[日本語] English
万見
- EMDB-11305: Cryo-STET tomography of T. brucei FAZ filament -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11305
タイトルCryo-STET tomography of T. brucei FAZ filament
マップデータCryo-STET reconstruction of a T. brucei bloodstream cell.
試料
  • 細胞: FAZ filament T. brucei
生物種Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Trepout S
資金援助 フランス, 2件
OrganizationGrant number国
French National Research AgencyANR-11-BSV8-016 フランス
French National Research AgencyANR-15-CE11-0002 フランス
引用ジャーナル: J Struct Biol X / 年: 2020
タイトル: structural analysis of the flagellum attachment zone in using cryo-scanning transmission electron tomography.
著者: Sylvain Trépout /
要旨: The flagellum of is a 20 µm-long organelle responsible for locomotion and cell morphogenesis. The flagellum attachment zone (FAZ) is a multi-protein complex whose function is to attach the ...The flagellum of is a 20 µm-long organelle responsible for locomotion and cell morphogenesis. The flagellum attachment zone (FAZ) is a multi-protein complex whose function is to attach the flagellum to the cell body but also to guide cytokinesis. Cryo-transmission electron microscopy is a tool of choice to access the structure of the FAZ in a close-to-native state. However, because of the large dimension of the cell body, the whole FAZ cannot be structurally studied at the nanometre scale in 3D using classical transmission electron microscopy approaches. In the present work, cryo-scanning transmission electron tomography, a new method capable of investigating cryo-fixed thick biological samples, has been used to study whole cells at the bloodstream stage. The method has been used to visualise and characterise the structure and organisation of the FAZ filament. It is composed of an array of cytoplasmic stick-like structures. These sticks are heterogeneously distributed between the posterior part and the anterior tip of the cell. This cryo-STET investigation provides new insights into the structure of the FAZ filament. In combination with protein structure predictions, this work proposes a new model for the elongation of the FAZ.
履歴
登録2020年7月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年12月2日-
マップ公開2020年12月2日-
更新2021年6月16日-
現状2021年6月16日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • ソリッド表示（ボリュームレンダリング）
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • ソリッド表示（ボリュームレンダリング）
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
添付画像

emd_11305.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11305.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.3 GB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED INTEGER (2 BYTES)
注釈Cryo-STET reconstruction of a T. brucei bloodstream cell.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
40 Å/pix.
x 601 pix.
= 24040. Å		40 Å/pix.
x 750 pix.
= 30000. Å		40 Å/pix.
x 1500 pix.
= 60000. Å

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 40 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
最小 - 最大-32768.0 - 32767.0
平均 (標準偏差)28962.482 (±2081.1199)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ7501500601
Spacing1500750601
セルA: 60000.0 Å / B: 30000.0 Å / C: 24040.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Integer*27
Å/pix. X/Y/Z404040
M x/y/z1500750601
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z60000.00030000.00024040.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS1500750601
D min/max/mean-32768.00032767.00028962.482

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : FAZ filament T. brucei

全体名称: FAZ filament T. brucei
要素
  • 細胞: FAZ filament T. brucei

-
超分子 #1: FAZ filament T. brucei

超分子名称: FAZ filament T. brucei / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

-
試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE
切片作成その他: NO SECTIONING
位置合わせマーカーManufacturer: Aurion / 直径: 15 nm

-
電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2200FS
撮影フィルム・検出器のモデル: OTHER / 平均電子線量: 80.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN 914 HIGH TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER TOMOGRAPHY HOLDER

-
画像解析

最終 再構成アルゴリズム: BACK PROJECTION / 使用した粒子像数: 70

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る