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- EMDB-11416: Tomogram of GFP-a-synuclein inclusion in primary mouse neuron exp... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11416
タイトルTomogram of GFP-a-synuclein inclusion in primary mouse neuron expressing GFP-a-synuclein, seeded with MSA aggregates
マップデータTomogram of GFP-a-synuclein inclusion in primary mouse neurons seeded with MSA aggregates
試料
  • 細胞: Tomogram of GFP-a-synuclein inclusion in primary mouse neuron expressing GFP-a-synuclein, seeded with MSA aggregates
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Trinkaus VA / Hartl FU / Fernandez-Busnadiego R
資金援助 ドイツ, 2件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)FP7 GA ERC-2012-SyG_318987-ToPAG ドイツ
German Research Foundation (DFG)EXC 2067/1- 390729940 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: In situ architecture of neuronal α-Synuclein inclusions.
著者: Victoria A Trinkaus / Irene Riera-Tur / Antonio Martínez-Sánchez / Felix J B Bäuerlein / Qiang Guo / Thomas Arzberger / Wolfgang Baumeister / Irina Dudanova / Mark S Hipp / F Ulrich Hartl ...著者: Victoria A Trinkaus / Irene Riera-Tur / Antonio Martínez-Sánchez / Felix J B Bäuerlein / Qiang Guo / Thomas Arzberger / Wolfgang Baumeister / Irina Dudanova / Mark S Hipp / F Ulrich Hartl / Rubén Fernández-Busnadiego /
要旨: The molecular architecture of α-Synuclein (α-Syn) inclusions, pathognomonic of various neurodegenerative disorders, remains unclear. α-Syn inclusions were long thought to consist mainly of α-Syn ...The molecular architecture of α-Synuclein (α-Syn) inclusions, pathognomonic of various neurodegenerative disorders, remains unclear. α-Syn inclusions were long thought to consist mainly of α-Syn fibrils, but recent reports pointed to intracellular membranes as the major inclusion component. Here, we use cryo-electron tomography (cryo-ET) to image neuronal α-Syn inclusions in situ at molecular resolution. We show that inclusions seeded by α-Syn aggregates produced recombinantly or purified from patient brain consist of α-Syn fibrils crisscrossing a variety of cellular organelles. Using gold-labeled seeds, we find that aggregate seeding is predominantly mediated by small α-Syn fibrils, from which cytoplasmic fibrils grow unidirectionally. Detailed analysis of membrane interactions revealed that α-Syn fibrils do not contact membranes directly, and that α-Syn does not drive membrane clustering. Altogether, we conclusively demonstrate that neuronal α-Syn inclusions consist of α-Syn fibrils intermixed with membranous organelles, and illuminate the mechanism of aggregate seeding and cellular interaction.
履歴
登録2020年7月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年1月20日-
マップ公開2021年1月20日-
更新2021年8月4日-
現状2021年8月4日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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添付画像

emd_11416.png

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11416.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 778.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Tomogram of GFP-a-synuclein inclusion in primary mouse neurons seeded with MSA aggregates
ボクセルのサイズX=Y=Z: 14.08 Å
密度
最小 - 最大-6049.4873 - 3091.287
平均 (標準偏差)58.820164 (±170.25024)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin00-119
サイズ928928237
Spacing928928237
セルA: 13066.24 Å / B: 13066.24 Å / C: 3336.96 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z14.0814.0814.08
M x/y/z928928237
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z13066.24013066.2403336.960
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS00-119
NC/NR/NS928928237
D min/max/mean-6049.4873091.28758.820

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Tomogram of GFP-a-synuclein inclusion in primary mouse neuron exp...

全体名称: Tomogram of GFP-a-synuclein inclusion in primary mouse neuron expressing GFP-a-synuclein, seeded with MSA aggregates
要素
  • 細胞: Tomogram of GFP-a-synuclein inclusion in primary mouse neuron expressing GFP-a-synuclein, seeded with MSA aggregates

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超分子 #1: Tomogram of GFP-a-synuclein inclusion in primary mouse neuron exp...

超分子名称: Tomogram of GFP-a-synuclein inclusion in primary mouse neuron expressing GFP-a-synuclein, seeded with MSA aggregates
タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R2/4 / 材質: GOLD / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 80 % / チャンバー内温度: 310 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
Cryo protectant10 % Glycerol
切片作成集束イオンビーム - 装置: OTHER / 集束イオンビーム - イオン: OTHER / 集束イオンビーム - 電圧: 30 kV / 集束イオンビーム - 電流: 0.1 nA / 集束イオンビーム - 時間: 2400 sec. / 集束イオンビーム - 温度: 77 K / 集束イオンビーム - Initial thickness: 1000 nm / 集束イオンビーム - 最終 厚さ: 150 nm
集束イオンビーム - 詳細: The value given for _emd_sectioning_focused_ion_beam.instrument is FEI Quanta FIB. This is not in a list of allowed values {'DB235', 'OTHER'} so OTHER is written into the XML file.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度最低: 70.0 K / 最高: 75.0 K
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 14-20 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 50 / 平均露光時間: 4.0 sec. / 平均電子線量: 2.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 7.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 6.0 µm / 倍率（公称値）: 42000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成ソフトウェア - 名称: IMOD (ver. 4.9.0) / 使用した粒子像数: 50

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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