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- EMDB-11226: Negative staining 3D reconstruction of p2 virion baseplate in act... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11226
タイトルNegative staining 3D reconstruction of p2 virion baseplate in activated conformation
マップデータnegative staining 3D reconstruction of p2 virion baseplate bound to VHH5
試料
  • ウイルス: Lactococcus virus P2 (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Distal tail protein
    • タンパク質・ペプチド: Baseplate protein gp16
    • タンパク質・ペプチド: Receptor binding protein
キーワードlactococcal siphophage p2 / baseplate / receptor-binding protein / Distal Tail protein / Tail-associated lysin / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont genome ejection through host cell envelope, long flexible tail mechanism / virus tail, baseplate / virus tail / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / cell adhesion / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell
類似検索 - 分子機能
Phage tail base-plate attachment protein ORF16 / Baseplate protein Gp15-like / Baseplate protein Gp16, domain D4 / Baseplate protein Gp16, domain 1 and 2 / : / : / : / : / Distal tail protein, N-terminal domain / Phage tail base-plate attachment protein N-terminal barrel domain ...Phage tail base-plate attachment protein ORF16 / Baseplate protein Gp15-like / Baseplate protein Gp16, domain D4 / Baseplate protein Gp16, domain 1 and 2 / : / : / : / : / Distal tail protein, N-terminal domain / Phage tail base-plate attachment protein N-terminal barrel domain / Phage tail base-plate attachment protein C-terminal insertion domain / Phage tail base-plate attachment protein N0 domain / Phage tail base-plate attachment protein C-terminal barrel domain / Dit, C-terminal domain / : / Lactococcus phage p2, Receptor binding protein, neck domain / : / Lactophage receptor-binding protein N-terminal shoulder domain / Receptor-binding protein of phage tail base-plate Siphoviridae, head / Lactophage receptor-binding protein C-terminal head domain / Adenovirus pIV-like, attachment domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Baseplate protein gp16 / Distal tail protein / Receptor binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Lactococcus phage p2 (ウイルス) / Lactococcus virus P2 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 28.7 Å
データ登録者Spinelli S / Cambillau C
引用ジャーナル: Viruses / 年: 2020
タイトル: Structural Insights into Lactococcal Siphophage p2 Baseplate Activation Mechanism.
著者: Silvia Spinelli / Denise Tremblay / Sylvain Moineau / Christian Cambillau / Adeline Goulet /
要旨: Virulent phages infecting , an industry-relevant bacterium, pose a significant risk to the quality of the fermented milk products. Phages of the Skunavirus genus are by far the most isolated ...Virulent phages infecting , an industry-relevant bacterium, pose a significant risk to the quality of the fermented milk products. Phages of the Skunavirus genus are by far the most isolated lactococcal phages in the cheese environments and phage p2 is the model siphophage for this viral genus. The baseplate of phage p2, which is used to recognize its host, was previously shown to display two conformations by X-ray crystallography, a rested state and an activated state ready to bind to the host. The baseplate became only activated and opened in the presence of Ca. However, such an activated state was not previously observed in the virion. Here, using nanobodies binding to the baseplate, we report on the negative staining electron microscopy structure of the activated form of the baseplate directly observed in the p2 virion, that is compatible with the activated baseplate crystal structure. Analyses of this new structure also established the presence of a second distal tail (Dit) hexamer as a component of the baseplate, the topology of which differs largely from the first one. We also observed an uncoupling between the baseplate activation and the tail tip protein (Tal) opening, suggesting an infection mechanism more complex than previously expected.
履歴
登録2020年6月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年8月26日-
マップ公開2020年8月26日-
更新2024年5月1日-
現状2024年5月1日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 2.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 2.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6zih
  • 表面レベル: 2.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6zih
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_11226.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11226.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈negative staining 3D reconstruction of p2 virion baseplate bound to VHH5
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3.46 Å/pix.
x 256 pix.
= 885.76 Å		3.46 Å/pix.
x 256 pix.
= 885.76 Å		3.46 Å/pix.
x 256 pix.
= 885.76 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.46 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 2.5 / ムービー #1: 2.5
最小 - 最大-13.012129 - 18.571332999999999
平均 (標準偏差)-0.000000001145976 (±0.99999994)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 885.76 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.463.463.46
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z885.760885.760885.760
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-13.01218.571-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Lactococcus virus P2

全体名称: Lactococcus virus P2 (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Lactococcus virus P2 (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Distal tail protein
    • タンパク質・ペプチド: Baseplate protein gp16
    • タンパク質・ペプチド: Receptor binding protein

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超分子 #1: Lactococcus virus P2

