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万見
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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1155
タイトルThe mechanism of HIV-1 core assembly: insights from three-dimensional reconstructions of authentic virions.
マップデータTomographic reconstruction of HIV-1 virions
試料
  • 試料: HIV-1 virions
  • ウイルス: Human immunodeficiency virus (ヒト免疫不全ウイルス)
生物種Human immunodeficiency virus (ヒト免疫不全ウイルス)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法
データ登録者Briggs JAG / Grunewald K / Glass B / Forster F
引用ジャーナル: Structure / 年: 2006
タイトル: The mechanism of HIV-1 core assembly: insights from three-dimensional reconstructions of authentic virions.
著者: John A G Briggs / Kay Grünewald / Bärbel Glass / Friedrich Förster / Hans-Georg Kräusslich / Stephen D Fuller /
要旨: Infectious HIV particles contain a characteristic cone-shaped core encasing the viral RNA and replication proteins. The core exhibits significant heterogeneity in size and shape, yet consistently ...Infectious HIV particles contain a characteristic cone-shaped core encasing the viral RNA and replication proteins. The core exhibits significant heterogeneity in size and shape, yet consistently forms a well-defined structure. The mechanism by which the core is assembled in the maturing virion remains poorly understood. Using cryo-electron tomography, we have produced three-dimensional reconstructions of authentic, unstained HIV-1. These reveal the viral morphology with unprecedented clarity and suggest the following mechanism for core formation inside the extracellular virion: core growth initiates at the narrow end of the cone and proceeds toward the distal side of the virion until limited by the viral membrane. Curvature and closure of the broad end of the core are then directed by the inner surface of the viral membrane. This mechanism accommodates significant flexibility in lattice growth while ensuring the closure of cores of variable size and shape.
履歴
登録2005年8月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2005年8月30日-
マップ公開2006年1月16日-
更新2011年9月2日-
現状2011年9月2日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • ソリッド表示（ボリュームレンダリング）
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • ソリッド表示（ボリュームレンダリング）
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1155.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1155.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED BYTE
注釈Tomographic reconstruction of HIV-1 virions
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
16.4 Å/pix.
x 281 pix.
= 4608.4 Å		16.4 Å/pix.
x 91 pix.
= 2312.4 Å		16.4 Å/pix.
x 141 pix.
= 1492.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 16.4 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベルBy EMDB: 21.0
最小 - 最大-128.0 - 127.0
平均 (標準偏差)5.03894 (±12.399900000000001)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ91141281
Spacing91141281
セルA: 1492.4 Å / B: 2312.4 Å / C: 4608.4 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeenvelope stored as signed bytes (from -128 lowest to 127 highest)
Å/pix. X/Y/Z16.416.416.4
M x/y/z91141281
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1492.4002312.4004608.400
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-70-70-69
NX/NY/NZ140140140
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS14191281
D min/max/mean-128.000127.0005.039

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添付データ

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添付マップデータ: emd 1155 additional 1.map

ファイルemd_1155_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : HIV-1 virions

全体名称: HIV-1 virions
要素
  • 試料: HIV-1 virions
  • ウイルス: Human immunodeficiency virus (ヒト免疫不全ウイルス)

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超分子 #1000: HIV-1 virions

超分子名称: HIV-1 virions / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1

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超分子 #1: Human immunodeficiency virus

超分子名称: Human immunodeficiency virus / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: HIV-1 / NCBI-ID: 12721 / 生物種: Human immunodeficiency virus / データベース: NCBI / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: HIV-1
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: VERTEBRATES

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法

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試料調製

緩衝液pH: 7.2 / 詳細: PBS
染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: unstained
グリッド詳細: holey carbon film
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI/PHILIPS CM300FEG/T
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF2000
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20.0 eV
日付2004年10月22日
撮影平均電子線量: 50 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 36500 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: OTHER / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 6.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 5.5 µm
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN / Tilt series - Axis1 - Min angle: 68 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 68 ° / Tilt series - Axis1 - Angle increment: 2 °

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画像解析

最終 再構成アルゴリズム: OTHER / ソフトウェア - 名称: IMOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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