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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-11138 | ||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Cryo-electron tomogram of FIB milled E.coli - Uromodulin aggregates | ||||||||||||||||||||||||
マップデータ | Cryo-electron tomogram of FIB milled E.coli - Uromodulin aggregates | ||||||||||||||||||||||||
試料 |
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生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||||||||||||||
手法 | 電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法 | ||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Weiss GL / Stanisich JJ / Sauer MM / Lin C-W / Eras J / Zyla DS / Trueck J / Devuyst O / Aebi M / Pilhofer M / Glockshuber R | ||||||||||||||||||||||||
資金援助 | スイス, 7件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2020 タイトル: Architecture and function of human uromodulin filaments in urinary tract infections. 著者: Gregor L Weiss / Jessica J Stanisich / Maximilian M Sauer / Chia-Wei Lin / Jonathan Eras / Dawid S Zyla / Johannes Trück / Olivier Devuyst / Markus Aebi / Martin Pilhofer / Rudi Glockshuber / 要旨: Uromodulin is the most abundant protein in human urine, and it forms filaments that antagonize the adhesion of uropathogens; however, the filament structure and mechanism of protection remain poorly ...Uromodulin is the most abundant protein in human urine, and it forms filaments that antagonize the adhesion of uropathogens; however, the filament structure and mechanism of protection remain poorly understood. We used cryo-electron tomography to show that the uromodulin filament consists of a zigzag-shaped backbone with laterally protruding arms. N-glycosylation mapping and biophysical assays revealed that uromodulin acts as a multivalent ligand for the bacterial type 1 pilus adhesin, presenting specific epitopes on the regularly spaced arms. Imaging of uromodulin-uropathogen interactions in vitro and in patient urine showed that uromodulin filaments associate with uropathogens and mediate bacterial aggregation, which likely prevents adhesion and allows clearance by micturition. These results provide a framework for understanding uromodulin in urinary tract infections and in its more enigmatic roles in physiology and disease. | ||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
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添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_11138.map.gz | 227.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-11138-v30.xml emd-11138.xml | 10.1 KB 10.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_11138.png | 138.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-11138 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-11138 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_11138_validation.pdf.gz | 211.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_11138_full_validation.pdf.gz | 210.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_11138_validation.xml.gz | 4.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-11138 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-11138 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | C: 同じ文献を引用 (文献) |
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-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_11138.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 280.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED BYTE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryo-electron tomogram of FIB milled E.coli - Uromodulin aggregates | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 17.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Cryo-electron tomogram of FIB milled E.coli - Uromodulin aggregates
全体 | 名称: Cryo-electron tomogram of FIB milled E.coli - Uromodulin aggregates |
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要素 |
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-超分子 #1: Cryo-electron tomogram of FIB milled E.coli - Uromodulin aggregates
超分子 | 名称: Cryo-electron tomogram of FIB milled E.coli - Uromodulin aggregates タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 電子線トモグラフィー法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8.2 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
切片作成 | 集束イオンビーム - 装置: OTHER / 集束イオンビーム - イオン: OTHER / 集束イオンビーム - 電圧: 30 kV / 集束イオンビーム - 電流: 17 nA / 集束イオンビーム - 時間: 1800 sec. / 集束イオンビーム - 温度: 123 K / 集束イオンビーム - Initial thickness: 3000 nm / 集束イオンビーム - 最終 厚さ: 250 nm 集束イオンビーム - 詳細: The value given for _emd_sectioning_focused_ion_beam.instrument is FEI Helios. This is not in a list of allowed values set(['DB235', 'OTHER']) so OTHER is written into the XML file. |
位置合わせマーカー | Manufacturer: Cytodiagnostics / 直径: 10 nm |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 平均電子線量: 140.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 使用した粒子像数: 61 |
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