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- EMDB-1134: Polymorphism and double hexamer structure in the archaeal minichr... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1134
タイトルPolymorphism and double hexamer structure in the archaeal minichromosome maintenance (MCM) helicase from Methanobacterium thermoautotrophicum.
マップデータtest map
試料
  • 試料: Archaeal helicase MCM from Methanobacterium thermoautotrophicum
  • タンパク質・ペプチド: minichromosome maintenance protein
機能・相同性MCM domain / DNA replication initiation
機能・相同性情報
生物種Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 25.0 Å
データ登録者Gomez-Llorente Y / Fletcher RJ / Chen XS / Carazo JM / San Martin C
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2005
タイトル: Polymorphism and double hexamer structure in the archaeal minichromosome maintenance (MCM) helicase from Methanobacterium thermoautotrophicum.
著者: Yacob Gómez-Llorente / Ryan J Fletcher / Xiaojiang S Chen / José M Carazo / Carmen San Martín /
要旨: Methanobacterium thermoautotrophicum minichromosome maintenance complex (mtMCM), a cellular replicative helicase, is a useful model for the more complex eukaryotic MCMs. Biochemical and ...Methanobacterium thermoautotrophicum minichromosome maintenance complex (mtMCM), a cellular replicative helicase, is a useful model for the more complex eukaryotic MCMs. Biochemical and crystallographic evidence indicates that mtMCM assembles as a double hexamer (dHex), but previous electron microscopy studies reported only the presence of single heptamers or single hexamers (Pape, T., Meka, H., Chen, S., Vicentini, G., Van Heel, M., and Onesti, S. (2003) EMBO Rep. 4, 1079-1083; Yu, X., VanLoock, M. S., Poplawski, A., Kelman, Z., Xiang, T., Tye, B. K., and Egelman, E. H. (2002) EMBO Rep. 3, 792-797). Here we present the first three-dimensional electron microscopy reconstruction of the full-length mtMCM dHex in which two hexamers contact each other via the structurally well defined N-terminal domains. The dHex has obvious side openings that resemble the side channels of LTag (large T antigen). 6-fold and 7-fold rings were observed in the same mtMCM preparation, but we determined that assembly as a double ring favors 6-fold structures. Additionally, open rings were also detected, which suggests a direct mtMCM loading mechanism onto DNA.
履歴
登録2005年3月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2005年7月1日-
マップ公開2006年7月1日-
更新2011年5月26日-
現状2011年5月26日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.008
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.008
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1134.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1134.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈test map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3.5 Å/pix.
x 96 pix.
= 336. Å		3.5 Å/pix.
x 96 pix.
= 336. Å		3.5 Å/pix.
x 96 pix.
= 336. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.5 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル1: 0.00163 / ムービー #1: 0.008
最小 - 最大-0.092504 - 0.0759447
平均 (標準偏差)-0.000648781 (±0.00679169)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-48-48-48
サイズ969696
Spacing969696
セルA=B=C: 336 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.53.53.5
M x/y/z969696
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z336.000336.000336.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-90-90-190
NX/NY/NZ180180380
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-48-48-48
NC/NR/NS969696
D min/max/mean-0.0930.076-0.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Archaeal helicase MCM from Methanobacterium thermoautotrophicum

全体名称: Archaeal helicase MCM from Methanobacterium thermoautotrophicum
要素
  • 試料: Archaeal helicase MCM from Methanobacterium thermoautotrophicum
  • タンパク質・ペプチド: minichromosome maintenance protein

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超分子 #1000: Archaeal helicase MCM from Methanobacterium thermoautotrophicum

超分子名称: Archaeal helicase MCM from Methanobacterium thermoautotrophicum
タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: homododecamer / Number unique components: 1
分子量実験値: 900 KDa / 理論値: 900 KDa / 手法: gel filtration

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分子 #1: minichromosome maintenance protein

分子名称: minichromosome maintenance protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: MCM / コピー数: 12 / 集合状態: dodecamer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌)
株: Delta H / 別称: Methanobacterium thermoautotrophicum
分子量実験値: 75.6 MDa / 理論値: 75.6 MDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列GO: DNA replication initiation / InterPro: MCM domain

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 詳細: 50 mM Tris.HCl pH 8.0, 1 mM DTT, 50 mM to 1M NaCl
染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: 2% uranyl acetate
グリッド詳細: glow discharged, collodion/carbon coated copper grids
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 1200EXII
アライメント法Legacy - 非点収差: visually corrected at 100,000x
詳細he make and model of the microscope. Jeol 1200 EX-II. Standard Jeol 1200 holder
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 7 µm / 平均電子線量: 10 e/Å2 / ビット/ピクセル: 8
電子線加速電圧: 80 kV / 電子線源: TUNGSTEN HAIRPIN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 5.6 mm / 倍率（公称値）: 60000
試料ステージ試料ホルダー: side entry / 試料ホルダーモデル: OTHER

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C6 (6回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 25.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: SPIDER, XMIPP / 詳細: reconstructed with ART / 使用した粒子像数: 1200
最終 角度割当詳細: theta between 75 and 90, phi between 0 and 360

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原子モデル構築 1

ソフトウェア名称: Amira

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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