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万見
- EMDB-10827: Negative stain reconstruction of grafix crosslink human condensin... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10827
タイトルNegative stain reconstruction of grafix crosslink human condensin I in the presence of ATPyS
マップデータHuman condensin I negative stain reconstruction, crosslinked with glutaraldehyde in the presence of ATPyS
試料
  • 複合体: Condensin I pentameric complex of SMC2, SMC4, CapH, CapD3 and CapG
    • タンパク質・ペプチド: SMC2
    • タンパク質・ペプチド: SMC4
    • タンパク質・ペプチド: CapH
    • タンパク質・ペプチド: CapD2
    • タンパク質・ペプチド: CapG
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 31.8 Å
データ登録者Cutts EE / Beuron F / Morris E / Vannini A
資金援助 英国, 2件
OrganizationGrant number国
Cancer Research UKC47547/A21536 英国
Wellcome Trust200818/Z/16/Z 英国
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2020
タイトル: Human Condensin I and II Drive Extensive ATP-Dependent Compaction of Nucleosome-Bound DNA.
著者: Muwen Kong / Erin E Cutts / Dongqing Pan / Fabienne Beuron / Thangavelu Kaliyappan / Chaoyou Xue / Edward P Morris / Andrea Musacchio / Alessandro Vannini / Eric C Greene /
要旨: Structural maintenance of chromosomes (SMC) complexes are essential for genome organization from bacteria to humans, but their mechanisms of action remain poorly understood. Here, we characterize ...Structural maintenance of chromosomes (SMC) complexes are essential for genome organization from bacteria to humans, but their mechanisms of action remain poorly understood. Here, we characterize human SMC complexes condensin I and II and unveil the architecture of the human condensin II complex, revealing two putative DNA-entrapment sites. Using single-molecule imaging, we demonstrate that both condensin I and II exhibit ATP-dependent motor activity and promote extensive and reversible compaction of double-stranded DNA. Nucleosomes are incorporated into DNA loops during compaction without being displaced from the DNA, indicating that condensin complexes can readily act upon nucleosome-bound DNA molecules. These observations shed light on critical processes involved in genome organization in human cells.
履歴
登録2020年4月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年5月20日-
マップ公開2020年5月20日-
更新2020年7月15日-
現状2020年7月15日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10827.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10827.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Human condensin I negative stain reconstruction, crosslinked with glutaraldehyde in the presence of ATPyS
ボクセルのサイズX=Y=Z: 5.19 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.03 / ムービー #1: 0.03
最小 - 最大-0.08350658 - 0.18976225
平均 (標準偏差)0.00003200851 (±0.0028635445)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 1038.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z5.195.195.19
M x/y/z200200200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1038.0001038.0001038.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS200200200
D min/max/mean-0.0840.1900.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Condensin I pentameric complex of SMC2, SMC4, CapH, CapD3 and CapG

全体名称: Condensin I pentameric complex of SMC2, SMC4, CapH, CapD3 and CapG
要素
  • 複合体: Condensin I pentameric complex of SMC2, SMC4, CapH, CapD3 and CapG
    • タンパク質・ペプチド: SMC2
    • タンパク質・ペプチド: SMC4
    • タンパク質・ペプチド: CapH
    • タンパク質・ペプチド: CapD2
    • タンパク質・ペプチド: CapG

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超分子 #1: Condensin I pentameric complex of SMC2, SMC4, CapH, CapD3 and CapG

超分子名称: Condensin I pentameric complex of SMC2, SMC4, CapH, CapD3 and CapG
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
分子量理論値: 643 KDa

