+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1098 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Three-dimensional structure of a bacterial oxalate transporter. | |||||||||
マップデータ | This is an image of the bacterial oxalate transporter(OxlT)in the oxalate-bound, "closed" state. OxlT is a representative member of the Major Facilitator Superfamily (MFS). | |||||||||
試料 |
| |||||||||
生物種 | Oxalobacter formigenes (バクテリア) | |||||||||
手法 | 電子線結晶学 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Hirai T / Heymann JAW / Shi D / Sarker R / Maloney PC / Subramaniam S | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Struct Biol / 年: 2002 タイトル: Three-dimensional structure of a bacterial oxalate transporter. 著者: Teruhisa Hirai / Jürgen A W Heymann / Dan Shi / Rafiquel Sarker / Peter C Maloney / Sriram Subramaniam / 要旨: The major facilitator superfamily (MFS) represents one of the largest classes of evolutionarily related membrane transporter proteins. Here we present the three-dimensional structure at 6.5 A ...The major facilitator superfamily (MFS) represents one of the largest classes of evolutionarily related membrane transporter proteins. Here we present the three-dimensional structure at 6.5 A resolution of a bacterial member of this superfamily, OxlT. The structure, derived from an electron crystallographic analysis of two-dimensional crystals, reveals that the 12 helices in the OxlT molecule are arranged around a central cavity, which is widest at the center of the membrane. The helices divide naturally into three groups: a peripheral set comprising helices 3, 6, 9 and 12; a second set comprising helices 2, 5, 8 and 11 that faces the central substrate transport pathway across most of the length of the membrane; and a third set comprising helices 1, 4, 7 and 10 that participate in the pathway either on the cytoplasmic side (4 and 10) or on the periplasmic side (1 and 7). Overall, the architecture of the protein is remarkably symmetric, providing a compelling molecular explanation for the ability of such transporters to carry out bi-directional substrate transport. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_1098.map.gz | 3.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-1098-v30.xml emd-1098.xml | 10.9 KB 10.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 1098.gif | 14.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1098 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1098 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_1098_validation.pdf.gz | 183.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_1098_full_validation.pdf.gz | 183 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_1098_validation.xml.gz | 4.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1098 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1098 | HTTPS FTP |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_1098.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | This is an image of the bacterial oxalate transporter(OxlT)in the oxalate-bound, "closed" state. OxlT is a representative member of the Major Facilitator Superfamily (MFS). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X: 0.5511 Å / Y: 0.52667 Å / Z: 0.54945 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Oxalate Transporter
全体 | 名称: Oxalate Transporter |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1000: Oxalate Transporter
超分子 | 名称: Oxalate Transporter / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1 |
---|
-分子 #1: oxalate transporter
分子 | 名称: oxalate transporter / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: OxlT 詳細: Oxalate(-ooc-coo-) is believed to be bound in the central cavity of OxlT in this crystal form. Endogenous E.coli lipids and added synthetic lipids are expected to be present in this two ...詳細: Oxalate(-ooc-coo-) is believed to be bound in the central cavity of OxlT in this crystal form. Endogenous E.coli lipids and added synthetic lipids are expected to be present in this two dimensional crystal. No detectable density for lipid or oxalate is observed at current resolution. 組換発現: Yes |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Oxalobacter formigenes (バクテリア) / 細胞中の位置: cell membrane |
分子量 | 実験値: 44 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pBluescript II SKplus and pMS421 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 電子線結晶学 |
試料の集合状態 | 2D array |
-試料調製
グリッド | 詳細: 400 mesh Cu grid |
---|---|
凍結 | 凍結剤: NITROGEN / チャンバー内温度: 77 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: Vitrification instrument: MRC plunger |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F30 |
---|---|
温度 | 最低: 90 K / 最高: 95 K |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: astigmatism was corrected at 200,000 times magnification |
詳細 | Tecnai12, 120KV with tungsten filament was also used at early stage. Floodbeam was also used for some images as illumination mode. |
撮影 | カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 7 µm / 実像数: 47 / 平均電子線量: 10 e/Å2 詳細: The best images were selected by optical diffraction. Od range: 0.5 / ビット/ピクセル: 10 |
Tilt angle min | 0 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 57000 / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.2 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.1 µm / 倍率(公称値): 59000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: side entry / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN / Tilt angle max: 45 / Tilt series - Axis1 - Min angle: 0 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 45 ° |
実験機器 | モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
詳細 | Specimens were either embedded in 3.5% trehalose or prepared as frozen-hydrated specimens. |
---|---|
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.5 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: MRC 詳細: Amplitudes were scaled with respect to reference amplitudes from the helix model. |
結晶パラメータ | 単位格子 - A: 100.3 Å / 単位格子 - B: 79 Å / 単位格子 - C: 100 Å / 単位格子 - γ: 90 ° / 単位格子 - α: 90 ° / 単位格子 - β: 90 ° / 面群: P 2 21 21 |
CTF補正 | 詳細: ctfsearch or ttrefine on each image |