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万見
- EMDB-11628: Distance-dependent synaptic vesicle protein organisation. -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11628
タイトルDistance-dependent synaptic vesicle protein organisation.
マップデータTomogram from delta-84 Munc-18 condition.
試料
  • 複合体: Synaptic membrane fusion reconstituted in vitro
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Ginger L / Malsam J / Sonnen AF-P / Morado D / Scheutzow A / Sollner TH / Briggs JAG
資金援助 英国, ドイツ, 4件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)ERC-CoG-648432 MEMBRANEFUSION 英国
German Research Foundation (DFG)112927078 - TRR83 ドイツ
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_UP_1201/16 英国
German Research Foundation (DFG)278001972 - TRR186 ドイツ
引用ジャーナル: FEBS Lett / 年: 2020
タイトル: Arrangements of proteins at reconstituted synaptic vesicle fusion sites depend on membrane separation.
著者: Lucy Ginger / Joerg Malsam / Andreas F-P Sonnen / Dustin Morado / Andrea Scheutzow / Thomas H Söllner / John A G Briggs /
要旨: Synaptic vesicle proteins, including N-ethylmaleimide-sensitive factor attachment protein receptors (SNAREs), Synaptotagmin-1 and Complexin, are responsible for controlling the synchronised fusion of ...Synaptic vesicle proteins, including N-ethylmaleimide-sensitive factor attachment protein receptors (SNAREs), Synaptotagmin-1 and Complexin, are responsible for controlling the synchronised fusion of synaptic vesicles with the presynaptic plasma membrane in response to elevated cytosolic calcium levels. A range of structures of SNAREs and their regulatory proteins have been elucidated, but the exact organisation of these proteins at synaptic junction membranes remains elusive. Here, we have used cryoelectron tomography to investigate the arrangement of synaptic proteins in an in vitro reconstituted fusion system. We found that the separation between vesicle and target membranes strongly correlates with the organisation of protein complexes at junctions. At larger membrane separations, protein complexes assume a 'clustered' distribution at the docking site, inducing a protrusion in the target membrane. As the membrane separation decreases, protein complexes become displaced radially outwards and assume a 'ring-like' arrangement. Our findings indicate that docked vesicles can possess a wide range of protein complex numbers and be heterogeneous in their protein arrangements.
履歴
登録2020年8月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年9月16日-
マップ公開2020年9月16日-
更新2020年11月18日-
現状2020年11月18日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
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添付画像

emd_11628.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11628.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.3 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Tomogram from delta-84 Munc-18 condition.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4.36 Å/pix.
x 928 pix.
= 4042.368 Å		4.36 Å/pix.
x 401 pix.
= 1746.756 Å		4.36 Å/pix.
x 960 pix.
= 4181.76 Å

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.356 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
最小 - 最大-342.89383 - 323.2437
平均 (標準偏差)-0.04187934 (±9.39708)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-29900
サイズ401960928
Spacing960401928
セルA: 4181.76 Å / B: 1746.756 Å / C: 4042.368 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.3564.3564.356
M x/y/z960401928
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z4181.7601746.7564042.368
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS0-2990
NC/NR/NS960401928
D min/max/mean-342.894323.244-0.042

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Synaptic membrane fusion reconstituted in vitro

全体名称: Synaptic membrane fusion reconstituted in vitro
要素
  • 複合体: Synaptic membrane fusion reconstituted in vitro

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超分子 #1: Synaptic membrane fusion reconstituted in vitro

超分子名称: Synaptic membrane fusion reconstituted in vitro / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: Synaptic membrane fusion reconstituted in vitro by mixing: giant unilamellar vesicles reconstituted with t-SNARE complex proteins; small unilamellar vesicles reconstituted with v-SNARE and ...詳細: Synaptic membrane fusion reconstituted in vitro by mixing: giant unilamellar vesicles reconstituted with t-SNARE complex proteins; small unilamellar vesicles reconstituted with v-SNARE and Synaptotagmin-1; Complexin-II and Munc-18.
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE
切片作成その他: NO SECTIONING
位置合わせマーカーManufacturer: BBI Solutions / 直径: 10 nm

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系位相板: VOLTA PHASE PLATE / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 1.6 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 0.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.0 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成アルゴリズム: BACK PROJECTION / 使用した粒子像数: 121

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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