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分子 #1: SMC2

分子名称: SMC2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: HIKSIILEGF KSYAQRTEV NGFDPLFNAI TGLNGSGKSN ILDSICFLL GISNLSQVRA S NLQDLVYK NGQAGITKAS VS ITFDNSD KKQSPLGFEV HDE ITVTRQ VVIGGRNKYL INGV NANNT RVQDLFCSVG LNVNN PHFL IMQGRITKVL NMKPPE ILS ...文字列:
HIKSIILEGF KSYAQRTEV NGFDPLFNAI TGLNGSGKSN ILDSICFLL GISNLSQVRA S NLQDLVYK NGQAGITKAS VS ITFDNSD KKQSPLGFEV HDE ITVTRQ VVIGGRNKYL INGV NANNT RVQDLFCSVG LNVNN PHFL IMQGRITKVL NMKPPE ILS MIEEAAGTRM YEYKKIA AQ KTIEKKEAKL KEIKTILE E EITPTIQKLK EERSSYLEY QKVMREIEHL SRLYIAYQFL LAEDTKVRS AEELKEMQDK V IKLQEELS ENDKKIKALN HE IEELEKR KDKETGGILR SLE DALAEA QRVNTKSQSA FDLK KKNLA CEESKRKELE KNMVE DSKT LAAKEKEVKK ITDGLH ALQ EASNKDAEAL AAAQQHF NA VSAGLSSNED GAEATLAG Q MMACKNDISK AQTEAKQAQ MKLKHAQQEL KNKQAEVKKM DSGYRKDQE ALEAVKRLKE K LEAEMKKL NYEENKEESL LE KRRQLSR DIGRLKETYE ALL ARFPNL RFAYKDPEKN WNRN CVKGL VASLISVKDT SATTA LELV AGERLYNVVV DTEVTG KKL LERGELKRRY TIIPLNK IS ARCIAPETLR VAQNLVGP D NVHVALSLVE YKPELQKAM EFVFGTTFVC DNMDNAKKVA FDKRIMTRT VTLGGDVFDP H GTLSGGAR SQAASILTKF QE LKDVQDE LRIKENELRA LEE ELAGLK NTAEKYRQLK QQWE MKTEE ADLLQTKLQQ SSYHK QQEE LDALKKTIEE SEETLK NTK EIQRKAEEKY EVLENKM KN AEAERERELK DAQKKLDC A KTKADASSKK MKEKQQEVE AITLELEELK REHTSYKQQL EAVNEAIKS YESQIEVMAA E VAKNKESV NKAQEEVTKQ KE VITAQDT VIKAKYAEVA KHK EQNNDS QLKIKELDHN ISKH KREAE DGAAKVSKML KDYDW INAE RHLFGQPNSA YDFKTN NPK EAGQRLQKLQ EMKEKLG RN VNMRAMNVLT EAEERYND L MKKKRIVEND KSKILTTIE DLDQKKNQAL NIAWQKVNKD FGSIFSTLL PGANAMLAPP E GQTVLDGL EFKVALGNTW KE NLTELSG GQRSLVALSL ILS MLLFKP APIYILDEVD AALD LSHTQ NIGQMLRTHF THSQF IVVS LKEGMFNNAN VLFKTK FVD GVSTVARFTQ CQNGKIS KE AKSKAKPPKG AHVEV

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分子 #2: SMC4

分子名称: SMC4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MAHHHHHHHH HHLEVLFQGP RKGTQPSTA RRREEGPPPP S PDGASSDA EPEPPSGRTE SP ATAAETA SEELDNRSLE EIL NSIPPP PPPAMTNEAG APRL MITHI VNQNFKSYAG EKILG PFHK RFSCIIGPNG SGKSNV IDS MLFVFGYRAQ KIRSKKL SV ...文字列:
MAHHHHHHHH HHLEVLFQGP RKGTQPSTA RRREEGPPPP S PDGASSDA EPEPPSGRTE SP ATAAETA SEELDNRSLE EIL NSIPPP PPPAMTNEAG APRL MITHI VNQNFKSYAG EKILG PFHK RFSCIIGPNG SGKSNV IDS MLFVFGYRAQ KIRSKKL SV LIHNSDEHKD IQSCTVEV H FQKIIDKEGD DYEVIPNSN FYVSRTACRD NTSVYHISGK KKTFKDVGN LLRSHGIDLD H NRFLILQG EVEQIAMMKP KG QTEHDEG MLEYLEDIIG CGR LNEPIK VLCRRVEILN EHRG EKLNR VKMVEKEKDA LEGEK NIAI EFLTLENEIF RKKNHV CQY YIYELQKRIA EMETQKE KI HEDTKEINEK SNILSNEM K AKNKDVKDTE KKLNKITKF IEENKEKFTQ LDLEDVQVRE KLKHATSKA KKLEKQLQKD K EKVEEFKS IPAKSNNIIN ET TTRNNAL EKEKEKEEKK LKE VMDSLK QETQGLQKEK ESRE KELMG FSKSVNEARS KMDVA QSEL DIYLSRHNTA VSQLTK AKE ALIAASETLK ERKAAIR DI EGKLPQTEQE LKEKEKEL Q KLTQEETNFK SLVHDLFQK VEEAKSSLAM NRSRGKVLDA IIQEKKSGR IPGIYGRLGD L GAIDEKYD VAISSCCHAL DY IVVDSID IAQECVNFLK RQN IGVATF IGLDKMAVWA KKMT EIQTP ENTPRLFDLV KVKDE KIRQ AFYFALRDTL VADNLD QAT RVAYQKDRRW RVVTLQG QI IEQSGTMTGG GSKVMKGR M GSSLVIEISE EEVNKMESQ LQNDSKKAMQ IQEQKVQLEE RVVKLRHSE REMRNTLEKF T ASIQRLIE QEEYLNVQVK EL EANVLAT APDKKKQKLL EEN VSAFKT EYDAVAEKAG KVEA EVKRL HNTIVEINNH KLKAQ QDKL DKINKQLDEC ASAITK AQV AIKTADRNLQ KAQDSVL RT EKEIKDTEKE VDDLTAEL K SLEDKAAEVV KNTNAAEES LPEIQKEHRN LLQELKVIQE NEHALQKDA LSIKLKLEQI D GHIAEHNS KIKYWHKEIS KI SLHPIED NPIEEISVLS PED LEAIKN PDSITNQIAL LEAR CHEMK PNLGAIAEYK KKEEL YLQR VAELDKITYE RDSFRQ AYE DLRKQRLNEF MAGFYII TN KLKENYQMLT LGGDAELE L VDSLDPFSEG IMFSVRPPK KSWKKIFNLS GGEKTLSSLA LVFALHHYK PTPLYFMDEI D AALDFKNV SIVAFYIYEQ TK NAQFIII SLRNNMFEIS DRL IGIYKT YNITKSVAVN PKEI ASKGL C

