[日本語] English
万見
- EMDB-11074: Cryo-electron tomogram after FIB-milling of Gemmata obscuriglobus... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11074
タイトルCryo-electron tomogram after FIB-milling of Gemmata obscuriglobus (#1), a species of the Planctomycetes phylum.
マップデータCryo-electron tomogram after FIB-milling of Gemmata obscuriglobus, a species of the Planctomycetes phylum
試料
  • 細胞: Gemmata obscuriglobus, whole cell cryo-electron tomogram after FIB-milling.
生物種Gemmata obscurig (バクテリア)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Seeger C / Andersson SGE
資金援助 スウェーデン, 3件
OrganizationGrant number国
Swedish Research Council349-2007-8732 スウェーデン
Knut and Alice Wallenberg Foundation2011.0148 スウェーデン
Swedish Research Council621-2014-4460 スウェーデン
引用ジャーナル: Genome Biol Evol / 年: 2020
タイトル: Evolutionary Remodeling of the Cell Envelope in Bacteria of the Planctomycetes Phylum.
著者: Mayank Mahajan / Christian Seeger / Benjamin Yee / Siv G E Andersson /
要旨: Bacteria of the Planctomycetes phylum have many unique cellular features, such as extensive membrane invaginations and the ability to import macromolecules. These features raise intriguing questions ...Bacteria of the Planctomycetes phylum have many unique cellular features, such as extensive membrane invaginations and the ability to import macromolecules. These features raise intriguing questions about the composition of their cell envelopes. In this study, we have used microscopy, phylogenomics, and proteomics to examine the composition and evolution of cell envelope proteins in Tuwongella immobilis and other members of the Planctomycetes. Cryo-electron tomography data indicated a distance of 45 nm between the inner and outer membranes in T. immobilis. Consistent with the wide periplasmic space, our bioinformatics studies showed that the periplasmic segments of outer-membrane proteins in type II secretion systems are extended in bacteria of the order Planctomycetales. Homologs of two highly abundant cysteine-rich cell wall proteins in T. immobilis were identified in all members of the Planctomycetales, whereas genes for peptidoglycan biosynthesis and cell elongation have been lost in many members of this bacterial group. The cell wall proteins contain multiple copies of the YTV motif, which is the only domain that is conserved and unique to the Planctomycetales. Earlier diverging taxa in the Planctomycetes phylum contain genes for peptidoglycan biosynthesis but no homologs to the YTV cell wall proteins. The major remodeling of the cell envelope in the ancestor of the Planctomycetales coincided with the emergence of budding and other unique cellular phenotypes. The results have implications for hypotheses about the process whereby complex cellular features evolve in bacteria.
履歴
登録2020年5月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年8月19日-
マップ公開2020年8月19日-
更新2020年10月14日-
現状2020年10月14日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • ソリッド表示（ボリュームレンダリング）
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • ソリッド表示（ボリュームレンダリング）
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
添付画像

emd_11074.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11074.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2.3 GB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED BYTE
注釈Cryo-electron tomogram after FIB-milling of Gemmata obscuriglobus, a species of the Planctomycetes phylum
ボクセルのサイズX=Y=Z: 7.286 Å
密度
最小 - 最大-30 - 23
平均 (標準偏差)-1.9848754 (±3.2937968)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-6565-9
サイズ37083838171
Spacing38383708171
セルA: 27963.668 Å / B: 27016.486 Å / C: 1245.906 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeenvelope stored as signed bytes (from -128 lowest to 127 highest)
Å/pix. X/Y/Z7.2867.28599946062577.286
M x/y/z38383708171
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z27963.66827016.4861245.906
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS65-65-9
NC/NR/NS38383708171
D min/max/mean-30.00023.000-1.985

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : Gemmata obscuriglobus, whole cell cryo-electron tomogram after FI...

全体名称: Gemmata obscuriglobus, whole cell cryo-electron tomogram after FIB-milling.
要素
  • 細胞: Gemmata obscuriglobus, whole cell cryo-electron tomogram after FIB-milling.

-
超分子 #1: Gemmata obscuriglobus, whole cell cryo-electron tomogram after FI...

超分子名称: Gemmata obscuriglobus, whole cell cryo-electron tomogram after FIB-milling.
タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: Whole cell tomogram of Gemmata obscuriglobus revealing the invaginated cytoplasmic membrane, which is characteristic for many members of the phylum Planctomycetes. The ribosome-rich cytoplasm ...詳細: Whole cell tomogram of Gemmata obscuriglobus revealing the invaginated cytoplasmic membrane, which is characteristic for many members of the phylum Planctomycetes. The ribosome-rich cytoplasm is separated by the invaginated cytoplasmic membrane from the enlarged periplasmic space.
由来(天然)生物種: Gemmata obscurig (バクテリア)

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

-
試料調製

緩衝液pH: 7.4 / 構成要素 - 濃度: 10.0 mmol/L / 構成要素 - 名称: Na-phosphate
詳細: 10 mM Na-phosphate buffer, pH 7.4, 0.2 microm filtered. DO NOT use salt or any other components that increase osmolarity!
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 101.325 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: Blot time: 6s, blot force: -5, wait time: 15s, 293K, 100% humidity.
詳細Bacterial cells grown on M1 agar plates at 32degrees celsius and kept at 20degress celsius until vitrification
Cryo protectantNo
切片作成その他: NO SECTIONING

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度最低: 93.0 K
特殊光学系エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
詳細Before tilt series acquisition, cryo focused ion beam (FIB) milling with gallium ion source was performed on a FEI Dual beam Scios (Thermo Fisher Scientific, Netherlands). Autogrids with vitrified cells were mounted onto a dedicated cryo holder and transferred onto a cooled (93K) cryo stage in the dual beam microscope. The lamellae were prepared with two parallel rectangular patterns at both sides (top and bottom) of the cells, at milling angle of 10-15deg, accelerating voltage of 30 kV and ion currents between 30-300 pA. The final thickness of the lamella (milled at the lowest ion current) was about 150-300 nm.
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
実像数: 101 / 平均電子線量: 1.0 e/Å2
詳細: Total dose tilt series: 94.7 electrons/angstrom; number of tilts: 101; dose per tilt: approx. 1.0 electron/angstrom
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 倍率（補正後）: 19500 / 照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / 倍率（公称値）: 19500
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

最終 再構成アルゴリズム: BACK PROJECTION / ソフトウェア - 名称: IMOD (ver. 4.9.10) / 使用した粒子像数: 101

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る