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- EMDB-1186: Elongated oligomers assemble into mammalian PrP amyloid fibrils. -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1186
タイトルElongated oligomers assemble into mammalian PrP amyloid fibrils.
マップデータVolume (map) file of a Mouse PrP amyloid fibril (1100 Angstrom helical crossover repeat).
試料
  • 試料: Mouse Prion Protein PrP - residue 91-231
  • タンパク質・ペプチド: Mouse Prion Protein
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 26.0 Å
データ登録者Tattum MH / Cohen-Krausz S / Khalili-shirazi A / Jackson GS / Orlova EV / Collinge J / Clarke AR / Saibil HR
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2006
タイトル: Elongated oligomers assemble into mammalian PrP amyloid fibrils.
著者: M Howard Tattum / Sara Cohen-Krausz / Kanjana Thumanu / Christopher W Wharton / Azadeh Khalili-Shirazi / Graham S Jackson / Elena V Orlova / John Collinge / Anthony R Clarke / Helen R Saibil /
要旨: In prion diseases, the mammalian prion protein PrP is converted from a monomeric, mainly alpha-helical state into beta-rich amyloid fibrils. To examine the structure of the misfolded state, amyloid ...In prion diseases, the mammalian prion protein PrP is converted from a monomeric, mainly alpha-helical state into beta-rich amyloid fibrils. To examine the structure of the misfolded state, amyloid fibrils were grown from a beta form of recombinant mouse PrP (residues 91-231). The beta-PrP precursors assembled slowly into amyloid fibrils with an overall helical twist. The fibrils exhibit immunological reactivity similar to that of ex vivo PrP Sc. Using electron microscopy and image processing, we obtained three-dimensional density maps of two forms of PrP fibrils with slightly different twists. They reveal two intertwined protofilaments with a subunit repeat of approximately 60 A. The repeating unit along each protofilament can be accounted for by elongated oligomers of PrP, suggesting a hierarchical assembly mechanism for the fibrils. The structure reveals flexible crossbridges between the two protofilaments, and subunit contacts along the protofilaments that are likely to reflect specific features of the PrP sequence, in addition to the generic, cross-beta amyloid fold.
履歴
登録2006年2月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2006年2月2日-
マップ公開2006年5月9日-
更新2012年10月24日-
現状2012年10月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.019212618
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.019212618
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1186.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1186.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 618.2 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Volume (map) file of a Mouse PrP amyloid fibril (1100 Angstrom helical crossover repeat).
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
5.2 Å/pix.
x 101 pix.
= 525.2 Å		5.2 Å/pix.
x 40 pix.
= 208. Å		5.2 Å/pix.
x 40 pix.
= 208. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 5.2 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル1: 0.0181 / ムービー #1: 0.0192126
最小 - 最大-0.00458126 - 0.0226481
平均 (標準偏差)0.00188561 (±0.00631006)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ4040101
Spacing4040101
セルA: 208 Å / B: 208 Å / C: 525.2 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z5.25.25.2
M x/y/z4040101
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z208.000208.000525.200
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-96-96-96
NX/NY/NZ192192192
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS4040101
D min/max/mean-0.0050.0230.002

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Mouse Prion Protein PrP - residue 91-231

全体名称: Mouse Prion Protein PrP - residue 91-231
要素
  • 試料: Mouse Prion Protein PrP - residue 91-231
  • タンパク質・ペプチド: Mouse Prion Protein

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超分子 #1000: Mouse Prion Protein PrP - residue 91-231

超分子名称: Mouse Prion Protein PrP - residue 91-231 / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: Amyloid fibril / Number unique components: 1

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分子 #1: Mouse Prion Protein

分子名称: Mouse Prion Protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Mo PrP / 詳細: Recombinant protein expressed in E.coli / 集合状態: multimeric amyloid fibril / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 別称: House Mouse
分子量実験値: 171.95 KDa / 理論値: 171.95 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pTRCHisB

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.2 mg/mL
緩衝液pH: 3 / 詳細: 10mM Tris, 10mM Sodium Acetate
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: 3ul sample applied to grid for 2-3 minutes before blotting. 3ul 2% uranyl acetate added and blotted after 3 minutes.
グリッド詳細: 300 mesh copper grid
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 10
温度平均: 298 K
アライメント法Legacy - 非点収差: objective lens astigmatism was corrected at
詳細Low dose. FEI TECNAI 10 MICROSCOPE. Gatan single tilt negative stain holder.
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 7 µm / 実像数: 621 / 平均電子線量: 10 e/Å2 / Od range: 2.5 / ビット/ピクセル: 8
電子線加速電圧: 100 kV / 電子線源: TUNGSTEN HAIRPIN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.3 µm / 倍率（公称値）: 27000
試料ステージ試料ホルダー: eucentric / 試料ホルダーモデル: OTHER

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画像解析

詳細Particles were selected manually.
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 26.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPIDER
詳細: Crossover repeats of the disordered helical fibrils were treated as single particles
使用した粒子像数: 628
最終 2次元分類クラス数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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