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分子 #3: CapH

分子名称: CapH / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MGPPGPALPA TMNNSSSETR GHPHSASSP SERVFPMPLP R KAPLNIPG TPVLEDFPQN DD EKERLQR RRSRVFDLQF STD SPRLLA SPSSRSIDIS ATIP KFTNT QITEHYSTCI KLSTE NKIT TKNAFGLHLI DFMSEI LKQ KDTEPTNFKV AAGTLDA ST ...文字列:
MGPPGPALPA TMNNSSSETR GHPHSASSP SERVFPMPLP R KAPLNIPG TPVLEDFPQN DD EKERLQR RRSRVFDLQF STD SPRLLA SPSSRSIDIS ATIP KFTNT QITEHYSTCI KLSTE NKIT TKNAFGLHLI DFMSEI LKQ KDTEPTNFKV AAGTLDA ST KIYAVRVDAV HADVYRVL G GLGKDAPSLE EVEGHVADG SATEMGTTKK AVKPKKKHLH RTIEQNINN LNVSEADRKC E IDPMFQKT AASFDECSTA GV FLSTLHC QDYRSELLFP SDV QTLSTG EPLELPELGC VEMT DLKAP LQQCAEDRQI CPSLA GFQF TQWDSETHNE SVSALV DKF KKNDQVFDIN AEVDESD CG DFPDGSLGDD FDANDEPD H TAVGDHEEFR SWKEPCQVQ SCQEEMISLG DGDIRTMCPL LSMKPGEYS YFSPRTMSMW A GPDHWRFR PRRKQDAPSQ SE NKKKSTK KDFEIDFEDD IDF DVYFRK TKAATILTKS TLEN QNWRA TTLPTDFNYN VDTLV QLHL KPGTRLLKMA QGHRVE TEH YEEIEDYDYN NPNDTSN FC PGLQAADSDD EDLDDLFV G PVGNSDLSPY PCHPPKTAQ QNGDTPEAQG LDITTYGESN LVAEPQKVN KIEIHYAKTA K KMDMKKLK QSMWSLLTAL SG KEADAEA NHREAGKEAA LAE VADEKM LSGLTKDLQR SLPP VMAQN LSIPLAFACL LHLAN EKNL KLEGTEDLSD VLVRQG DEN LYFQSWSHPQ FEKGGGS GG GSGGGSWSHP QFEK

