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- EMDB-11627: Subtomogram average of beta-propiolactone-treated SARS-CoV-2 post... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11627
タイトルSubtomogram average of beta-propiolactone-treated SARS-CoV-2 post-fusion spike
マップデータ
試料
  • ウイルス: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 10.7 Å
データ登録者Mendonca LM / Liu C / Yang Y / Gao Y / Shen C / Liu J / Ni T / Ju B / Tang X / Wei J ...Mendonca LM / Liu C / Yang Y / Gao Y / Shen C / Liu J / Ni T / Ju B / Tang X / Wei J / Ma X / Zhu Y / Liu W / Xu S / Liu Y / Yuan J / Wu J / Liu Z / Zhang Z / Liu L / Wang P / Zhang P
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust206422/Z/17/Z 英国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2020
タイトル: The Architecture of Inactivated SARS-CoV-2 with Postfusion Spikes Revealed by Cryo-EM and Cryo-ET.
著者: Chuang Liu / Luiza Mendonça / Yang Yang / Yuanzhu Gao / Chenguang Shen / Jiwei Liu / Tao Ni / Bin Ju / Congcong Liu / Xian Tang / Jinli Wei / Xiaomin Ma / Yanan Zhu / Weilong Liu / Shuman Xu ...著者: Chuang Liu / Luiza Mendonça / Yang Yang / Yuanzhu Gao / Chenguang Shen / Jiwei Liu / Tao Ni / Bin Ju / Congcong Liu / Xian Tang / Jinli Wei / Xiaomin Ma / Yanan Zhu / Weilong Liu / Shuman Xu / Yingxia Liu / Jing Yuan / Jing Wu / Zheng Liu / Zheng Zhang / Lei Liu / Peiyi Wang / Peijun Zhang /
要旨: The ongoing global pandemic of coronavirus disease 2019 (COVID-19) resulted from the outbreak of SARS-CoV-2 in December 2019. Currently, multiple efforts are being made to rapidly develop vaccines ...The ongoing global pandemic of coronavirus disease 2019 (COVID-19) resulted from the outbreak of SARS-CoV-2 in December 2019. Currently, multiple efforts are being made to rapidly develop vaccines and treatments to fight COVID-19. Current vaccine candidates use inactivated SARS-CoV-2 viruses; therefore, it is important to understand the architecture of inactivated SARS-CoV-2. We have genetically and structurally characterized β-propiolactone-inactivated viruses from a propagated and purified clinical strain of SARS-CoV-2. We observed that the virus particles are roughly spherical or moderately pleiomorphic. Although a small fraction of prefusion spikes are found, most spikes appear nail shaped, thus resembling a postfusion state, where the S1 protein of the spike has disassociated from S2. Cryoelectron tomography and subtomogram averaging of these spikes yielded a density map that closely matches the overall structure of the SARS-CoV postfusion spike and its corresponding glycosylation site. Our findings have major implications for SARS-CoV-2 vaccine design, especially those using inactivated viruses.
履歴
登録2020年8月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年10月7日-
マップ公開2020年10月7日-
更新2020年11月11日-
現状2020年11月11日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.52
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1.52
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_11627.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11627.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.8 Å
密度
表面レベル登録者による: 1.52 / ムービー #1: 1.52
最小 - 最大-9.77452 - 9.651166
平均 (標準偏差)-0.037240405 (±0.50283813)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 358.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.82.82.8
M x/y/z128128128
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z358.400358.400358.400
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ400400400
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS128128128
D min/max/mean-9.7759.651-0.037

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_11627_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_11627_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2

全体名称: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)

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超分子 #1: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2

超分子名称: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / NCBI-ID: 2697049 / 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-10 / 平均電子線量: 2.55 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 10.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Dynamo / 使用したサブトモグラム数: 956
抽出トモグラム数: 242 / 使用した粒子像数: 956
手法: Manual picking combined with surface model orientation
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: Dynamo
詳細: Initial angles based on oriented surface model (normal to viral membrane), and refined based on iterative subtomogram alignment.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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