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万見
- EMDB-11831: BIP18SN. De novo coiled-coil-based bipyramidal protein -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11831
タイトルBIP18SN. De novo coiled-coil-based bipyramidal protein
マップデータCoiled coil single chain protein origami bipyramid composed of dimeric coiled coil segments.
試料
  • 複合体: Coiled-coil-based protein monomer
キーワードcoiled coil protein origami / DE NOVO PROTEIN
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 25.0 Å
データ登録者Lapenta F / Aupic J / Vezzoli M / Strmsek Z / Da Vela S / Svergun DI / Melero R / Carazo JM / Jerala R
資金援助European Union, 1件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)787115European Union
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Self-assembly and regulation of protein cages from pre-organised coiled-coil modules.
著者: Fabio Lapenta / Jana Aupič / Marco Vezzoli / Žiga Strmšek / Stefano Da Vela / Dmitri I Svergun / José María Carazo / Roberto Melero / Roman Jerala /
要旨: Coiled-coil protein origami (CCPO) is a modular strategy for the de novo design of polypeptide nanostructures. CCPO folds are defined by the sequential order of concatenated orthogonal coiled-coil ...Coiled-coil protein origami (CCPO) is a modular strategy for the de novo design of polypeptide nanostructures. CCPO folds are defined by the sequential order of concatenated orthogonal coiled-coil (CC) dimer-forming peptides, where a single-chain protein is programmed to fold into a polyhedral cage. Self-assembly of CC-based nanostructures from several chains, similarly as in DNA nanotechnology, could facilitate the design of more complex assemblies and the introduction of functionalities. Here, we show the design of a de novo triangular bipyramid fold comprising 18 CC-forming segments and define the strategy for the two-chain self-assembly of the bipyramidal cage from asymmetric and pseudo-symmetric pre-organised structural modules. In addition, by introducing a protease cleavage site and masking the interfacial CC-forming segments in the two-chain bipyramidal cage, we devise a proteolysis-mediated conformational switch. This strategy could be extended to other modular protein folds, facilitating the construction of dynamic multi-chain CC-based complexes.
履歴
登録2020年10月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年12月23日-
マップ公開2020年12月23日-
更新2023年11月29日-
現状2023年11月29日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0517
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0517
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_11831.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11831.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Coiled coil single chain protein origami bipyramid composed of dimeric coiled coil segments.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0517 / ムービー #1: 0.0517
最小 - 最大-0.044970453 - 0.19019175
平均 (標準偏差)-0.00035193146 (±0.010752927)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ100100100
Spacing100100100
セルA=B=C: 100.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z111
M x/y/z100100100
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z100.000100.000100.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS100100100
D min/max/mean-0.0450.190-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Coiled-coil-based protein monomer

全体名称: Coiled-coil-based protein monomer
要素
  • 複合体: Coiled-coil-based protein monomer

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超分子 #1: Coiled-coil-based protein monomer

超分子名称: Coiled-coil-based protein monomer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.03 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: uranyl acetate
詳細Samples were applied to glow discharged carbon-coated copper grids, washed quickly with distilled water and negatively stained with 2% (w/v) uranyl acetate.

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 1230
撮影フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F415 (4k x 4k)
平均電子線量: 20.0 e/Å2
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: TUNGSTEN HAIRPIN
電子光学系倍率（補正後）: 54926 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: JEOL

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 25.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 20000
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: Xmipp

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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