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万見
- EMDB-1142: Localization of the coactivator Cdh1 and the cullin subunit Apc2 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1142
タイトルLocalization of the coactivator Cdh1 and the cullin subunit Apc2 in a cryo-electron microscopy model of vertebrate APC/C.
マップデータThis is a 3D map of the Xenopus APC/C in complex with an activator Cdh1
試料
  • 試料: Anaphase Promoting Complex
  • タンパク質・ペプチド: Anaphase Promoting Complex
  • タンパク質・ペプチド: Cdh1
生物種Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 24.0 Å
データ登録者Dube P / Herzog F / Peters JM / Stark H
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2005
タイトル: Localization of the coactivator Cdh1 and the cullin subunit Apc2 in a cryo-electron microscopy model of vertebrate APC/C.
著者: Prakash Dube / Franz Herzog / Christian Gieffers / Bjoern Sander / Dietmar Riedel / Shirley A Müller / Andreas Engel / Jan-Michael Peters / Holger Stark /
要旨: The anaphase-promoting complex/cyclosome (APC/C) is a ubiquitin ligase with essential functions in mitosis, meiosis, and G1 phase of the cell cycle. APC/C recognizes substrates via coactivator ...The anaphase-promoting complex/cyclosome (APC/C) is a ubiquitin ligase with essential functions in mitosis, meiosis, and G1 phase of the cell cycle. APC/C recognizes substrates via coactivator proteins such as Cdh1, and bound substrates are ubiquitinated by E2 enzymes that interact with a hetero-dimer of the RING subunit Apc11 and the cullin Apc2. We have obtained three-dimensional (3D) models of human and Xenopus APC/C by angular reconstitution and random conical tilt (RCT) analyses of negatively stained cryo-electron microscopy (cryo-EM) preparations, have determined the masses of these particles by scanning transmission electron microscopy (STEM), and have mapped the locations of Cdh1 and Apc2. These proteins are located on the same side of the asymmetric APC/C, implying that this is where substrates are ubiquitinated. We have further identified a large flexible domain in APC/C that adopts a different orientation upon Cdh1 binding. Cdh1 may thus activate APC/C both by recruiting substrates and by inducing conformational changes.
履歴
登録2005年7月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2005年7月28日-
マップ公開2006年7月28日-
更新2011年8月5日-
現状2011年8月5日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.106
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.106
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1142.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1142.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈This is a 3D map of the Xenopus APC/C in complex with an activator Cdh1
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3.32 Å/pix.
x 160 pix.
= 530.88 Å		3.32 Å/pix.
x 160 pix.
= 530.88 Å		3.32 Å/pix.
x 160 pix.
= 530.88 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.318 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル1: 0.106 / ムービー #1: 0.106
最小 - 最大-0.259126 - 0.667913
平均 (標準偏差)-0.00000898423 (±0.042526)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-80-80-80
サイズ160160160
Spacing160160160
セルA=B=C: 530.88 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.3183.3183.318
M x/y/z160160160
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z530.880530.880530.880
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-90-90-190
NX/NY/NZ180180380
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-80-80-80
NC/NR/NS160160160
D min/max/mean-0.2590.668-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Anaphase Promoting Complex

全体名称: Anaphase Promoting Complex
要素
  • 試料: Anaphase Promoting Complex
  • タンパク質・ペプチド: Anaphase Promoting Complex
  • タンパク質・ペプチド: Cdh1

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超分子 #1000: Anaphase Promoting Complex

超分子名称: Anaphase Promoting Complex / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: Monomer / Number unique components: 2
分子量実験値: 1.5 MDa

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分子 #1: Anaphase Promoting Complex

分子名称: Anaphase Promoting Complex / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル) / 別称: Xenopus

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分子 #2: Cdh1

分子名称: Cdh1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 集合状態: Monomer / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル) / 別称: Xenopus

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.6 / 詳細: 20 mM Hepes, 150 mM NaCl, 0.5 mM DTT
染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: carbon sandwich with 2% x/v uranyl formate
凍結凍結剤: NITROGEN

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI/PHILIPS CM200FEG
撮影平均電子線量: 15 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 90500 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 倍率（公称値）: 90500
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

CTF補正詳細: Each particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 24.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Imagic-5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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