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万見
- EMDB-10894: PorLM complex from Porphyromonas gingivalis solubilised in LMNG m... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10894
タイトルPorLM complex from Porphyromonas gingivalis solubilised in LMNG micelle
マップデータVolume of full length PorLM in LMNG micelle
試料
  • 複合体: PorLM
    • タンパク質・ペプチド: PorL
    • タンパク質・ペプチド: PorM
生物種Flavobacterium johnsoniae (バクテリア) / Porphyromonas gingivalis (バクテリア) / Porphyromonas gingivalis (strain ATCC 33277 / DSM 20709 / CIP 103683 / JCM 12257 / NCTC 11834 / 2561) (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.6 Å
データ登録者Hennell James R / Deme JC / Lea SM
資金援助 英国, 3件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust107929/Z/15/Z 英国
Wellcome Trust100298/Z/12/Z 英国
Wellcome Trust201536/Z/16/Z 英国
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2021
タイトル: Structure and mechanism of the proton-driven motor that powers type 9 secretion and gliding motility.
著者: Rory Hennell James / Justin C Deme / Andreas Kjӕr / Felicity Alcock / Augustinas Silale / Frédéric Lauber / Steven Johnson / Ben C Berks / Susan M Lea /
要旨: Three classes of ion-driven protein motors have been identified to date: ATP synthase, the bacterial flagellar motor and a proton-driven motor that powers gliding motility and the type 9 protein ...Three classes of ion-driven protein motors have been identified to date: ATP synthase, the bacterial flagellar motor and a proton-driven motor that powers gliding motility and the type 9 protein secretion system in Bacteroidetes bacteria. Here, we present cryo-electron microscopy structures of the gliding motility/type 9 protein secretion system motors GldLM from Flavobacterium johnsoniae and PorLM from Porphyromonas gingivalis. The motor is an asymmetric inner membrane protein complex in which the single transmembrane helices of two periplasm-spanning GldM/PorM proteins are positioned inside a ring of five GldL/PorL proteins. Mutagenesis and single-molecule tracking identify protonatable amino acid residues in the transmembrane domain of the complex that are important for motor function. Our data provide evidence for a mechanism in which proton flow results in rotation of the periplasm-spanning GldM/PorM dimer inside the intra-membrane GldL/PorL ring to drive processes at the bacterial outer membrane.
履歴
登録2020年4月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年10月14日-
マップ公開2020年10月14日-
更新2021年5月26日-
現状2021年5月26日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.00295
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.00295
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10894.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10894.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Volume of full length PorLM in LMNG micelle
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.822 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0029 / ムービー #1: 0.00295
最小 - 最大-0.004757663 - 0.016916998
平均 (標準偏差)-3.5655674e-05 (±0.0005748212)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ480480480
Spacing480480480
セルA=B=C: 394.56 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.8220.8220.822
M x/y/z480480480
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z394.560394.560394.560
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS480480480
D min/max/mean-0.0050.017-0.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_10894_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 1

ファイルemd_10894_half_map_1.map
注釈half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 2

ファイルemd_10894_half_map_2.map
注釈half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : PorLM

全体名称: PorLM
要素
  • 複合体: PorLM
    • タンパク質・ペプチド: PorL
    • タンパク質・ペプチド: PorM

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超分子 #1: PorLM

超分子名称: PorLM / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #1: PorL

分子名称: PorL / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyromonas gingivalis (バクテリア)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MGHYRRYKNI LEMYLASHKG RRLLNIVYSW GAAVVILGAL FKLLHLPMGN EMLFVGMITE FLVFFISGF EKPAMEYHWE EVFPELDSKN PMDRREMEQR REYLREKAKE AAAYAERSSS V RLASASLG TQPQEQSKPA TPFQSQLTGI LPEEQIQRLS EGIDKLAEAG ...文字列:
MGHYRRYKNI LEMYLASHKG RRLLNIVYSW GAAVVILGAL FKLLHLPMGN EMLFVGMITE FLVFFISGF EKPAMEYHWE EVFPELDSKN PMDRREMEQR REYLREKAKE AAAYAERSSS V RLASASLG TQPQEQSKPA TPFQSQLTGI LPEEQIQRLS EGIDKLAEAG EQLARIGRTA AA MTESYEQ MQADQEGLRL NSQSYIQQME SLSRNISGLN TIYEIQLKGI SSQIDTIDRI NRG LAHIRD MYDNSVIDSS SFRNENERMA RQLTQLNEVY ARLLQALTTN VGLPGMPGNF GASN PSSSG SSPL

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分子 #2: PorM

分子名称: PorM / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyromonas gingivalis (strain ATCC 33277 / DSM 20709 / CIP 103683 / JCM 12257 / NCTC 11834 / 2561) (バクテリア)
配列文字列: MAVGSNGNAN RQKMINLMYL VFIAMMALNV SSEVLDGFDK VDKSLTSSID GSDKRNNLVL SELNTAYRT NPEKVKVWYE RSLVLQKEAD SLCTFIDDLK LAIARESDGK DAKVNDIRRK D NLDASSVV MLNPINGKGS TLRKEVDKFR ELVATLMTDK AKLKLIEQAL ...文字列:
MAVGSNGNAN RQKMINLMYL VFIAMMALNV SSEVLDGFDK VDKSLTSSID GSDKRNNLVL SELNTAYRT NPEKVKVWYE RSLVLQKEAD SLCTFIDDLK LAIARESDGK DAKVNDIRRK D NLDASSVV MLNPINGKGS TLRKEVDKFR ELVATLMTDK AKLKLIEQAL NTESGTKGKS WE SSLFENM PTVAAITLLT KLQSDVRYAQ GEVLADLVKS VDVGDYRVNS ITAQVIPQSQ IVM SGDTYK ANIVLSSVDT TQRPDVFVNG KLLSPENMGL FTATAGAPGT YPVKGYIEMM GNDG VKIRR DFESEYFVTE PMASVAPTMM NVLYAGIDNP INIAVPGVAQ QNVSATINNG TLTRR GNLW IARPTKVGSE AIISVTAQSG GRTIQMAKTT LRVRALPDPL PYIEYKDVQG NTKRFK GGR LGKREILAAG GIKAALDDDL LEVNYTVVKF QLVFYDSMGN SIPEVSDGAS FSERQKR QI QNLGKGKRFY VTEVIARGPD GIERKIPAIE VIVN

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度名称
20.0 mMHEPES
150.0 mMNaCl
0.02 %LMNG
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 48.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 0.0003 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.0001 µm / 倍率（公称値）: 165000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1133336
CTF補正ソフトウェア - 名称: SIMPLE (ver. 3.0)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 199929
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: SIMPLE (ver. 3.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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