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分子 #4: CapD2

分子名称: CapD2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MAPQMYEFHL PLSPEELLKS GGVNQYVVQ EVLSIKHLPP Q LRAFQAAF RAQGPLAMLQ HF DTIYSIL HHFRSIDPGL KED TLQFLI KVVSRHSQEL PAIL DDTTL SGSDRNAHLN ALKMN CYAL IRLLESFETM ASQTNL VDL DLGGKGKKAR TKAAHGF DW ...文字列:
MAPQMYEFHL PLSPEELLKS GGVNQYVVQ EVLSIKHLPP Q LRAFQAAF RAQGPLAMLQ HF DTIYSIL HHFRSIDPGL KED TLQFLI KVVSRHSQEL PAIL DDTTL SGSDRNAHLN ALKMN CYAL IRLLESFETM ASQTNL VDL DLGGKGKKAR TKAAHGF DW EEERQPILQL LTQLLQLD I RHLWNHSIIE EEFVSLVTG CCYRLLENPT INHQKNRPTR EAITHLLGV ALTRYNHMLS A TVKIIQML QHFEHLAPVL VA AVSLWAT DYGMKSIVGE IVR EIGQKC PQELSRDPSG TKGF AAFLT ELAERVPAIL MSSMC ILLD HLDGENYMMR NAVLAA MAE MVLQVLSGDQ LEAAARD TR DQFLDTLQAH GHDVNSFV R SRVLQLFTRI VQQKALPLT RFQAVVALAV GRLADKSVLV CKNAIQLLA SFLANNPFSC K LSDADLAG PLQKETQKLQ EM RAQRRTA AASAVLDPEE EWE AMLPEL KSTLQQLLQL PQGE EEIPE QIANTETTED VKGRI YQLL AKASYKKAII LTREAT GHF QESEPFSHID PEESEET RL LNILGLIFKG PAASTQEK N PRESTGNMVT GQTVCKNKP NMSDPEESRG NDELVKQEML VQYLQDAYS FSRKITEAIG I ISKMMYEN TTTVVQEVIE FF VMVFQFG VPQALFGVRR MLP LIWSKE PGVREAVLNA YRQL YLNPK GDSARAKAQA LIQNL SLLL VDASVGTIQC LEEILC EFV QKDELKPAVT QLLWERA TE KVACCPLERC SSVMLLGM M ARGKPEIVGS NLDTLVSIG LDEKFPQDYR LAQQVCHAIA NISDRRKPS LGKRHPPFRL P QEHRLFER LRETVTKGFV HP DPLWIPF KEVAVTLIYQ LAE GPEVIC AQILQGCAKQ ALEK LEEKR TSQEDPKESP AMLPT FLLM NLLSLAGDVA LQQLVH LEQ AVSGELCRRR VLREEQE HK TKDPKEKNTS SETTMEEE L GLVGATADDT EAELIRGIC EMELLDGKQT LAAFVPLLLK VCNNPGLYS NPDLSAAASL A LGKFCMIS ATFCDSQLRL LF TMLEKSP LPIVRSNLMV ATG DLAIRF PNLVDPWTPH LYAR LRDPA QQVRKTAGLV MTHLI LKDM VKVKGQVSEM AVLLID PEP QIAALAKNFF NELSHKG NA IYNLLPDIIS RLSDPELG V EEEPFHTIMK QLLSYITKD KQTESLVEKL CQRFRTSRTE RQQRDLAYC VSQLPLTERG L RKMLDNFD CFGDKLSDES IF SAFLSVV GKLRRGAKPE GKA IIDEFE QKLRACHTRG LDGI KELEI GQAGSQRAPS AKKPS TGSR YQPLASTASD NDFVTP EPR RTTRRHPNTQ QRASKKK PK VVFSSDESSE EDLSAEMT E DETPKKTTPI LRASARRHR S

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分子 #5: CapG

分子名称: CapG / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MGAERRLLSI KEAFRLAQQP HQNQAKLVV ALSRTYRTMD D KTVFHEEF IHYLKYVMVV YK REPAVER VIEFAAKFVT SFH QSDMED DEEEEDGGLL NYLF TFLLK SHEANSNAVR FRVCL LINK LLGSMPENAQ IDDDVF DKI NKAMLIRLKD KIPNVRI QA ...文字列:
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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC8H18N2O4SHepes
200.0 mMKClPotassium Chloride

詳細: Grafix crosslinked sample was gel filtered on a superose 6 column into EM buffer (20 mM HEPES [pH 8], 200 mM KCl)
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Acetate
詳細: The grids were glow discharged for 1 minute at 15 mA, the sample applied for 10 seconds and then washed twice with water before staining with 2% uranyl acetate for 1 minute before blotting and drying.
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
撮影フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 15.6 µm / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 862 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 12615
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4)
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: RELION initial model
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 31.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 4714
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 3次元分類クラス数: 1 / 平均メンバー数/クラス: 4714 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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