超分子名称: Lactococcus virus P2 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 254252 / 生物種: Lactococcus virus P2 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Lactococcus lactis (乳酸菌)

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分子 #1: Distal tail protein

分子名称: Distal tail protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lactococcus phage p2 (ウイルス)
分子量理論値: 34.511992 KDa
配列文字列: MVRQYKIHTN LDGTDDKVWD VTNGKVRFYQ PSNLGLQSTN NIWQSNGIGV MGTRSITQPQ IEFKLETFGE SLEENYQLMK DFVNDILSK KFVTLEYQTE IFQVYADLAL ADVTKTEGYG KNGTFSEKIT FDIITKWYTY ENLTFDKIQN GKVIAGMSKI Y GGTAPGNY ...文字列:
MVRQYKIHTN LDGTDDKVWD VTNGKVRFYQ PSNLGLQSTN NIWQSNGIGV MGTRSITQPQ IEFKLETFGE SLEENYQLMK DFVNDILSK KFVTLEYQTE IFQVYADLAL ADVTKTEGYG KNGTFSEKIT FDIITKWYTY ENLTFDKIQN GKVIAGMSKI Y GGTAPGNY KYIKGTSYTY YGESDIDRLS RWDIKEEIFS FMGILYPKLP KTPAGVRFLD DIGNEYTAIV FKTEQVQDYI LI NTDVNDE TYQGWKGTTA LNLFPVMDFE RYRTRIIEKG QMELINLSKA EFKIKRKADF V

UniProtKB: Distal tail protein

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分子 #2: Baseplate protein gp16

分子名称: Baseplate protein gp16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lactococcus phage p2 (ウイルス)
分子量理論値: 42.883266 KDa
配列文字列: MLEANVYDNF NPNYYNISDF SMPNGKKEKR GLPIPKARCQ VINYELWETG YLYTSSATLT VSVEVGDIVQ ILFPEVVPIE EALGKKKKL NLDMVYLVTD VDESNKATLK NYFWAMIESL DVPNAITKTT NFAIIDYLID PNKNNLMSYG YFFNSSIFAG K ATINRKAE ...文字列:
MLEANVYDNF NPNYYNISDF SMPNGKKEKR GLPIPKARCQ VINYELWETG YLYTSSATLT VSVEVGDIVQ ILFPEVVPIE EALGKKKKL NLDMVYLVTD VDESNKATLK NYFWAMIESL DVPNAITKTT NFAIIDYLID PNKNNLMSYG YFFNSSIFAG K ATINRKAE TSSAHDVAKR IFSKVQFQPT TTIQHAPSET DPRNLLFINF ASRNWNRKRI TTRVDIKQSV TMDTETIVER SA YNFAVVF VKNKATDDYT DPPKMYIAKN NGDVIDYSTY HGDGTDLPDV RTAKTLFYDR DDHGNPPELS TIKVEISPST IVT RLIFNQ NELLPLYVND LVDIWYEGKL YSGYIADRVK TEFNDRLIFV ESGDKPNVI

UniProtKB: Baseplate protein gp16

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分子 #3: Receptor binding protein

分子名称: Receptor binding protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 18 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lactococcus phage p2 (ウイルス)
分子量理論値: 28.668057 KDa
配列文字列: MTIKNFTFFS PNSTEFPVGS NNDGKLYMML TGMDYRTIRR KDWSSPLNTA LNVQYTNTSI IAGGRYFELL NETVALKGDS VNYIHANID LTQTANPVSL SAETANNSNG VDINNGSGVL KVCFDIVTTS GTGVTSTKPI VQTSTLDSIS VNDMTVSGSI D VPVQTLTV ...文字列:
MTIKNFTFFS PNSTEFPVGS NNDGKLYMML TGMDYRTIRR KDWSSPLNTA LNVQYTNTSI IAGGRYFELL NETVALKGDS VNYIHANID LTQTANPVSL SAETANNSNG VDINNGSGVL KVCFDIVTTS GTGVTSTKPI VQTSTLDSIS VNDMTVSGSI D VPVQTLTV EAGNGLQLQL TKKNNDLVIV RFFGSVSNIQ KGWNMSGTWV DRPFRPAAVQ SLVGHFAGRD TSFHIDINPN GS ITWWGAN IDKTPIATRG NGSYFIK

UniProtKB: Receptor binding protein

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: uranyl acetate

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI SPIRIT
撮影フィルム・検出器のモデル: OTHER / 平均電子線量: 25.0 e/Å2
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Tecnai Spirit / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 293
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成想定した対称性 - 点群: D6 (2回x6回 2面回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 28.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 261
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

2x53


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-6zih:
Topological model of p2 virion baseplate in activated conformation

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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