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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-10757 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of norovirus GI.4c VLPs with T=1 icosahedral symmetry | |||||||||
マップデータ | Cryo-EM structure of GII.4c VLPs with T=1 icosahedral symmetry | |||||||||
試料 |
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生物種 | Norovirus 06-AM-11/2006/GII.4/Yerseke/2006a (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Devant JM / Hansman GS | |||||||||
引用 | ジャーナル: Virology / 年: 2021 タイトル: Structural heterogeneity of a human norovirus vaccine candidate. 著者: Jessica M Devant / Grant S Hansman / 要旨: Human norovirus virus-like particles (VLPs) are assumed to be morphologically and antigenically similar to virion particles. The norovirus virion is assembled from 180 copies of the capsid protein ...Human norovirus virus-like particles (VLPs) are assumed to be morphologically and antigenically similar to virion particles. The norovirus virion is assembled from 180 copies of the capsid protein (VP1) and exhibits T = 3 icosahedral symmetry. In this study, we showed that the vaccine candidate GII.4c VP1 formed T = 1 and T = 3 VLPs, but mainly assembled into T = 4 icosahedral particles that were composed of 240 VP1 copies. In contrast, another clinically important genotype, GII.17, almost exclusively folded into T = 3 VLPs. Interestingly, the GII.4c T = 1 particles had higher binding capacities to norovirus-specific Nanobodies than to GII.4c T = 3 and T = 4 particles. Our data indicated that the occluded Nanobody-binding epitopes on the T = 1 particles were more accessible compared to the larger T = 3 and T = 4 particles. Overall, this new data revealed that GII.4c VLPs had a preference for forming the T = 4 icosahedral symmetry and future studies with varied sized norovirus VLPs should take caution when examining antigenicity. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_10757.map.gz | 95 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-10757-v30.xml emd-10757.xml | 11 KB 11 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_10757.png | 138.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10757 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10757 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_10757_validation.pdf.gz | 238 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_10757_full_validation.pdf.gz | 237.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_10757_validation.xml.gz | 6.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-10757 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-10757 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_10757.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM structure of GII.4c VLPs with T=1 icosahedral symmetry | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.375 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Norovirus 06-AM-11/2006/GII.4/Yerseke/2006a
全体 | 名称: Norovirus 06-AM-11/2006/GII.4/Yerseke/2006a (ウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Norovirus 06-AM-11/2006/GII.4/Yerseke/2006a
超分子 | 名称: Norovirus 06-AM-11/2006/GII.4/Yerseke/2006a / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / NCBI-ID: 1631306 / 生物種: Norovirus 06-AM-11/2006/GII.4/Yerseke/2006a / Sci species strain: GII.4c / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes |
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宿主 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
Host system | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 組換株: HighFive insect cells |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 直径: 310.0 Å / T番号(三角分割数): 1 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 2 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 / 構成要素 - 名称: PBS / 詳細: PBS buffer |
グリッド | モデル: Quantifoil R0.6/1 / 材質: COPPER/RHODIUM / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 285 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 3983 / 平均電子線量: 15.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 倍率(公称値): 64000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4) |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.4.0) / 使用した粒子像数: 48973 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.4.0) |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.4.0) |