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万見
- EMDB-10804: Viridilinea mediisalina S-layer average -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10804
タイトルViridilinea mediisalina S-layer average
マップデータViridilinea mediisalina S-layer average
試料
  • 細胞: Viridilinea mediisalina
生物種Candidatus Viridilinea mediisalina (バクテリア)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 29.0 Å
データ登録者Gaisin VA / Kooger R / Pilhofer M
資金援助European Union, ロシア, 2件
OrganizationGrant number国
Russian Science FoundationFEMS-GO-2017-021European Union
Russian Foundation for Basic Research19-04-00423 ロシア
引用ジャーナル: Front Microbiol / 年: 2020
タイトル: Cryo-Electron Tomography Reveals the Complex Ultrastructural Organization of Multicellular Filamentous () Bacteria.
著者: Vasil A Gaisin / Romain Kooger / Denis S Grouzdev / Vladimir M Gorlenko / Martin Pilhofer /
要旨: The cell biology of is poorly studied. We applied cryo-focused ion beam milling and cryo-electron tomography to study the ultrastructural organization of thermophilic and , and mesophilic ". ...The cell biology of is poorly studied. We applied cryo-focused ion beam milling and cryo-electron tomography to study the ultrastructural organization of thermophilic and , and mesophilic ". Viridilinea mediisalina." These species represent the three main lineages within a group of multicellular filamentous anoxygenic phototrophic bacteria belonging to the order. We found surprising structural complexity in the . As with filamentous cyanobacteria, cells of and ". Viridilinea mediisalina" share the outer membrane-like layers of their intricate multilayer cell envelope. Additionally, cells of and ". Viridilinea mediisalina" are connected by septal channels that resemble cyanobacterial septal junctions. All three strains possess long pili anchored close to cell-to-cell junctions, a morphological feature comparable to that observed in cyanobacteria. The cytoplasm of the bacteria is crowded with intracellular organelles such as different types of storage granules, membrane vesicles, chlorosomes, gas vesicles, chemoreceptor-like arrays, and cytoplasmic filaments. We observed a higher level of complexity in the mesophilic strain compared to the thermophilic strains with regards to the composition of intracellular bodies and the organization of the cell envelope. The ultrastructural details that we describe in these bacteria will motivate further cell biological studies, given that the function and evolution of the many discovered morphological traits remain enigmatic in this diverse and widespread bacterial group.
履歴
登録2020年3月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年4月8日-
マップ公開2020年4月8日-
更新2020年7月29日-
現状2020年7月29日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 122
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 122
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10804.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10804.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Viridilinea mediisalina S-layer average
ボクセルのサイズX=Y=Z: 8.572 Å
密度
表面レベル登録者による: 122 / ムービー #1: 122
最小 - 最大-2.0601196 - 144.76733
平均 (標準偏差)63.05606 (±59.383278)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin301010
サイズ399696
Spacing963996
セルA: 822.912 Å / B: 334.30798 Å / C: 822.912 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z8.5728.5728.572
M x/y/z963996
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z822.912334.308822.912
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS103010
NC/NR/NS963996
D min/max/mean-2.060144.76763.056

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Viridilinea mediisalina

全体名称: Viridilinea mediisalina
要素
  • 細胞: Viridilinea mediisalina

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超分子 #1: Viridilinea mediisalina

超分子名称: Viridilinea mediisalina / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Candidatus Viridilinea mediisalina (バクテリア)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 5.5
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 120.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C6 (6回回転対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 29.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: PEET / 使用したサブトモグラム数: 6000
抽出トモグラム数: 1 / 使用した粒子像数: 8988 / 参照モデル: single subvolume / 手法: manual picking / ソフトウェア - 名称: PEET
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: PEET
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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