[日本語] English
万見
- EMDB-11147: Heterozygous Opa1 knockout mouse photoreceptor inner segment mito... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11147
タイトルHeterozygous Opa1 knockout mouse photoreceptor inner segment mitochondria
マップデータHeterozygous Opa1 knockout mouse photoreceptor inner segment mitochondria
試料
  • 細胞: Mouse retina
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子線トモグラフィー法 / ネガティブ染色法
データ登録者Meschede IP / Ovenden NC / Seabra MC / Futter CE / Votruba M / Cheetham ME / Burgoyne T
資金援助 英国, 4件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust093445 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)G0700949 英国
Wellcome Trust205041 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)G108523 英国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2020
タイトル: Symmetric arrangement of mitochondria:plasma membrane contacts between adjacent photoreceptor cells regulated by Opa1.
著者: Ingrid P Meschede / Nicholas C Ovenden / Miguel C Seabra / Clare E Futter / Marcela Votruba / Michael E Cheetham / Thomas Burgoyne /
要旨: Mitochondria are known to play an essential role in photoreceptor function and survival that enables normal vision. Within photoreceptors, mitochondria are elongated and extend most of the inner- ...Mitochondria are known to play an essential role in photoreceptor function and survival that enables normal vision. Within photoreceptors, mitochondria are elongated and extend most of the inner-segment length, where they supply energy for protein synthesis and the phototransduction machinery in the outer segment, as well as acting as a calcium store. Here, we examined the arrangement of the mitochondria within the inner segment in detail using three-dimensional (3D) electron microscopy techniques and show they are tethered to the plasma membrane in a highly specialized arrangement. Remarkably, mitochondria and their cristae openings align with those of neighboring inner segments. The pathway by which photoreceptors meet their high energy demands is not fully understood. We propose this to be a mechanism to share metabolites and assist in maintaining homeostasis across the photoreceptor cell layer. In the extracellular space between photoreceptors, Müller glial processes were identified. Due to the often close proximity to the inner-segment mitochondria, they may, too, play a role in the inner-segment mitochondrial arrangement as well as metabolite shuttling. OPA1 is an important factor in mitochondrial homeostasis, including cristae remodeling; therefore, we examined the photoreceptors of a heterozygous knockout mouse model. The cristae structure in the photoreceptors was not greatly affected, but the mitochondria were enlarged and had reduced alignment to neighboring inner-segment mitochondria. This indicates the importance of key regulators in maintaining this specialized photoreceptor mitochondrial arrangement.
履歴
登録2020年6月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年7月1日-
マップ公開2020年7月1日-
更新2020年7月22日-
現状2020年7月22日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • ソリッド表示（ボリュームレンダリング）
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • ソリッド表示（ボリュームレンダリング）
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
添付画像

emd_11147.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11147.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 755.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED BYTE
注釈Heterozygous Opa1 knockout mouse photoreceptor inner segment mitochondria
ボクセルのサイズX=Y=Z: 5.867 Å
密度
最小 - 最大-128 - 127
平均 (標準偏差)48.076553 (±22.238018)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin00-60
サイズ26722672111
Spacing26722672111
セルA: 15676.624 Å / B: 15676.624 Å / C: 651.237 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeenvelope stored as signed bytes (from -128 lowest to 127 highest)
Å/pix. X/Y/Z5.8675.8675.867
M x/y/z26722672111
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z15676.62415676.624651.237
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ250250250
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS00-60
NC/NR/NS26722672111
D min/max/mean-128.000127.00048.077

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : Mouse retina

全体名称: Mouse retina
要素
  • 細胞: Mouse retina

-
超分子 #1: Mouse retina

超分子名称: Mouse retina / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 / 詳細: Mouse photoreceptors
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

-
実験情報

-
構造解析

手法ネガティブ染色法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態tissue

-
試料調製

緩衝液pH: 7.4
染色タイプ: POSITIVE / 材質: Lead Citrate and Uranyl Acetate
糖包埋材質: Epon
切片作成ウルトラミクロトーム - 装置: Leica EM UC6 / ウルトラミクロトーム - 温度: 300 K / ウルトラミクロトーム - 最終 厚さ: 150 nm
位置合わせマーカーManufacturer: BBI Solutions / 直径: 10 nm

-
電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 1400
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN ORIUS SC1000 (4k x 2.7k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: TUNGSTEN HAIRPIN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD

-
画像解析

最終 再構成使用した粒子像数: 120

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る