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- EMDB-1159: Hepatitis B small surface antigen particles are octahedral. -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1159
タイトルHepatitis B small surface antigen particles are octahedral.
マップデータElectron density map of an octahedral large Hepatitis B small surface antigen particle
試料
  • 試料: Hepatitis B small surface antigen
  • タンパク質・ペプチド: surface antigen
生物種Hepatitis B virus (B 型肝炎ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 12.0 Å
データ登録者Gilbert RJC / Beales L / Blond D / Simon MN
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2005
タイトル: Hepatitis B small surface antigen particles are octahedral.
著者: Robert J C Gilbert / Lucy Beales / Donatienne Blond / Martha N Simon / Beth Y Lin / Francis V Chisari / David I Stuart / David J Rowlands /
要旨: The infectious component of hepatitis B (HB) virus (HBV), the Dane particle, has a diameter of approximately 44 nm and consists of a double-layered capsid particle enclosing a circular, incomplete ...The infectious component of hepatitis B (HB) virus (HBV), the Dane particle, has a diameter of approximately 44 nm and consists of a double-layered capsid particle enclosing a circular, incomplete double-stranded DNA genome. The outer capsid layer is formed from the HB surface antigen (HBsAg) and lipid, whereas the inner layer is formed from the HB core Ag assembled into an icosahedral structure. During chronic infection HBsAg is expressed in large excess as noninfectious quasispherical particles and tubules with approximately 22-nm diameter. Here, we report cryo-EM reconstructions of spherical HBsAg particles at approximately 12-A resolution. We show that the particles possess different diameters and have separated them into two predominant populations, both of which have octahedral symmetry. Despite their differing diameters, the two forms of the particle have the same mass and are built through conformational switching of the same building block, a dimer of HBsAg. We propose that this conformational switching, combined with interactions with the underlying core, leads to the formation of HBV Dane particles of different sizes, dictated by the symmetry of the icosahedral core.
履歴
登録2005年9月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2005年9月10日-
マップ公開2006年9月10日-
更新2011年5月26日-
現状2011年5月26日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 170
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 170
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1159.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1159.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 7.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Electron density map of an octahedral large Hepatitis B small surface antigen particle
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Y (Sec.)X (Row.)Z (Col.)
2.74 Å/pix.
x 128 pix.
= 350.4 Å		2.74 Å/pix.
x 128 pix.
= 350.4 Å		2.74 Å/pix.
x 128 pix.
= 350.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.7375 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル1: 56.600000000000001 / ムービー #1: 170
最小 - 最大-330.235000000000014 - 676.196000000000026
平均 (標準偏差)0.0000000264669 (±61.981200000000001)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZXY
Origin-64-64-64
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 350.4 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.73752.73752.7375
M x/y/z128128128
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z350.400350.400350.400
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-64-64-64
NX/NY/NZ128128128
MAP C/R/S312
start NC/NR/NS-64-64-64
NC/NR/NS128128128
D min/max/mean-330.235676.1960.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Hepatitis B small surface antigen

全体名称: Hepatitis B small surface antigen
要素
  • 試料: Hepatitis B small surface antigen
  • タンパク質・ペプチド: surface antigen

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超分子 #1000: Hepatitis B small surface antigen

超分子名称: Hepatitis B small surface antigen / タイプ: sample / ID: 1000
詳細: The sample was a mixed population of smaller and larger particles; this is a map of the larger kind
集合状態: An octahedral structure consisting of 48 / Number unique components: 1
分子量実験値: 2.16 MDa / 理論値: 2.04 MDa
手法: Volumetrically, also by STEM and fitting of atomic models

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分子 #1: surface antigen

分子名称: surface antigen / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: sAg / 詳細: 48 sAg proteins compose the particle reconstructed / コピー数: 48 / 集合状態: 48 copies obeying octahedral symmetry / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Hepatitis B virus (B 型肝炎ウイルス) / 組織: Mouse serum
分子量実験値: 24 KDa / 理論値: 24 KDa
組換発現生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.3 mg/mL
緩衝液pH: 7.2 / 詳細: PBS
グリッド詳細: 300 mesh copper grid bearing holey carbon film
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 20 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: Vitrification instrument: Simple guillotone / 手法: Blot until grid draws away from paper

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI/PHILIPS CM200FEG
温度平均: 100 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Astigmatism corrected at 135,000 magnification
日付2000年6月1日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: OTHER / デジタル化 - サンプリング間隔: 8.33 µm / 実像数: 17 / 平均電子線量: 2 e/Å2 / Od range: 5 / ビット/ピクセル: 8
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 7.21 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.79 µm / 倍率（公称値）: 38000
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

詳細The particles were selected using Ximdisp
CTF補正詳細: by micrograph
最終 再構成想定した対称性 - 点群: O (正8面体型対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 12.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: IMAGIC, FREALIGN and SPIDER
詳細: Single particles were reconstructed in IMAGIC using D2 symmetry and then in FREALIGN using tetrahedral symmetry. Maps were shown to in fact have octahedral symmetry. Reconstruction was ...詳細: Single particles were reconstructed in IMAGIC using D2 symmetry and then in FREALIGN using tetrahedral symmetry. Maps were shown to in fact have octahedral symmetry. Reconstruction was iterative and has symmetry determination and size fractionation coupled.
使用した粒子像数: 882
最終 角度割当詳細: SPIDER

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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