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- EMDB-11109: Locally reconstructed HAdV-F41 penton base -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11109
タイトルLocally reconstructed HAdV-F41 penton base
マップデータFull Map
試料
  • ウイルス: Human adenovirus 41 (ヒトアデノウイルス)
生物種Human adenovirus 41 (ヒトアデノウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.99 Å
データ登録者Carlson L-A / Rafie K
資金援助 スウェーデン, 4件
OrganizationGrant number国
Human Frontier Science Program (HFSP)CDA00047/2017-C スウェーデン
Swedish Research CouncilDnr 2017-00859 スウェーデン
Swedish Research CouncilDnr 2019-01472 スウェーデン
Knut and Alice Wallenberg Foundation スウェーデン
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2021
タイトル: The structure of enteric human adenovirus 41-A leading cause of diarrhea in children.
著者: K Rafie / A Lenman / J Fuchs / A Rajan / N Arnberg / L-A Carlson /
要旨: Human adenovirus (HAdV) types F40 and F41 are a prominent cause of diarrhea and diarrhea-associated mortality in young children worldwide. These enteric HAdVs differ notably in tissue tropism and ...Human adenovirus (HAdV) types F40 and F41 are a prominent cause of diarrhea and diarrhea-associated mortality in young children worldwide. These enteric HAdVs differ notably in tissue tropism and pathogenicity from respiratory and ocular adenoviruses, but the structural basis for this divergence has been unknown. Here, we present the first structure of an enteric HAdV-HAdV-F41-determined by cryo-electron microscopy to a resolution of 3.8 Å. The structure reveals extensive alterations to the virion exterior as compared to nonenteric HAdVs, including a unique arrangement of capsid protein IX. The structure also provides new insights into conserved aspects of HAdV architecture such as a proposed location of core protein V, which links the viral DNA to the capsid, and assembly-induced conformational changes in the penton base protein. Our findings provide the structural basis for adaptation of enteric HAdVs to a fundamentally different tissue tropism.
履歴
登録2020年5月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年11月25日-
マップ公開2020年11月25日-
更新2021年2月10日-
現状2021年2月10日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.01
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.01
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_11109.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11109.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 59.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Full Map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.04 Å/pix.
x 250 pix.
= 260.25 Å		1.04 Å/pix.
x 250 pix.
= 260.25 Å		1.04 Å/pix.
x 250 pix.
= 260.25 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.041 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.01 / ムービー #1: 0.01
最小 - 最大-0.03137083 - 0.040441956
平均 (標準偏差)-0.0003332862 (±0.0035349373)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ250250250
Spacing250250250
セルA=B=C: 260.25 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0411.0411.041
M x/y/z250250250
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z260.250260.250260.250
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS250250250
D min/max/mean-0.0310.040-0.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_11109_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half Map 1

ファイルemd_11109_half_map_1.map
注釈Half Map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half Map 2

ファイルemd_11109_half_map_2.map
注釈Half Map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Human adenovirus 41

全体名称: Human adenovirus 41 (ヒトアデノウイルス)
要素
  • ウイルス: Human adenovirus 41 (ヒトアデノウイルス)

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超分子 #1: Human adenovirus 41

超分子名称: Human adenovirus 41 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#11 / NCBI-ID: 10524 / 生物種: Human adenovirus 41 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SEROTYPE / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト)
ウイルス殻Shell ID: 1 / 直径: 900.0 Å

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度4.2 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
詳細: PBS buffer made from comemrcial PBS tablets Medicargo, PBS tablets, 09-9400-100
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 80 % / チャンバー内温度: 295.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 2-20 / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 6929 / 平均電子線量: 1.03 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1168320
CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf (ver. 1.18)
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

7034

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.99 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0-beta) / ソフトウェア - 詳細: Run through Scipion / 使用した粒子像数: 412038
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0-beta) / ソフトウェア - 詳細: Run through Scipion
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0-beta) / ソフトウェア - 詳細: Run through Scipion
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0-beta) / ソフトウェア - 詳細: Run through Scipion

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6z7n


Chain - Chain ID: M
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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