments that ...Royal jelly (RJ) is produced by honeybees (Apis mellifera) as nutrition during larval development. The high viscosity of RJ originates from high concentrations of long lipoprotein filaments that include the glycosylated major royal jelly protein 1 (MRJP1), the small protein apisimin and insect lipids. Using cryo-electron microscopy we reveal the architecture and the composition of RJ filaments, in which the MRJP1 forms the outer shell of the assembly, surrounding stacked apisimin tetramers harbouring tightly packed lipids in the centre. The structural data rationalize the pH-dependent disassembly of RJ filaments in the gut of the larvae. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 163.5 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 17.6 KB 17.6 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 264.8 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 178 MB | ![]() | |
その他 | ![]() ![]() | 138.8 MB 138.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 485.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 485 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 12.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | native royal jelly filament | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.19467 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: native royal jelly filament
ファイル | emd_11892_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | native royal jelly filament | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: native royal jelly filament
ファイル | emd_11892_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | native royal jelly filament | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : native royal jelly filaments
全体 | 名称: native royal jelly filaments |
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要素 |
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-超分子 #1: native royal jelly filaments
超分子 | 名称: native royal jelly filaments / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: Major royal jelly protein 1
分子 | 名称: Major royal jelly protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 48.934898 KDa |
配列 | 文字列: MTRLFMLVCL GIVCQGTTGN ILRGESLNKS LPILHEWKFF DYDFGSDERR QDAILSGEYD YKNNYPSDID QWHDKIFVTM LRYNGVPSS LNVISKKVGD GGPLLQPYPD WSFAKYDDCS GIVSASKLAI DKCDRLWVLD SGLVNNTQPM CSPKLLTFDL T TSQLLKQV ...文字列: MTRLFMLVCL GIVCQGTTGN ILRGESLNKS LPILHEWKFF DYDFGSDERR QDAILSGEYD YKNNYPSDID QWHDKIFVTM LRYNGVPSS LNVISKKVGD GGPLLQPYPD WSFAKYDDCS GIVSASKLAI DKCDRLWVLD SGLVNNTQPM CSPKLLTFDL T TSQLLKQV EIPHDVAVNA TTGKGRLSSL AVQSLDCNTN SDTMVYIADE KGEGLIVYHN SDDSFHRLTS NTFDYDPKFT KM TIDGESY TAQDGISGMA LSPMTNNLYY SPVASTSLYY VNTEQFRTSD YQQNDIHYEG VQNILDTQSS AKVVSKSGVL FFG LVGDSA LGCWNEHRTL ERHNIRTVAQ SDETLQMIAS MKIKEALPHV PIFDRYINRE YILVLSNKMQ KMVNNDFNFD DVNF RIMNA NVNELILNTR CENPDNDRTP FKISIHL |
-分子 #2: Apisimin
分子 | 名称: Apisimin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 7.949325 KDa |
配列 | 文字列: MSKIVAVVVL AAFCVAMLVS DVSAKTSISV KGESNVDVVS QINSLVSSIV SGANVSAVLL AQTLVNILQI LIDANVFA |
-分子 #5: (3beta,14beta,17alpha)-ergosta-5,24(28)-dien-3-ol
分子 | 名称: (3beta,14beta,17alpha)-ergosta-5,24(28)-dien-3-ol / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 16 / 式: 94R |
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分子量 | 理論値: 398.664 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-94R: |
-分子 #6: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 8 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-NAG: |
-分子 #7: SULFATE ION
分子 | 名称: SULFATE ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 8 / 式: SO4 |
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分子量 | 理論値: 96.063 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-SO4: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
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試料調製
緩衝液 | pH: 4 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS |
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均露光時間: 1.7 sec. / 平均電子線量: 82.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 倍率(補正後): 119050 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 倍率(公称値): 105000 |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 54.0 Å 想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 64 ° 想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: D2 (2回x2回 2面回転対称) アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 240483 |
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CTF補正 | ソフトウェア - 名称: Gctf |
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER / 詳細: featureless cylindrical density |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: RELION |